山阳王刘休佑给殷琰写信，向他陈述利害，皇上又派遣御史王道隆携带诏书赦免殷琰的罪过。刘勔也给殷琰写信，还把殷琰哥哥殷瑗的儿子殷邈的信一起送去。殷琰和杜叔宝等人都有投降的想法，但众人意见不一，又据城固守。
弋阳西山蛮人田益之起兵响应建康，朝廷下诏任命田益之为辅国将军，督管弋阳西山事务。初六，任命辅国将军沈攸之为雍州刺史。二十一日，任命尚书左仆射王景文为中军将军。二十四日，任命宁朔将军刘乘民为冀州刺史。
二十八日，将昭太后安葬在修宁陵。
张永、萧道成等人与薛索儿交战，大败薛索儿，薛索儿退守石梁；因粮食耗尽而溃散，逃向乐平，被申令孙的儿子申孝叔斩杀。薛安都的儿子薛道智逃到合肥，向裴季之投降。傅灵越逃到淮西，被武卫将军沛郡人王广之活捉，押送到刘勔那里。刘勔责问他叛乱的罪行，傅灵越说：“九州都起来反抗，难道只有我一个人吗！薛公不能专用有智有勇的人，却把大事委托给子侄，这是他失败的原因。人生终有一死，我实在没有脸面求活。”傅灵越被押送到建康。皇上想赦免他，傅灵越的言辞始终不变，于是将他杀死。
邓琬因刘胡与沈攸之等人相持不下，长时间没有决出胜负，于是加封袁顗为督征讨诸军事。六月十八日，袁顗率领一千艘楼船，二万战士，进入鹊尾。袁顗本来就没有将帅的谋略，性情又怯懦，在军中从未穿过军装，谈话也不涉及战阵，只是赋诗谈论义理而已，不再安抚接待各位将领；刘胡每次议论事情，他的回应都很简略。因此大失人心，刘胡常常咬牙切齿地怨恨他。刘胡因南方运送的粮食还没到，军士缺乏物资，向袁顗借襄阳的物资，袁顗不答应，说：“京城的两处住宅还没建成，正应该经营料理。”他又相信往来的传言，说“建康米价昂贵，一斗达到几百钱”，认为建康将会不攻自溃，于是按兵不动等待时机。
田益之率领一万多蛮人包围义阳，邓琬派司州刺史庞孟虬率领五千精兵救援，田益之不战而溃。
安成太守刘袭，始安内史王识之，建安内史赵道生，都献出本郡投降。刘袭是刘道怜的孙子。
萧道成的长子萧赜担任南康赣县令，邓琬派遣使者逮捕他。门客兰陵人桓康用担子挑着萧赜的妻子裴氏和他的儿子萧长懋、萧子良逃到山中，与萧赜的族人萧欣祖等人结交宾客一百多人，攻打郡城，攻破监狱救出萧赜。南康相沈肃之率领将吏追击萧赜，萧赜与他交战，擒获了他。萧赜自称宁朔将军，占据郡城起兵，与刘袭等人相呼应。邓琬任命中护军殷孚为豫章太守，督管上游五郡来防备刘袭等人。
衡阳内史王应之起兵响应建康，在长沙袭击湘州行事何慧文。王应之与何慧文放下军队徒手搏斗，王应之砍伤何慧文八处，何慧文砍断王应之的脚，将他杀死。
始兴人刘嗣祖等人占据郡城起兵响应建康，广州刺史袁昙远派遣他的将领李万周等人讨伐。刘嗣祖欺骗李万周说“寻阳已经平定”。李万周返回袭击番禺，擒获袁昙远，将他斩杀。皇上任命李万周代理广州事务。
当初，武都王杨元和治理白水，因势力微弱不能自立，放弃封国投奔北魏。杨元和的堂弟杨僧嗣又自立为王，屯驻在葭芦。费欣寿到达巴东，巴东人任叔儿占据白帝，自称辅国将军，攻打费欣寿，将他斩杀，任叔儿于是据守三峡。萧惠开又派遣治中程法度率领三千士兵出兵梁州，杨僧嗣率领氐人部落截断他们的道路，派人从小路向朝廷报告。秋季七月十二日，朝廷任命杨僧嗣为北秦州刺史、武都王。
各军与袁顗在浓湖相持，长时间没有决出胜负。龙骧将军张兴世建议说：“叛贼占据上游，兵力强盛，地势优越。我们虽然能够抵抗他们，但不足以制服他们。如果用几千奇兵偷偷出兵到他们的上游，凭借险要地势修筑营垒，见机行事，使他们首尾难顾，进退两难，中流既然被阻断，粮运自然困难，这是制服叛贼的奇计。钱溪江岸最狭窄，距离大军不远，下游面临洄流，船只下行必须停靠岸边，又有横浦可以隐藏船只，一千人守住险要，一万人也不能通过。要害之地，没有比这里更合适的了。”沈攸之、吴喜都赞同他的计策。恰逢庞孟虬领兵前来援助殷琰，刘勔派遣使者紧急求援，建安王刘休仁想派遣张兴世去救援。沈攸之说：“庞孟虬的军队像蚂蚁一样聚集，一定不会有什么作为，派遣别的将领率领几千步兵骑兵，足以制服他们。张兴世这次行动，是关系安危的关键。一定不能停止。”于是派遣段佛荣领兵救援刘勔，而挑选七千战士、二百艘轻船配给张兴世。
张兴世率领部众逆流稍作前进，不久又退回，这样反复了好几天。刘胡听说后，笑着说：“我尚且不敢越过他们往下攻取扬州，张兴世是什么人，想轻易占据我的上游！”没有防备他。一天夜里，四更时分，恰逢顺风，张兴世扬起船帆径直前进，渡过湖、白，经过鹊尾。刘胡发觉后，才派遣他的将领胡灵秀率兵在东岸侧翼跟随前进。七月十三日傍晚，张兴世在景洪浦宿营，胡灵秀也留了下来。张兴世暗中派遣他的将领黄道标率领七十艘船径直赶赴钱溪，建立营寨；十四日，张兴世领兵进占钱溪，胡灵秀无法阻止。十五日，刘胡亲自率领二十六支水、步军前来攻打钱溪。将士们想迎击据守，张兴世阻止他们说：“叛贼来得还远，士气旺盛而箭射得又快；快射容易耗尽，旺盛的士气也容易衰退，不如等待他们。”命令将士们像往常一样整治城防。不久刘胡来得更近了，船只进入洄流之中；张兴世命令寿寂之、任农夫率领几百名壮士攻击他们，各军相继进军，刘胡战败逃走，被斩首几百人，刘胡收兵退下。当时张兴世的城寨还没坚固，建安王刘休仁担心袁顗合力再次攻打钱溪，想分散他们的势力。十六日，命令沈攸之、吴喜等人用皮舰进攻浓湖，斩杀俘获一千多人。当天，刘胡率领二万步兵、一千名骑兵，想再次攻打张兴世。离钱溪还有几十里，袁顗因浓湖危急，急忙追回他，钱溪的城寨因此得以建立。刘胡派人传呼“钱溪已经平定”，众人都很害怕，沈攸之说：“不对。如果钱溪真的失败了，一万人中应该有一个人逃回来；一定是他们作战失利，故意散布谎言来迷惑众人罢了。”约束军中不得妄动；钱溪的捷报不久就到了。沈攸之把钱溪送来的刘胡军队的耳鼻展示给浓湖的叛军看，袁顗十分惊骇恐惧。沈攸之傍晚领兵返回。
龙骧将军刘道符进军逼近山阳，程天祚请求投降。
庞孟虬进军到弋阳，刘勔派遣吕安国等人在蓼潭迎击，大败庞孟虬，庞孟虬逃向义阳。王玄谟的儿子王昙善起兵占据义阳响应建康，庞孟虬逃到蛮人中死去。
刘胡派遣辅国将军薛道标袭击合肥，杀死汝阴太守裴季之，刘勔派遣辅国将军垣闳攻击他。垣闳是垣阆的弟弟；薛道标是薛安都的儿子。
淮西人郑叔举起兵攻打常珍奇以响应郑黑；二十六日，任命郑叔举为北豫州刺史。崔道固被当地人攻击，闭门自守。皇上派遣使者安抚慰问，崔道固请求投降。二十九日，又任命崔道固为徐州刺史。
八月，皇甫道烈等人听说庞孟虬战败，一起打开城门出来投降。
张兴世占据钱溪后，浓湖的叛军缺乏粮食。邓琬大量运送物资粮食，因害怕张兴世，不敢前进。刘胡率领四百艘轻船，从鹊头内侧的水路想攻打钱溪，不久对长史王念叔说：“我从小熟悉步战，不熟悉水战。如果步战，我常在几万人中；水战在一艘船上，每艘船各自前进，不再相互关联，只在三十人中，这不是万全之计，我不做。”于是假托患疟疾，停在鹊头不前进，派遣龙骧将军陈庆率领三百艘船前往钱溪，告诫陈庆：“不需要作战。张兴世是我熟悉的人，他自己会逃走的。”陈庆到达钱溪，在梅根驻军。
刘胡派遣别将王起率领一百艘船攻打张兴世，张兴世攻击王起，大败他。刘胡率领其余的船只疾驰返回，对袁顗说：“张兴世的营寨已经建立，不能突然攻打；昨天的小规模交战，不足以造成损失。陈庆已经和南陵、大雷各军一起遏制他的上游，大军在这里，鹊头各将领又阻断他的下游；他已经陷入包围之中，不值得再忧虑了。”袁顗恼怒刘胡不作战，对他说：“粮运被阻塞，该怎么办？”刘胡说：“他们尚且能逆流越过我而上，我们的运粮为什么不能顺流越过他们而下呢！”于是派遣安北府司马沈仲玉率领一千人步行赶赴南陵迎接粮食。
沈仲玉到达南陵，装载三十万斛米，几十船钱和布，竖起木牌作为城防，计划要突破封锁。行进到贵口，不敢前进，派遣密使报告刘胡，让他派遣重兵接应。张兴世派遣寿寂之、任农夫等人率领三千人到贵口攻击他，沈仲玉逃回袁顗的军营，物资全部被缴获；刘胡的部众惊恐害怕，刘胡的将领张喜前来投降。
镇东中兵参军刘亮进军逼近刘胡的军营，刘胡不能控制。袁顗害怕地说：“叛贼进入到心腹之中，怎么能活下去！”刘胡暗中谋划逃跑，二十四日，欺骗袁顗说：“想再率领二万步兵骑兵，向上攻取钱溪，同时接运大雷剩余的粮食。”让袁顗挑选所有的马匹配给他。当天，刘胡抛弃袁顗离去，径直赶赴梅根。先命令薛常宝准备船只，发动南陵各军，烧毁大雷各城后逃跑。到了夜里，袁顗才知道，大怒，骂道：“今年被小子耽误了！”叫人牵来平时乘坐的好马“飞燕”，对他的部众说：“我要亲自出去追击他！”于是也逃跑了。
二十五日，建安王刘休仁领兵进入袁顗的军营，接纳十万投降的士兵，派遣沈攸之等人追击袁顗。袁顗逃到鹊头，与戍主薛伯珍以及所率领的几千人一起离去，想前往寻阳。夜里，停在山间，杀马犒劳将士，回头对薛伯珍说：“我不是不能死；只是想到寻阳，向主上谢罪，然后自刎罢了。”于是慷慨地呵斥左右的人拿节杖来，没有再回应的人。到了天亮，薛伯珍请求屏退旁人说事，于是斩杀袁顗的首级，到钱溪马军主襄阳人俞湛之那里。俞湛之于是斩杀薛伯珍，把两人的首级一起送去作为自己的功劳。
刘胡率领二万人前往寻阳，欺骗晋安王刘子勋说：“袁顗已经投降，军队都溃散了，只有我率领所部独自返回；应该迅速处置，作为一战的资本。我会停留在湓城据守，誓死不背叛。”于是在江外连夜赶赴沔口。
邓琬听说刘胡离去，忧愁惶恐无计可施，叫来中书舍人褚灵嗣等人商议，都不知道该怎么办。张悦假称生病，叫邓琬来议事，命令左右的人在帐后埋伏武士，告诫他们：“如果听到要酒，就出来。”邓琬到后，张悦说：“你首先倡议这个谋略，现在事情危急，有什么计策？”邓琬说：“应当斩杀晋安王，封闭府库，来谢罪罢了。”张悦说：“难道可以出卖殿下求活命吗！”于是叫酒。张悦的儿子张洵提刀出来，斩杀邓琬。中书舍人潘欣之听说邓琬死了，领兵赶来。张悦派人对他说：“邓琬谋反，现在已经被斩首。”潘欣之于是返回。张悦逮捕邓琬的儿子，一起杀死。张悦于是独自乘船带着邓琬的首级疾驰东下，到建安王刘休仁那里投降。
寻阳大乱。蔡那的儿子蔡道渊在寻阳被关押在作部，挣脱枷锁进入城中，抓住刘子勋，囚禁他。沈攸之等各军到达寻阳，斩杀晋安王刘子勋，把首级传送到建康，当时刘子勋十一岁。
当初，邓琬派遣临川内史张淹从鄱阳山路进入三吴，在饶州驻军，听说刘胡战败，军副鄱阳太守费晔斩杀张淹投降。张淹是张畅的儿子。
废帝在位时，士大夫害怕灾祸，都想远出。到这时在外面遭遇战乱流离，百不存一，众人才佩服蔡兴宗的先见之明。
九月初八，任命山阳王刘休佑为荆州刺史。
初九，解除戒严，大赦天下。
十六日，司徒刘休仁到达寻阳，派遣吴喜、张兴世前往荆州，沈怀明前往郢州，刘亮和宁朔将军南阳人张敬儿前往雍州，孙超之前往湘州，沈思仁、任农夫前往豫章，平定残余的叛贼。
刘胡逃到石城，被捕获斩杀。郢州行事张沈改变身份为和尚，潜逃，被追上捕获杀死。荆州行事刘道宪听说浓湖平定，遣散士兵，派遣使者认罪。荆州治中宗景等人领兵入城，杀死刘道宪，抓住临海王刘子顼投降。孔道存知道寻阳已经平定，派遣使者请求投降；不久听说柳世隆、刘亮将要到达，部众全部逃散，孔道存和三个儿子都自杀了。皇上因何慧文兼具将才和吏能，派吴喜宣布圣旨赦免他。何慧文说：“已经陷入叛逆之中，亲手杀害忠义之人，有什么脸面见天下的士人！”于是自杀。安陆王刘子绥、临海王刘子顼、邵陵王刘子元都被赐死，刘顺和其余在荆州的党羽都被处死。朝廷下诏追赠各位死节的大臣，以及封赏有功的人各有等差。
九月二十五日，北魏开始设立郡学，设置博士、助教和生员，这是采纳了中书令高允、相州刺史李詃的建议。李詃是李崇的儿子。
明帝诛杀晋安王刘子勋等人后，对待世祖的其他儿子仍像往日一样。司徒刘休仁从寻阳返回后，对明帝说：“松滋侯刘子房兄弟还在，将来会对国家不利，应该尽早处置他们。”冬季十月初一，松滋侯刘子房、永嘉王刘子仁、始安王刘子真、淮南王刘子孟、南平王刘子产、庐陵王刘子舆、刘子趋、刘子期、东平王刘子嗣、刘子悦全部被赐死，镇北咨议参军路休之、司徒从事中郎路茂之、兖州刺史刘祗、中书舍人严龙也因牵连被诛杀。世祖的二十八个儿子至此全部死去。刘祗是刘义欣的儿子。
刘勔包围寿阳，垣闳攻打合肥，都没能攻下。刘勔为此担忧，召集众将商议。马队主王广之说：“给我将军所乘的马，我保证能平定合肥。”幢主皇甫肃发怒说：“王广之竟敢抢夺将军的马，应该斩首！”刘勔笑着说：“看他的意思，一定能立功。”当即解下马鞍把马给他。王广之前去攻打合肥，三天就攻克了；薛道标突围逃到淮西投奔常珍奇，刘勔提拔王广之为军主。王广之对皇甫肃说：“将军如果听从你的话，怎么能平定叛贼！你不赏识人才，竟到了这种地步！”皇甫肃有学问，到刘勔去世后，转而依附王广之，王广之把他推荐给齐世祖，任东海太守。
沈灵宝从庐江领兵攻打晋熙，晋熙太守阎湛之弃城逃跑。
徐州刺史薛安都、益州刺史萧惠开、梁州刺史柳元怙、兖州刺史毕众敬、豫章太守殷孚、汝南太守常珍奇，都派遣使者请求投降。明帝因南方已经平定，想在淮北显示军威，二十一日，命令镇军将军张永、中领军沈攸之率领五万甲士迎接薛安都。蔡兴宗说：“薛安都归顺，这确实不是假的，只需要派一个使者带着书信去就行了。现在用重兵迎接他，他势必会怀疑恐惧；或许会招引北方的敌人，造成的祸患就深重了。如果认为叛臣罪行严重，不能不诛杀，那么之前赦免的人也已经很多了。何况薛安都在外占据大镇，靠近边境，地势险要，兵力强盛，攻打包围难以攻克，从国家大计考虑，尤其应该加以安抚；如果他向外叛乱，将会成为朝廷日夜忧虑的事情。”明帝不听，对征北司马代理南徐州事务的萧道成说：“我现在趁此机会北伐，你认为怎么样？”萧道成回答说：“薛安都狡猾有余，现在用兵力逼迫他，恐怕对国家不利。”明帝说：“各军勇猛精锐，哪里不能攻克！你不要多说！”薛安都听说大军北上，害怕，派遣使者向魏投降，常珍奇也献出悬瓠投降魏，都请求派兵自救。
二十四日，立皇子刘昱为太子。
薛安都把他的儿子作为人质送到魏，魏派遣镇东大将军代人尉元、镇东将军魏郡人孔伯恭等率领一万骑兵从东路出发，救援彭城；镇西大将军西河公拓跋石、都督荆、豫、南雍州诸军事张穷奇从西路出发，救援悬瓠。任命薛安都为都督徐、雍等五州诸军事、镇南大将军、徐州刺史、河东公；常珍奇为平南将军、豫州刺史、河内公。
兖州刺史申纂假装向魏投降，尉元接受了他的投降，却暗中防备他。魏的军队到达无盐，申纂关闭城门抵抗防守。
薛安都召引魏兵时，毕众敬没有和他一起，派遣使者来请求投降；明帝任命毕众敬为兖州刺史。毕众敬的儿子毕元宾在建康，此前因其他罪名被诛杀。毕众敬听说后，发怒，拔刀砍柱子说：“我白头老翁只有一个儿子，不能保全，还活着有什么用！”十一月初一，魏的军队到达瑕丘，毕众敬向魏请求投降。尉元派遣部将先占据他的城池，毕众敬悔恨，几天不吃饭。尉元长驱直入，十二月初八，军队驻扎在秺县。
西河公拓跋石到达上蔡，常珍奇率领文武官员出城迎接。拓跋石想把军队驻扎在汝水以北，然后入城，中书博士郑羲说：“现在常珍奇虽然来迎接，但他的意图不可估量。不如直接进入他的城池，夺取他的钥匙，占据府库，控制他的心腹，这是万全之策。”拓跋石于是策马入城，趁机设置酒宴嬉戏。郑羲说：“观察常珍奇的神色很不平，不能不为此尽力防备。”于是严格整顿军队，设置防备。当天晚上，常珍奇派人烧毁府屋，想发动叛乱，因拓跋石有防备而停止。郑羲是郑豁的曾孙。
淮西七郡的百姓大多不愿意归属魏，联合军营向南逃跑。魏派遣建安王陆馛安抚慰问新归附的百姓；有陷入军队成为奴婢的，全部赦免，新归附的百姓才高兴。
十四日，诏令因依附寻阳而被削去官爵、禁锢终身的人，都予以赦免，根据才能选拔任用。
刘勔包围寿阳，从初春到冬末，对内进攻，对外防御，战无不胜，因宽厚得到将士的拥护。寻阳平定后，明帝让中书省起草诏书晓谕殷琰，蔡兴宗说：“天下已经平定，这是殷琰反思过错的时候。陛下应该亲手写几行诏书来安慰引导他。现在直接由中书省起草诏书，他一定会怀疑不是真的，这不是用来迅速平定一方祸难的办法。”明帝不听。殷琰得到诏书，认为是刘勔伪造的，不敢投降。杜叔宝封锁寻阳失败的消息，有传播消息的人立即杀死，防守更加坚固。凡是有投降的人，明帝就把他们送到寿阳城下，让他们和城中的人说话，因此众人的情绪离散沮丧。
殷琰想向魏请求投降，主簿谯郡人夏侯详劝殷琰说：“今天的举动，本是效忠节义。如果国家有了君主，就应该归附朝廷，怎么能向北面臣服异族呢！况且现在魏军近在淮河边上，官军不知道我们的去向，如果派遣使者归附朝廷，朝廷一定会优厚地安慰接纳，岂止是免罪而已。”殷琰于是派夏侯详出城见刘勔。夏侯详劝刘勔说：“现在城中的士兵百姓知道处境困难却还固守的原因，是害怕将军诛杀，都想自己归附魏。希望将军放宽政策并赦免他们，那么没有人不会相继前来投降。”刘勔答应了，派夏侯详到城下，呼唤城中的人，把刘勔的意思告诉他们。十五日，殷琰率领将佐反绑双手出城投降，刘勔都加以安慰安抚，没有杀戮一人。进入城中，约束将士，士兵百姓的财物，秋毫无犯，寿阳人非常高兴。魏的军队到达师水，将要救援寿阳；听说殷琰已经投降，就抢掠义阳几千人离去。过了很久，殷琰又做官到少府才去世。
萧惠开在益州，多次施行刑罚诛杀，蜀人猜疑怨恨。听说费欣寿战败阵亡，程法度不能前进，于是晋原一郡反叛，各郡都响应，合兵包围成都。城中的东方士兵不超过二千人，萧惠开把蜀人全部派出去，独自和东方士兵抵抗防守。蜀人听说寻阳已经平定，争相想屠城，部众达到十多万人。萧惠开每次派兵出战，未尝不胜利。
明帝派遣萧惠开的弟弟萧惠基从陆路出使成都，赦免萧惠开的罪过。萧惠基到达涪县，蜀人阻止挽留萧惠基，不让他前进。萧惠基率领部下攻击他们，斩杀他们的首领，然后才得以前进。萧惠开接受圣旨投降，成都的包围得以解除。
明帝派遣萧惠开的同宗人萧宝首从水路慰劳益州。萧宝首想把平定蜀地作为自己的功劳，又鼓励劝说蜀人，让他们攻打萧惠开。于是蜀地处处起兵，凡是离散的人一时间又聚集起来，和萧宝首进逼成都，部众号称二十万。萧惠开想攻击他们，将佐都说：“现在慰劳的使者到了却抵抗他，用什么来表明自己的清白？”萧惠开说：“现在奏表书信的道路断绝，不作战怎么能派遣使者到京师？”于是派遣宋宁太守萧惠训等人率领一万士兵和他们交战，大败他们，生擒萧宝首，囚禁在成都，派遣使者说明情况。明帝派人押解萧宝首，召萧惠开返回建康。到达后，明帝问他起兵的情况。萧惠开说：“我只知道叛逆和顺从，不知道天命；况且不是我不会发生叛乱，不是我不能平定叛乱。”明帝赦免了他。
这一年，侨立兖州，治所设在淮阴；徐州治所设在钟离；青、冀二州共设一个刺史，治所设在郁洲，郁洲在海中，周长几百里，用石头垒成城墙，高八九尺，虚设郡县，荒凉的百姓没有多少。
张永、沈攸之进军逼近彭城，驻扎在下祃，分别派遣羽林监王穆之率领五千士兵在武原守卫辎重。
魏的尉元到达彭城，薛安都出城迎接。尉元派遣李璨和薛安都先入城，收缴城门钥匙；另外派遣孔伯恭率领二千精锐士兵安抚内外，然后入城。当天夜里，张永攻打南门，没有攻克而退回。
尉元对薛安都不礼貌，薛安都后悔投降，又谋划反叛魏；尉元知道了，薛安都没有敢发动。薛安都用重金贿赂尉元等人，把罪名推给女婿裴祖隆而杀死他。尉元派李璨和薛安都守卫彭城，自己率领军队攻击张永，切断他的粮道，又在武原打败王穆之。王穆之率领残余部众前往张永那里，尉元进军攻打他们。