建武四年（公元497年）
春季正月，南齐实行大赦。
丙申日，北魏立皇子元恪为太子。孝文帝在清徽堂设宴，谈到废太子元恂时，李冲请罪说：“我身为太子师傅，没能好好辅导他。”孝文帝说：“我尚且没能感化他的恶行，师傅你有什么可请罪的！”
乙巳日，孝文帝向北巡视。
起初，尚书令王晏深受齐武帝的宠信，等到明帝谋划废黜郁林王时，王晏立刻欣然拥护。郁林王被废后，明帝和王晏在东府设宴，谈论时事，王晏拍着手说：“您以前总说我胆小，现在看看我怎么样？”明帝即位后，王晏自认为是辅佐新朝的功臣，常常轻视齐武帝时期的旧制度。他身居朝廷首位后，很多事务都独断专行，朝廷内外的重要职位，都任用自己的亲信，还经常和明帝争论用人问题。明帝虽然因为即位初期需要依靠王晏，却从心里厌恶他。明帝曾整理齐武帝的手诏，发现有三百多封是写给王晏的，内容都涉及国家大事，还发现王晏曾上奏劝谏齐武帝，反对明帝兼管官员选拔事务，因此更加猜忌、轻视王晏。始安王萧遥光劝明帝杀王晏，明帝说：“王晏对我有功劳，而且没有罪过。”萧遥光说：“王晏连齐武帝都不能忠心辅佐，怎么会对陛下忠心呢！”明帝沉默不语。明帝派心腹陈世范等人到街头巷尾，打探对王晏的议论。王晏为人浅薄，没有防备，一心想被授予开府仪同三司的职位，还多次请相面先生看相，说自己会大富大贵；和宾客交谈时，总喜欢屏退旁人，单独密谈。明帝听说后，怀疑王晏想谋反，于是有了杀他的念头。
奉朝请鲜于文粲暗中探查明帝的心意，告发王晏有谋反意图。陈世范又向明帝报告：“王晏谋划在四年南郊祭天的时候，和齐武帝过去的主帅在路上突然发动叛乱。”恰逢有老虎闯入郊坛，明帝更加害怕。郊祭前一天，明帝下令停止举行，先把消息告诉王晏和徐孝嗣。徐孝嗣奉旨停办，王晏却上奏说“郊祀是重大典礼，一定要亲自去办”。明帝越发相信陈世范的话。丙辰日，明帝在华林省召见王晏，把他杀了，还杀了北中郎司马萧毅、台队主刘明达，以及王晏的儿子王德元、王德和。明帝下诏说：“王晏和萧毅、刘明达因为河东王萧铉能力薄弱，谋划拥立他为君主，让他做有名无实的傀儡。”王晏的弟弟王诩担任广州刺史，明帝派南中郎司马萧季敞突袭广州，杀了王诩。萧季敞是明帝的堂叔弟。萧毅生活奢侈，喜好骑马射箭，被明帝猜忌，所以借着这件事陷害他。河东王萧铉之前因为年纪小、能力弱，没被明帝杀掉。萧铉上朝时，总是弯腰驼背，不敢和明帝并肩行走、直视明帝。到这时，萧铉年纪稍大，就因牵连王晏的事被免官，禁止和外人来往。
郁林王即将被废时，王晏的堂弟御史中丞王思远对王晏说：“哥哥你受齐武帝厚恩，现在却帮别人做这样的事；他或许现在需要你帮忙，但你将来怎么立足呢！如果现在自杀，还能保全家族，留下好名声。”王晏说：“我正喝粥，没时间想这种事。”等到王晏被任命为骠骑将军，召集子弟聚会，对王思远的哥哥王思征说：“隆昌末年，王思远劝我自杀；如果听了他的话，哪有今天！”王思远立刻回应：“按我当时的看法，现在自杀还不晚！”王思远知道明帝表面上优待王晏，心里却已怀疑他，趁机对王晏说：“现在形势有点不一样，哥哥你没察觉吗？普通人大多不擅长为自己谋划，却擅长算计别人。”王晏没有回应。王思远退下后，王晏才叹息说：“世上竟然有劝人去死的人！”十天后，王晏就败亡了。明帝听说王思远的话，所以没治他的罪，还升他为侍中。
王晏的表弟尉氏人阮孝绪也知道王晏一定会败亡，王晏多次去他家，他都躲藏起来不见。阮孝绪曾吃到一种味道鲜美的酱，问清楚是从王晏家得来的，立刻吐了出来，还把酱倒掉。等到王晏败亡，有人为阮孝绪担心，他说：“我和王晏是亲戚，但没有结党，有什么好怕的！”最终没被治罪。
二月壬戌日，孝文帝到达太原。
甲子日，南齐任命左仆射徐孝嗣为尚书令，征虏将军萧季敞为广州刺史。
癸酉日，孝文帝到达平城，召见穆泰、陆睿的党羽审问，没有一个人喊冤；当时人都佩服任城王元澄的明察。穆泰和他的亲信党羽都被处死；孝文帝赐陆睿在狱中自杀，赦免他的妻子儿女，把他们流放到辽西做平民。
起初，孝文帝迁都洛阳，改变旧习俗，并州刺史新兴公元丕对此很不满；孝文帝因为他是宗室老臣，也不强迫他，只是用大道理开导他，让他不要公开反对。等到朝中大臣都换上中原服饰，满座都是穿红衣的人，只有元丕还穿着胡服坐在中间，后来才勉强戴上帽子、系上腰带，却还是不注重仪表，孝文帝也不勉强他。
太子元恂从平城将要迁到洛阳时，元隆和穆泰等人密谋留住元恂，趁机起兵封锁关口，谋划占据陉北地区。元丕在并州，元隆等人把密谋告诉了他。元丕表面上担心事情不成，嘴上虽然反对，心里却很赞同。等到事情败露，元丕跟随孝文帝到平城，孝文帝每次审问穆泰等人，常常让元丕在一旁观看。有关部门上奏说元业、元隆、元超罪该灭族，元丕应该连坐。孝文帝因为之前曾下诏答应赦免元丕死罪，所以免他一死，贬为平民，留下他的后妻和两个儿子，让他们和元丕一起住在太原，杀了元隆、元超以及他们的同母弟弟元乙升，其他儿子流放到敦煌。起初，元丕、陆睿和仆射李冲、领军于烈都曾得到孝文帝“免死”的诏书。陆睿被处死後，孝文帝赐给李冲、于烈的诏书说：“陆睿有谋反之心，这是他自己对不起天地；违背誓言的是他，和我无关。谋反的罪行和其他罪过不同，即使我想宽恕，又怎么能做到呢！但我还是没忘记之前的誓言，让他在监狱里自杀，免去他家人被处死的刑罚。元丕的两个儿子、一个弟弟，带头谋反，连坐本该处死，我特意赦免他们为平民。我本来希望和他们善始善终，他们却自己放弃，违背我的心意，多么可悲啊！所以特意告知你们，希望你们不要觉得奇怪。除了谋反，我对你们的态度就像白天一样光明磊落。”李冲、于烈都上奏表感谢。
司马光评论说：爵位的升降、官员的任免、生杀赏罚，是君主驾驭大臣的重要权力。所以古代帝王的制度是，即使是亲信、故旧、贤才、能臣、功臣、贵族、勤勉之人、宾客，如果犯了罪，也不会直接赦免，一定会在朝堂上商议，该赦免就赦免，该宽恕就宽恕，该判刑就判刑，该处死就处死。量刑轻重根据情节，宽严程度顺应时势。这样君主既能施恩又不失威严，大臣能免罪却不敢自恃有功。到了北魏却不是这样，对有功权贵的大臣，常常预先许诺免死；让他们因骄纵而犯罪，之后又杀了他们。这是用不守信的命令引诱他们陷入死地啊。刑政的失误，没有比这更严重的了！
当时，代都的旧贵族大多和穆泰等人勾结谋反，只有于烈一族没有参与，孝文帝因此更加看重他。孝文帝因为北方部落酋长和他们送来做人质的儿子害怕炎热，允许他们秋天到洛阳朝见，春天回到部落，当时人把他们称为“雁臣”（像大雁一样季节性迁徙）。
三月己酉日，孝文帝向南到达离石。反叛的胡人请求投降，孝文帝下诏赦免他们。
夏季四月庚申日，孝文帝到达龙门，派人祭祀夏禹。癸亥日，到达蒲阪，祭祀虞舜。辛未日，到达长安。
北魏废太子元恂被废后，渐渐后悔自己的行为。御史中尉李彪秘密上奏，说元恂又和手下人谋划谋反，孝文帝派中书侍郎邢蛮和咸阳王元禧，带着诏书和毒酒前往河阳，赐元恂死。用粗劣的棺材、普通的衣服装殓元恂，埋葬在河阳。
癸未日，北魏大将军宋明王刘昶在彭城去世，孝文帝追赠他九锡之礼，用特殊的礼仪安葬他。
五月己丑日，孝文帝向东返回，乘船从渭河进入黄河。壬辰日，派人在车邑祭祀周文王，在镐京祭祀周武王。六月庚申日，孝文帝回到洛阳。
壬戌日，北魏征调冀州、定州、瀛州、相州、济州五州的二十万兵马，准备入侵南齐。
北魏穆泰谋反时，中书监魏郡公穆罴曾与他串通谋划，赦免后事情败露，穆罴被削去官爵，贬为平民。穆罴的弟弟司空穆亮把府中事务交给司马慕容契，上奏表弹劾自己，孝文帝下优抚诏书不允许他辞职；穆亮坚持请求，癸亥日，孝文帝才同意他退位。
丁卯日，北魏把军队分为六部分，确定哪些随军出征、哪些留守。
秋季七月甲午日，北魏立昭仪冯氏为皇后。冯皇后想以母亲的身份抚养太子元恪；元恪的生母高氏从代都前往洛阳，在共县突然去世。
戊辰日，北魏任命穆亮为征北大将军、开府仪同三司、冀州刺史。
八月丙辰日，北魏下诏朝廷内外进入戒严状态。
壬戌日，北魏立皇子元愉为京兆王，元怿为清河王，元怀为广平王。
南齐明帝追尊景皇（明帝父亲萧道生）的生母王氏为恭太后。甲戌日，北魏在华林园讲习武事；庚辰日，大军从洛阳出发。孝文帝让吏部尚书任城王元澄留守洛阳；任命御史中丞李彪兼任度支尚书，和仆射李冲一起掌管留守朝廷的事务。授给彭城王元勰“中军大将军”的头衔，元勰推辞说：“亲近的人和疏远的人都能任用，是自古以来的治国之道。我是什么人，能频繁得到这样的宠信任命！过去陈思王曹植请求官职却没被允许，我没请求却得到任命，境遇的好坏差别多么大啊！”孝文帝大笑，握住元勰的手说：“曹操的两个儿子（曹丕、曹植）因才华名声互相猜忌，我和你却因道德品行彼此亲近。”
南齐明帝派军主、直阁将军胡松协助北襄城太守成公期驻守赭阳，派军主鲍举协助西汝南、北义阳二郡太守黄瑶起驻守舞阴。
北魏任命氐族首领杨灵珍为南梁州刺史。杨灵珍率领全州向南齐投降，把母亲和儿子送到南郑做人质，派弟弟婆罗阿卜珍率领一万多步兵、骑兵袭击北魏武兴王杨集始，杀了杨集始的两个弟弟杨集同、杨集众；杨集始处境危急，请求投降北魏。九月丁酉日，孝文帝任命河南尹李崇为都督陇右诸军事，率领几万兵马讨伐杨灵珍。
起初，北魏迁都洛阳时，荆州刺史薛真度劝孝文帝先攻取樊城、邓城。薛真度领兵入侵南阳，被太守房伯玉击败。孝文帝大怒，认为南阳只是个小郡，却立志一定要攻克它，于是领兵向襄阳进军；彭城王元勰等三十六支部队前后相连，兵力号称一百万，士兵的呼喝声震动大地。辛丑日，孝文帝留下众将攻打赭阳，自己领兵南下；癸卯日，到达宛城，连夜袭击外城，攻克了它。房伯玉据守内城抵抗。孝文帝派中书舍人孙延景对房伯玉说：“我现在要统一全国，不像过去那样冬天来春天走。不攻克城池，绝不会回北方。你这座城挡在我大军前进的路上，不能不先攻取；攻下来慢则一年，快则一个月。封侯还是被杀，就在眼前，你好好考虑！而且你有三条罪状，现在让你知道：你过去侍奉齐武帝，受到非同寻常的宠信，却不能尽忠效死，反而向他的仇人（指明帝）效忠，这是第一条罪；前些年薛真度来进攻，你打伤了我的偏师，这是第二条罪；现在我亲自率军前来，你不捆绑自己到我军阵前投降，这是第三条罪。”房伯玉派军副乐稚柔回应说：“承蒙你要围攻宛城，立志一定要攻克。我是地位低微的普通人，能抵抗你的大军，真可以说是死得其所！我承蒙齐武帝提拔，怎敢忘恩！但继位的君主（指郁林王）丧失德行，当今皇上（指明帝）继承大业，不仅符合亿万百姓的深切期望，也延续了齐武帝的遗愿；所以我尽心尽节，不敢有丝毫懈怠。过去你们北魏军队深入我国，侵扰边境百姓，我就激励将士坚守职责。反过来说，这不应该受到指责。”
宛城东南角的水沟上有座桥，孝文帝领兵过桥。房伯玉派几名勇士，穿着彩色衣服，戴着虎头帽，埋伏在桥洞下，突然冲出来袭击，孝文帝的人马都受惊混乱；孝文帝召来擅长射箭的原灵度射箭，勇士中箭而死，孝文帝才得以脱险。
李崇劈山开路，兵分几路，出其不意地进攻氐族军队，内外夹击；氐族部众都抛弃杨灵珍四散逃回。杨灵珍的兵力减少了一大半，李崇进军占据赤土。杨灵珍派堂弟杨建率领五千人驻守龙门，自己率领一万精锐勇士驻守鹫硖；在龙门以北几十里的路上，砍伐树木堵塞道路；在鹫硖的山口，堆积大圆木和礌石，靠近悬崖朝下摆放，用来抵抗北魏军队。李崇命令统军慕容拒率领五千人从其他道路连夜袭击龙门，攻克了它。李崇亲自攻打鹫硖，杨灵珍接连战败逃跑；李崇俘获了杨灵珍的妻子儿女，于是攻克武兴。南齐梁州刺史阴广宗、参军郑猷等人领兵救援杨灵珍；李崇迎击，大败南齐军队，杀了杨婆罗阿卜珍，活捉郑猷等人；杨灵珍逃回汉中。孝文帝听说后，高兴地说：“让我没有西顾之忧的人，就是李崇啊。”任命李崇为都督梁、秦二州诸军事、梁州刺史，安抚当地百姓。
丁未日，孝文帝从南阳出发，留下太尉咸阳王元禧等人继续攻打南阳。己酉日，孝文帝到达新野，新野太守刘思忌据城抵抗。冬季十月丁巳日，北魏军队攻打新野，没能攻克，就修筑长墙包围它，派人对城中说：“房伯玉已经投降，你们为什么还要独自承受城破人亡的后果！”刘思忌派人回应说：“城中的兵力和粮食还很充足，没时间听你们这些小贼说话！”北魏右军府长史韩显宗率领另一支部队驻守赭阳，成公期派胡松率领蛮人军队攻打韩显宗的营寨，韩显宗奋力作战击败了他们，杀了南齐的副将高法援。韩显宗到达新野，孝文帝对他说：“你打败敌军、斩杀敌将，大大增强了我军气势。我正在攻打坚固的城池，你为什么不写捷报公布战绩？”韩显宗回答：“近来听说镇南将军王肃俘获了两三个敌人、几匹驴马，都写了捷报；我在宫中任职时，私下常常嘲笑这种做法。最近我虽然依靠陛下的神威，打败了丑恶的敌人，但兵力薄弱，擒获斩杀的敌人不多。如果再大肆宣扬，夸大功劳，效仿王肃的做法，罪过就更大了。我之所以不写捷报，只是向陛下汇报战况罢了。”孝文帝更加认为他贤明。
南齐明帝下诏让徐州刺史裴叔业领兵救援雍州。裴叔业上奏说：“北方人不喜欢长途行军，只喜欢抢劫掠夺。如果我们入侵北魏边境，那么攻打司州、雍州的北魏军队自然会分兵救援。”明帝采纳了他的建议。裴叔业领兵攻打虹城，俘获四千多男女百姓。
甲戌日，明帝派太子中庶子萧衍、右军司马张稷救援雍州。十一月甲午日，南齐前军将军韩秀方等十五名将领向北魏投降。丁酉日，北魏在沔水北岸击败南齐军队，将军王伏保等人被北魏俘获。
丙辰日，南齐任命杨灵珍为北秦州刺史、仇池公、武都王。
新野人张率领一万多家百姓占据营寨抵抗北魏军队。十二月庚申日，北魏军队攻克营寨。雍州刺史曹虎和房伯玉不和，所以故意延缓救援，把军队驻扎在樊城。
丁丑日，明帝下诏派度支尚书崔慧景救援雍州，授予崔慧景符节，率领两万步兵、一千骑兵前往襄阳，雍州的各路军队都受他指挥。
庚午日，孝文帝向南到达沔水岸边；戊寅日，回到新野。
南齐将军王昙纷率领一万多人攻打北魏南青州的黄郭戍，北魏戍主崔僧渊击败了他们，南齐军队全军覆没。将军鲁康祚、赵公政率领一万人入侵北魏太仓口，北魏豫州刺史王肃派长史清河人傅永率领三千士兵迎击。鲁康祚等人在淮河以南驻军，傅永在淮河以北驻军，两军相距十多里。傅永说：“南方人喜欢夜间偷袭营寨，一定会在渡淮河的地方点火标记水浅的位置。”于是连夜把士兵分成两队，埋伏在营寨外；又用葫芦装上火种，秘密派人渡过淮河到达南岸，在水深的地方放置，告诫说：“看到北岸点火，你们就跟着点火。”当天夜里，鲁康祚等人果然领兵偷袭傅永的营寨；北魏埋伏的士兵两面夹击。鲁康祚等人逃向淮河，这时南北两岸的火都烧了起来，他们不知道该从哪里渡河，被淹死和斩杀的有几千人，赵公政被活捉，傅永还缴获了鲁康祚的尸体带回。南齐豫州刺史裴叔业入侵北魏楚王戍，王肃又派傅永迎击。傅永率领一名心腹飞马赶到楚王戍，命令士兵填平城外的壕沟，连夜在城外埋伏一千名士兵。天亮后裴叔业等人到达城东，部署士兵准备修筑长墙包围戍城。傅永的伏兵袭击裴叔业的后军，击败了他们。裴叔业留下将领守卫营寨，自己率领几千精锐士兵救援后军。傅永登上城楼，看到裴叔业向南走了几里路，就打开城门奋力出击，大败南齐军队，缴获裴叔业的伞盖、扇子、战鼓、帐篷和铠甲兵器一万多件。裴叔业进退两难，于是逃走。傅永身边的人想追击，傅永说：“我的士兵不到三千人，对方的精锐部队还很强大，他们不是因为兵力不足而失败，而是中了我的计策。他们已经摸不清我们的虚实，这就足够让他们吓破胆了。俘获这些物资就够了，何必再追击！”孝文帝派谒者到前线任命傅永为安远将军、汝南太守，封为贝丘县男。傅永勇猛有力，爱好学习且擅长写文章。孝文帝常感叹说：“上马能击退敌人，下马能写捷报，只有傅修期（傅永字修期）能做到啊！”
南齐曲江公萧遥欣喜好军事，明帝因为自己的儿子们还年幼，在内亲中依靠萧遥欣兄弟，在外亲中依靠皇后的弟弟西中郎长史彭城人刘暄、自己的内弟太子詹事江祏。所以任命始安王萧遥光为扬州刺史，在朝中掌权；任命萧遥欣为都督荆、雍等七州诸军事、荆州刺史，镇守西部边境。但萧遥欣在江陵，招揽了很多有才能、勇猛的人，极力扩充自己的势力，明帝对此非常厌恶。萧遥欣轻视南郡太守刘季连，刘季连秘密上奏说萧遥欣有谋反的迹象；明帝于是任命刘季连为益州刺史，让他占据萧遥欣上游的位置来牵制萧遥欣。刘季连是刘思考的儿子。
这一年，高昌王马儒派司马王体玄向北魏进贡，请求北魏派兵迎接，计划率领全国百姓迁到北魏境内；孝文帝派明威将军韩安保前去迎接，并划出伊吾五百里土地给马儒的部众居住。马儒派左长史顾礼、右长史金城人麴嘉率领一千五百步兵、骑兵迎接韩安保，但韩安保没到；顾礼、麴嘉返回高昌，韩安保也回到伊吾。韩安保派下属朝兴安等人出使高昌，马儒又派顾礼带领世子马义舒迎接韩安保，到达白棘城，这里距离高昌一百六十里。高昌老臣留恋故土，不愿向东迁徙，一起杀了马儒，拥立麴嘉为高昌王，再次向柔然称臣。韩安保只带着顾礼、马义舒返回洛阳。