戊申日，隋朝申明公李穆去世，朝廷用特殊的礼仪安葬他。
闰八月丁卯日，隋朝皇太子杨勇前往洛阳镇守。
隋朝上柱国鄃公梁士彦讨伐尉迟迥时，所到之处必定取胜，后来接替尉迟迥担任相州刺史。隋文帝猜忌他，把他召回长安。上柱国杞公宇文忻和隋文帝年轻时交情深厚，擅长用兵，有威望名声。隋文帝也猜忌他，找借口罢免了他的官职。梁士彦、宇文忻和柱国舒公刘昉都被隋文帝疏远，闲居在家无事可做，心中颇有怨恨，几人经常往来，暗中谋划叛乱。
宇文忻想让梁士彦在蒲州起兵，自己在长安做内应，梁士彦的外甥裴通参与了谋划，却把此事告发了。隋文帝隐瞒了这件事，任命梁士彦为晋州刺史，想观察他的态度；梁士彦很高兴，对刘昉等人说：“这是天意啊！”他又请求任命仪同三司薛摩儿为晋州长史，隋文帝也答应了。后来在一次公卿大臣朝见时，隋文帝命令手下侍从在行列中逮捕了梁士彦、宇文忻、刘昉。审问他们时，三人起初还不认罪。这时抓捕薛摩儿的人刚好赶到，隋文帝下令让薛摩儿在朝堂上对质，薛摩儿详细供述了叛乱的始末，梁士彦脸色大变，回头对薛摩儿说：“你害死我了！”丙子日，梁士彦、宇文忻、刘昉都被处死，他们的叔侄、兄弟被免除死罪，但除去官籍。
九月辛巳日，隋文帝穿着素色衣服亲临射殿，命令文武百官用弓箭射梁士彦等三家的家产器物，以此作为告诫。
冬天十月己酉日，隋朝任命兵部尚书杨尚希为礼部尚书。隋文帝每天清晨临朝处理政务，直到日落还不疲倦，杨尚希劝谏说：“周文王因为忧虑操劳缩短了寿命，周武王因为安逸快乐延长了寿命。希望陛下把握大政方针，把具体事务交给宰相处理。繁杂琐碎的事情，不是君主应该亲自处理的。”隋文帝认为他说得对，但没能照做。
癸丑日，隋朝在襄州设置山南道行台，任命秦王杨俊为行台尚书令。杨俊的妃子崔氏生下男孩，隋文帝很高兴，赏赐朝中百官。
在秘书内省任职的博陵人李文博，家境一向贫寒，有人去祝贺他（得到赏赐），李文博说：“设置赏罚，是为了表彰功劳、惩戒过错。如今王妃生了男孩，和百官有什么关系，竟然随意接受赏赐！”听到的人都感到羞愧。
癸亥日，南陈任命尚书仆射江总为尚书令，吏部尚书谢伷为仆射。
十一月己卯日，南陈宣布大赦天下。
吐谷浑可汗夸吕在位一百年，多次因为喜怒无常废黜、杀死太子。后来太子害怕，谋划劫持夸吕归降隋朝；他向隋朝边境官员请求援兵，秦州总管河间王杨弘请求出兵响应，隋文帝没有同意。太子的计谋泄露，被夸吕杀死，夸吕又立小儿子嵬王诃为太子。叠州刺史杜粲请求趁吐谷浑内乱出兵讨伐，隋文帝还是没有同意。
这一年，嵬王诃又害怕被杀死，谋划率领部落一万五千户归降隋朝，派遣使者到隋朝皇宫，请求隋朝出兵迎接。隋文帝说：“吐谷浑的风俗，和人类正常的伦理完全不同，父亲既不慈爱，儿子又不孝顺。我用道德教化百姓，怎能帮助他们做这种邪恶叛逆的事呢！”于是对使者说：“父亲有过错，儿子应当劝谏力争，怎能暗中谋划非法之事，背负不孝的名声！天下所有百姓，都是我的臣民，各自做好事，才合我的心意。嵬王既然想归附我，我只能教他做臣子的本分，不能远远派遣军队，帮助他做坏事！”嵬王诃只好放弃了归降的打算。
祯明元年丁未（公元587年）
这年春天正月戊寅日，南陈宣布大赦天下，改年号为祯明。
癸巳日，隋文帝祭祀皇家祖庙。
乙未日，隋朝规定各州每年向朝廷举荐三名读书人。
二月丁巳日，隋文帝在东郊举行祭日典礼。
南陈派遣兼散骑常侍王亨等人出使隋朝。
隋朝征调十万多壮丁修筑长城，二十天后完工。夏天四月，隋朝在扬州开凿山阳渎，方便漕运。
突厥沙钵略可汗派遣儿子向隋朝进贡，趁机请求在恒州、代州之间打猎，隋文帝同意了，还派人赏赐他酒食。沙钵略率领部落众人叩拜两次，接受赏赐。
不久，沙钵略可汗去世，隋朝为此停止朝会三天，派遣太常寺官员前去吊唁祭祀。
起初，沙钵略因为儿子雍虞闾性格懦弱，留下遗命立弟弟叶护处罗侯为可汗。雍虞闾派遣使者迎接处罗侯，准备拥立他，处罗侯说：“我们突厥自从木杵可汗以来，大多是弟弟接替哥哥，庶子夺取嫡子的位置，违背了先祖的规矩，导致族人互不敬畏。你应当继承王位，我不怕向你下拜！”雍虞闾说：“叔父和我父亲，就像同根相连的整体。我就像枝叶，怎能让根本服从枝叶，叔父屈居在晚辈之下呢！况且先父的遗命，怎能违背！希望叔父不要怀疑！”两人互相派遣使者推让了五六次，处罗侯最终即位，这就是莫何可汗。莫何可汗任命雍虞闾为叶护，派遣使者向隋朝上奏，说明即位的情况。
隋朝派遣车骑将军长孙晟手持符节，前往突厥册封莫何可汗，还赏赐他乐器仪仗和旌旗。莫何可汗勇猛且有谋略，他用隋朝赏赐的旌旗战鼓，向西攻打阿波可汗；阿波的部众以为莫何得到了隋朝军队的援助，大多望风归降。莫何最终活捉了阿波，上书隋文帝，请求决定阿波的生死。
隋文帝把这件事交给大臣们商议，乐安公元谐请求将阿波在突厥就地斩首；武阳公李充则请求把阿波活捉到长安，当众处死，以警示百姓。隋文帝问长孙晟：“你怎么看？”长孙晟回答：“如果突厥背叛朝廷，必须用刑罚制裁。但如今他们兄弟自相残杀，阿波的罪过并非针对我国。趁他陷入困境将其杀死，恐怕不是招抚远方部族的办法。不如留下两人的性命，让他们共存。”左仆射高颎也说：“骨肉相残，是教化的祸害，应当留下阿波，以示朝廷的宽大。”隋文帝采纳了他们的建议。
甲戌日，隋朝派遣兼散骑常侍杨同等出使南陈。
五月乙亥初一，发生了日食。
秋天七月己丑日，隋朝卫昭王杨爽去世。
八月，隋文帝征召后梁国主萧琮入朝。萧琮率领群臣二百多人从江陵出发；庚申日，抵达长安。
隋文帝因萧琮不在江陵，派遣武乡公崔弘度率军驻守江陵。崔弘度的军队到达都州时，萧琮的叔父、太傅安平王萧岩，弟弟、荆州刺史义兴王萧瓛等人担心崔弘度袭击自己，乙丑日，派遣都官尚书沈君公前往南陈荆州刺史宜黄侯陈慧纪处请求归降。九月庚寅日，陈慧纪率军抵达江陵城下。辛卯日，萧岩等人带领江陵的官员、百姓共十万人投奔南陈。
隋文帝得知此事后，废除了后梁国；派遣尚书左仆射高颎安抚后梁的遗民；为后梁中宗、世宗各安排十户人家守护陵墓；任命萧琮为上柱国，赐爵莒公。
甲午日，南陈宣布大赦天下。
冬天十月，隋文帝前往同州；癸亥日，又前往蒲州。
十一月丙子日，南陈任命萧岩为开府仪同三司、东扬州刺史，萧瓛为吴州刺史。
丁亥日，南陈任命豫章王陈叔英兼任司徒。
甲午日，隋文帝前往冯翊，亲自祭祀当地过去的土地神；戊戌日，返回长安。
这次出行，内史令李德林因生病没有跟随，隋文帝从同州派人带诏书追回他，和他商议讨伐南陈的计策。返回长安时，隋文帝在马上举起马鞭指向南方说：“等平定南陈那天，我要用七宝装饰你，让崤山以东没有人能比得上你。”
起初，隋文帝接受禅让建立隋朝以来，和南陈保持着深厚的睦邻关系，每次抓获南陈的间谍，都会给予衣服、马匹，以礼遣返，但南陈高宗陈顼仍不禁止边境军队侵扰隋朝。因此，太建末年，隋朝军队曾入侵南陈；恰逢陈顼去世，隋文帝立即下令撤军，还派遣使者前往南陈吊唁，国书中自称名字并叩首。南陈后主陈叔宝回复时却更加傲慢，国书末尾写道：“想必你统治的区域一切安好，这里则天下太平。”隋文帝很不高兴，把国书拿给朝臣看。上柱国杨素认为君主受辱，臣子应死，两次下拜请罪。隋文帝向高颎询问攻取南陈的计策，高颎回答：“长江以北气候寒冷，农作物收获较晚；江南水田作物成熟较早。在他们收获的季节，我们少量征调兵马，声称要袭击他们，他们必定会屯兵防守，这样就能耽误他们的农时。等他们聚集军队，我们就解散兵马。反复几次后，他们会习以为常；日后我们再真的聚集军队，他们必定不会相信。趁他们犹豫的时候，我们就渡过长江；登陆后作战，士兵的士气会更加旺盛。另外，江南土地贫瘠，房屋多由茅草、竹子建造，粮食储备都不藏在地窖里。我们可以秘密派人趁风放火，等他们重建后，再去焚烧。不出几年，他们的财力自然会耗尽。”隋文帝采纳了他的计策，南陈从此开始陷入困境。
于是杨素、贺若弼以及光州刺史高劢、虢州刺史崔仲方等人，争相献上平定江南的计策。崔仲方上书说：“如今只需在武昌以下，蕲州、和州、滁州、方州、吴州、海州等州，增派精兵，秘密谋划渡江计划；在益州、信州、襄州、荆州、基州、郢州等州，迅速建造战船，多布置兵力显示威势，准备水战的器具。蜀江、汉江是南陈的上游，水路险要，是必争之地。南陈虽然在流头、荆门、延洲、公安、巴陵、隐矶、夏首、蕲口、湓城等地部署了船只，但最终会在汉口、峡口聚集兵力，进行大规模水战。如果南陈因上游有我军进攻，派遣精兵增援，下游的将领就需趁机横渡长江；如果他们聚集兵力自卫，上游的水军就擂鼓前进。他们虽然依仗九江、五湖的险要地势，但没有仁德就无法固守；空有三吴、百越的兵力，没有恩惠就无法自立。”隋文帝任命崔仲方为基州刺史。
等到接受萧岩等人归降后，隋文帝更加愤怒，对高颎说：“我作为百姓的父母，怎能因一条像衣带一样窄的长江，就不去拯救江南的百姓呢！”于是下令大规模建造战船。有人建议秘密进行，隋文帝说：“我要公开替天行道，讨伐有罪，有什么可保密的！”还让人把造船剩下的木片投入长江，说：“如果他们害怕并能改正过错，我还有什么要求呢！”
杨素在永安建造大战船，名为“五牙”。船上建五层楼，高达一百多尺；船的左右前后装有六根拍竿，每根都有五十尺高，可容纳八百名士兵；次一等的战船名为“黄龙”，可容纳一百名士兵。其余的平乘、舴艋等战船，大小各有等级。
晋州刺史皇甫续即将赴任，向隋文帝叩首进言，称南陈有三条可灭的理由。隋文帝问具体情况，他说：“大国吞并小国，这是第一条；用有道的国家讨伐无道的国家，这是第二条；南陈接纳叛臣萧岩，我们有出兵的理由，这是第三条。陛下如果任命将领出兵，我愿意贡献自己的微薄之力！”隋文帝慰劳了他，然后派遣他赴任。
当时江南出现了很多怪异的现象，临平湖的水草长期堵塞湖面，忽然自行开通。陈叔宝对此感到厌恶，于是把自己“卖给”佛寺做奴仆，想借此压制邪气。他又在建康建造大皇寺，修建七层佛塔；还没完工，佛塔内部就起火被烧毁了。
吴兴人章华，喜爱学习，擅长写文章。朝臣因章华一向没有功绩和资历，竞相排挤诋毁他，只任命他为大市令。章华郁郁不得志，上书极力劝谏，大致说：“过去高祖向南平定百越，向北诛杀叛逆；世祖向东平定吴会，向西击败王琳；高宗收复淮南，开拓千里疆土，三位先祖的功劳已经很大了。陛下即位至今已有五年，不思念先帝创业的艰难，不知道天命的可畏；沉迷于宠妃，迷惑于酒色；祭祀七庙却从不亲自前往，册封三位妃子却亲自临朝；老臣旧将被弃置不用，谄媚奸邪之人却晋升到朝廷。如今边境日益缩小，隋朝军队逼近国境，陛下如果不改革朝政，我恐怕姑苏台会再次有麋鹿出没（意指南陈将亡）！”陈叔宝大怒，当天就把章华杀了。
祯明二年戊申（公元588年）
这年春天正月辛巳日，南陈后主立皇子陈为东阳王，陈恬为钱塘王。派遣散骑常侍袁雅等人出使隋朝；又派遣散骑常侍、九江人周罗睺率军驻守峡口，侵犯隋朝的峡州。
三月甲戌日，隋朝派遣兼散骑常侍程尚贤等人出使南陈。
戊寅日，隋文帝下诏说：“陈叔宝占据巴掌大的土地，放纵贪婪的欲望，掠夺百姓，耗尽他们的财产；逼迫朝廷内外的人，无休止地服劳役；穷奢极侈，昼夜颠倒；斩杀直言进谏的人，诛灭无罪的家族；欺骗上天作恶，却向鬼神祈求恩惠；让宫女们打扮得花枝招展，却让军队拿起武器（指沉迷女色却轻启战端）；宫女们穿着绫罗绸缎，却要百姓为其警戒清道（指生活奢靡却加重百姓负担）；自古以来的昏庸君主，很少有能和他相比的。君子潜逃，小人得志。上天降下灾祸，大地出现妖孽，事物怪异，人事反常。官员们闭口不言，百姓在路上相遇只能用眼神示意。再加上他违背道德和诺言，扰乱边境；派兵像老鼠、盗贼一样，白天潜伏，夜晚活动。天下所有百姓，都是我的臣民，每次听到看到南陈的情况，我都感到悲伤。现在可以出兵，颁布军令，顺应时机诛杀消灭陈叔宝；这次行动，必将永远平定吴越地区。”隋文帝又发送盖有玉玺的文书，揭露陈叔宝的二十条罪状；还抄写了三十万份诏书，传遍江南地区。
南陈太子陈胤，生性聪慧，喜好文学，但常有过失；太子詹事袁宪恳切劝谏，他却不听。当时沈皇后不受宠爱，而后主身边的侍从多次往来东宫，太子也多次派人到沈皇后住处，后主怀疑他们心怀不满，对太子十分厌恶。张贵妃、孔贵嫔日夜编造沈皇后和太子的坏话，孔范等人又在宫外加以附和。后主想立张贵妃的儿子始安王陈深为太子，曾私下里和大臣谈论此事。吏部尚书蔡征顺从后主的心意，称赞这个想法，袁宪却神色严厉地反驳：“皇太子是国家的储君，天下百姓都归心于他，你是什么人，竟敢轻易谈论废立太子！”后主最终还是听从了蔡征的建议。这年夏天五月庚子日，后主废黜太子陈胤，改封他为吴兴王，立扬州刺史始安王陈深为太子。蔡征是蔡景历的儿子。陈深也聪慧机敏，有志向操守，举止端庄，即使是身边的侍从，也从未见他有过喜怒之色。后主听说袁宪曾劝谏过陈胤，当天就任命袁宪为尚书仆射。
后主对待沈皇后一向冷淡，张贵妃独掌后宫大权，沈皇后却淡然处之，从未有过嫉妒怨恨，日常生活节俭，衣服没有锦绣装饰，只以阅读图书史籍和佛经为事，还多次上书劝谏后主。后主想废黜沈皇后，改立张贵妃，恰逢国家灭亡，此事才没办成。
这年冬天十月己亥日，后主立皇子陈蕃为吴郡王。
己未日，隋朝在寿春设置淮南行省，任命晋王杨广为行省尚书令。
后主派遣兼散骑常侍王琬、兼通直散骑常侍许善心出使隋朝，隋人把他们留在客馆中。王琬等人多次请求返回南陈，都没被允许。
甲子日，隋朝因要出兵伐陈，在太庙举行祭祀仪式，任命晋王杨广、秦王杨俊、清河公杨素为行军元帅。杨广率军从六合出兵，杨俊从襄阳出兵，杨素从永安出兵，荆州刺史刘仁恩从江陵出兵，蕲州刺史王世积从蕲春出兵，庐州总管韩擒虎从庐江出兵，吴州总管贺若弼从广陵出兵，青州总管弘农人燕荣从东海出兵。此次出兵共设总管九十人，兵力五十一万八千人，全部受晋王杨广调度。军队东接沧海，西抵巴蜀，旌旗战船，连绵数千里。隋朝任命左仆射高颎为晋王元帅府长史，右仆射王韶为司马，军中事务都由他们决断；两人处理军队调度、物资分配等事，毫无阻碍。
十一月丁卯日，隋文帝亲自为将士们饯行；乙亥日，隋文帝抵达定城，检阅军队并誓师。
丙子日，后主立皇弟陈叔荣为新昌王，陈叔匡为太原王。
隋文帝前往河东；十二月庚子日，返回长安。突厥莫何可汗向西攻打邻国，中箭身亡。突厥国人拥立雍虞闾为可汗，号称颉伽施多那都蓝可汗。
隋军进逼长江，高颎对行台吏部郎中薛道衡说：“如今大举出兵，江东一定能攻克吗？”薛道衡回答：“一定能攻克。我曾听说郭璞有句话：‘江东分治称王三百年，之后会重新和中原统一。’如今三百年的期限即将到来，这是第一条理由。皇上恭敬节俭、勤勉治国，陈叔宝却荒淫骄奢，这是第二条理由。国家的安危取决于任用的人，陈朝任命江总为宰相，江总只知饮酒赋诗，还提拔小人施文庆，把政务托付给他；萧摩诃、任蛮奴担任大将，不过是匹夫之勇罢了，这是第三条理由。我们有道义且国力强大，他们无德行且国力弱小，估计他们的兵力不过十万，西起巫峡，东至沧海，兵力分散则势力单薄，兵力集中则顾此失彼，这是第四条理由。我军席卷江东的势头，是毫无疑问的。”高颎高兴地说：“听你分析成败的道理，我豁然开朗。我原本只期望你有才华学识，没想到你的谋略竟如此高明。”
秦王杨俊统领各路军队驻守汉口，负责上游的军事调度。后主下诏任命散骑常侍周罗睺为都督，统领巴峡一带沿江的军事，以抵御隋军。
杨素率领水军顺江东下，经过三峡，抵达流头滩。南陈将军戚昕率领一百多艘青龙战船，驻守狼尾滩。狼尾滩地势险要陡峭，隋军对此感到担忧。杨素说：“胜负的关键，就在这一战。如果白天乘船而下，他们会看清我们的虚实，而且滩流湍急，船只难以控制，我们就会失去有利时机；不如趁夜突袭。”于是杨素亲自率领几千艘黄龙战船，士兵口中衔枚（防止出声），顺流而下，又派遣开府仪同三司王长袭率领步兵从南岸攻打戚昕的其他营寨，大将军刘仁恩率领骑兵从北岸奔赴白沙，黎明时分赶到，发起进攻；戚昕战败逃走，隋军俘获了他的全部部众，随后安抚并遣返了他们，对当地百姓秋毫无犯。
杨素率领水军继续东下，战船布满江面，旌旗铠甲在阳光下耀眼夺目。杨素坐在平乘大船上，容貌雄伟，南陈士兵望见他，都十分畏惧，说：“清河公简直是江神啊！”
长江沿岸的镇戍据点听说隋军将至，相继上奏报告；施文庆、沈客卿却把这些奏报都压下来，不告诉后主。
起初，后主因萧岩、萧瓛是后梁宗室，率领部众前来投奔，心中对他们有所猜忌，所以把他们的部众分散到远方，任命萧岩为东扬州刺史，萧瓛为吴州刺史；又派领军将军任忠出兵驻守吴兴郡，以牵制这两个州。后主还让南平王陈嶷镇守江州，永嘉王陈彦镇守南徐州。不久，后主征召陈嶷、陈彦两位藩王回京参加第二年的元旦朝会，命令沿江各镇的战船全部跟随两位藩王返回都城，想借此显示威势，震慑前来投奔的后梁人。从此，长江中没有一艘作战船只，上游各州的军队也都被杨素的军队阻拦，无法赶到京城。
湘州刺史晋熙王陈叔文，在任时间长久，很得民心，后主因他占据上游地区，暗中猜忌他；后主自认为平时对群臣缺少恩惠，担心他们不肯为自己效力，又没有合适的人选可派，于是提拔施文庆为都督、湘州刺史，配给他两千精兵，让他向西进军；同时征召陈叔文回朝。施文庆对这个任命非常满意，但又担心自己外出后，朝中掌权者会抓住自己的把柄，于是推荐同党沈客卿接替自己的职位。
施文庆还没出发时，他和沈客卿共同掌管朝廷机密。护军将军樊毅对仆射袁宪说：“京口、采石都是军事要地，各自需要五千精兵，再派出两百艘金翅战船，沿江上下巡逻，加强防备。”袁宪和骠骑将军萧摩诃都认为这个建议可行，于是和文武群臣共同商议，请求后主按樊毅的计策行事。施文庆担心调兵后没有兵力跟随自己去湘州，耽误自己赴任，而沈客卿又贪图施文庆的职位，想自己独掌大权，两人于是在朝堂上说：“如果有奏议，不必当面陈述；只需写成文书上奏，我们会代为呈递。”袁宪等人信以为真，两人拿着奏书入宫，对后主说：“这都是日常小事，边境将领足以应对。如果调派军队和战船，反而会惊扰百姓。”
等到隋军进逼长江，间谍频繁来报，袁宪等人多次恳切上奏，请求派兵防备，甚至再三劝谏。施文庆说：“元旦朝会即将到来，南郊祭天的仪式上，太子也要率领很多人参加；现在如果出兵，这些事就会荒废。”后主说：“现在先出兵，如果北边没事，再让水军跟随我去南郊，有什么不可以！”施文庆又说：“这样一来，消息传到邻国，会认为我国国力衰弱。”后来施文庆、沈客卿又用财物拉拢江总，江总在朝中为他们游说。后主既不愿违背江总等人的意思，又迫于群臣的请求，于是下令把此事交给外廷大臣详细商议。江总又从中压制袁宪等人，因此商议了很久也没得出结果。
后主曾从容地对侍从说：“帝王之气就在这里。北齐军队来过三次，北周军队来过两次，都被我们打败了。隋军又能怎么样呢！”都官尚书孔范说：“长江是天然的壕沟，自古以来就是南北的界限，如今隋军难道能飞过来吗！边境将领想邀功请赏，才胡乱说军情紧急。我常常担心自己官职太低，要是隋军渡江，我一定能立功升任太尉公！”有人谎称隋军的战马死了很多，孔范说：“那些战马是我们的，怎么会死呢！”后主听了大笑，认为孔范说得对，因此不做充分防备，依旧不停地奏乐、饮酒、赋诗。
这一年，吐谷浑的裨王拓跋木弥请求率领一千多户人家归降隋朝。隋文帝说：“天下所有百姓，都是我的臣民，我抚育他们，全凭仁孝之心。吐谷浑可汗昏庸狂妄，他的妻儿心怀恐惧，都想归附我国，以摆脱危亡。但背叛君主和父亲的人，不能接纳。况且他们的本意只是为了逃避死亡，如果现在拒绝他们，又显得我们不仁。如果他们再派使者来，只需安抚慰问，让他们自行决定是否归附，不必出兵接应。他的妹夫和外甥想来归附，也听凭他们的意愿，不用费力劝诱。”
移兹裒去世，隋文帝下令让他的弟弟树归承袭王位，统领其部众。