壬寅日，司徒鲁恭被罢免。他两度担任三公，选拔的高才之士中有数十人官至列卿、郡守，但门下老臣有的未被举荐，甚至心生怨恨。鲁恭听闻后说：“学问不精是我担忧的，学生们不是可以通过乡里举荐入仕吗！”始终不解释，也不借助议论平息争议。他教导学生时必深究疑难，学业有成后才让其离去，学生们都说：“鲁公亲自指导论辩，求学不可虚度。”
四月丙寅日，大鸿胪夏勤被任命为司徒。三公因国库不足，奏请允许吏民缴纳钱粮换取关内侯、虎贲郎等官职，品级不同纳粮数额有别。
甲申日，清河愍王刘虎威去世无子嗣。五月丙申日，封乐安王刘宠之子刘延平为清河王，继承清河孝王刘庆一脉。
六月，渔阳郡乌桓人与右北平郡胡人千余人侵扰代郡、上谷郡。汉人韩琮随南匈奴单于入朝，返回后欺骗单于说“关东遭水灾，百姓饿死殆尽，可以进攻”，单于信以为真发动反叛。
秋季七月，海贼张伯路等劫掠沿海九郡，杀死郡守、县令。朝廷派侍御史庞雄督率州郡兵征讨，张伯路等暂时投降，不久又聚集作乱。
九月，雁门郡乌桓率众王无何允与鲜卑首领丘伦，联合南匈奴骨都侯率七千骑兵侵扰五原郡，与太守战于高渠谷，汉军大败。南匈奴单于在美稷围困中郎将耿种。冬季十一月，朝廷派大司农何熙代理车骑将军事，中郎将庞雄为副将，率五营及边郡兵两万余人，又令辽东太守耿夔率鲜卑及诸郡兵共同进击，同时命梁慬代理度辽将军事。庞雄、耿夔击败南匈奴薁韐日逐王。
十二月辛酉日，九个郡国发生地震。乙亥日，天苑星区出现彗星。这一年，京城及四十一郡国遭水灾，并州、凉州饥荒严重，出现人相食现象。太后因阴阳失调、战事频繁，下诏年终犒赏卫士时不设乐舞，逐疫的童子数量减半。
永初四年（公元110年）
正月元旦朝会，取消奏乐和陈列仪仗车。
邓骘在位时注重推举贤才，将何熙、李合等荐入朝廷，又征召弘农杨震、巴郡陈禅等入幕府，天下称其善举。杨震出身孤贫却好学，精通欧阳氏《尚书》，博览群书，儒生们称他“关西孔子杨伯起”。他教授学问二十余年，拒绝州郡征召，有人笑他仕途太晚，他却志向更坚。邓骘征召他时已五十余岁，后历任荆州刺史、东莱太守。赴任途中经昌邑，当年他举荐的荆州茂才王密时任昌邑县令，深夜怀揣十斤黄金送礼。杨震说：“我了解你，你为何不了解我？”王密称“深夜无人知晓”，杨震正色道：“天知、地知、我知、你知，怎说无人知晓！”王密羞愧退去。后来杨震转任涿郡太守，一生清廉，子孙常吃素食、步行出行。旧友劝他置办产业，他拒绝道：“让后世称我为清白官吏的子孙，以此作为遗产，不是更丰厚吗！”
此时张伯路再度攻打郡县杀官吏，势力渐大。朝廷派御史中丞王宗持符节征调幽、冀诸郡数万兵力，又征召宛陵县令法雄为青州刺史，与王宗合力征讨。
南匈奴单于围困耿种数月，梁慬、耿夔在属国故城斩杀其部将，单于亲自迎战又被击败，遂退回虎泽。
丙午日，朝廷下诏各等级官员俸禄按不同比例削减。二月，南匈奴侵扰常山郡。滇零派兵攻打褒中，汉中太守郑勤将军队移驻褒中。任尚率军久战无功，百姓无法务农，朝廷命其率军回驻长安，遣散南阳、颍川、汝南等地士卒。乙丑日，朝廷依照西汉旧制，在长安设置京兆虎牙都尉，在雍县设置扶风都尉，负责三辅地区防务。
谒者庞参向邓骘提议，把边境郡县活不下去的百姓迁到三辅地区。邓骘觉得有道理，甚至想干脆放弃凉州，集中力量守北方边境。他把公卿大臣召集起来商量，说：“这就好比衣服破了，拿一块布补一补，好歹还能穿；要是不补，整件衣服都得报废。”大臣们听着都点头赞同。
这时候，郎中虞诩找到太尉张禹，着急地说：“大将军这个主意，有三个大问题！第一，凉州是先帝辛辛苦苦打下来的，现在就因为省点小钱不要了，怎么对得起先帝？第二，一旦放弃凉州，三辅就成了最前线，皇陵可就暴露在敌人眼皮子底下，多危险！第三，俗话说‘关西出将，关东出相’，凉州出了多少猛将，那里的人天生勇猛，又熟悉打仗。羌人和胡人不敢猛攻三辅，就是怕凉州的军队在背后偷袭。凉州百姓为啥愿意拼命打仗，父子都不怕死？因为他们觉得自己是汉朝的子民。要是现在抛弃凉州，老百姓肯定心寒，会说‘朝廷把我们扔给外族了！’到时候，万一有野心家趁天下饥荒、朝廷虚弱，拉拢凉州豪杰，带着羌人、氐人当先锋向东打，就算让古代的勇士孟贲、夏育当士兵，姜子牙当将军，都不一定守得住！到那时，函谷关以西、皇陵和长安可就不属于汉朝了！说放弃凉州是‘补衣服’，我看更像是伤口溃烂，会越来越严重！”
张禹一听，惊出一身冷汗：“我怎么没想到这些！多亏你提醒，差点误了大事！”虞诩接着建议：“应该把凉州有本事的人都拉拢过来，让当地官员的子弟来朝廷做官，各个官府都征辟一些。这样一来，对外能表彰他们的功劳，对内也能把他们管起来，防止他们造反。”张禹觉得这办法好，又把四府官员叫来商量，最后采纳了虞诩的建议，征召凉州豪杰当属官，封地方官员子弟为郎官，好好安抚了凉州人心。
邓骘却因此恨上了虞诩，总想找机会整他。正巧朝歌有个叫宁季的带着几千人闹事，杀了当地长官，还占山为王好几年，州郡官兵怎么都打不过。邓骘就故意派虞诩去当朝歌县长。老朋友们都来安慰他，觉得这是个烫手山芋，虞诩却笑着说：“当官就是要解决难题！不遇到复杂的事儿，怎么看得出能力？这正是我立功的好机会！”
刚到任，虞诩去拜见河内太守马棱。马棱直摇头：“你是个文化人，本该在朝廷出谋划策，现在却来朝歌，我真替你担心！”虞诩却胸有成竹：“这些贼就是一群乌合之众，不过是想混口饭吃，您别太担心。”马棱纳闷：“你咋知道？”虞诩解释：“朝歌这地方，在韩、魏旧地中间，背靠太行山，挨着黄河，离敖仓粮仓才一百里。要是这些贼有点脑子，早就开仓招兵、抢兵器库、守住成皋，切断朝廷的运输线了。可他们啥都没干，说明没啥大能耐。现在他们人多势众，硬拼肯定吃亏，您就让我放开手脚，随机应变就行！”
到了县里，虞诩定下三个标准招募壮士：敢抢劫的算上等，伤人偷盗的算中等，游手好闲的算下等。很快就招了一百多人。他摆了一桌酒席，当场赦免这些人的罪，然后派他们混进贼窝里，引诱贼寇出来抢劫，自己则设下埋伏，一下子杀了几百个贼。他还悄悄找会缝衣服的穷人，去给贼寇做衣服，偷偷用彩色线缝在衣角当记号。只要穿着带记号衣服的人出现在街上，官兵立刻抓人。贼寇吓得四处逃窜，都说虞诩是神仙下凡，朝歌的动乱就这么平定了。
三月，何熙带兵到五原曼柏时突然重病，没法前进，就派庞雄、梁慬、耿种带着一万六千骑兵、步兵进攻虎泽。南匈奴单于看到汉军大兵压境，吓得直骂韩琮：“你说汉人都死绝了，这些人是从哪冒出来的？”赶紧派使者投降，朝廷答应了。单于脱了帽子、光着脚，给庞雄等人磕头认罪。朝廷赦免了他，还让他恢复原来的待遇，单于也放回了抢来的一万多汉朝百姓，还有被羌人抓走卖到匈奴的人。可惜何熙没多久就去世了，朝廷任命梁慬为度辽将军，庞雄回朝当了大鸿胪。
这边先零羌又来攻打褒中，汉中太守郑勤要带兵迎战。主簿段崇赶紧劝：“敌人正打胜仗，士气正旺，咱们守着等援军才是上策！”郑勤不听，带兵出击，结果惨败，三千多人战死，段崇和手下王宗、原展拼命护主，最后都牺牲了。朝廷只好把金城郡搬到襄武。
这之后，麻烦事一桩接一桩：戊子日，杜陵的皇陵着火；癸巳日，九个郡国发生地震；四月，六个州闹蝗灾。朝廷只好宣布大赦天下。
王宗、法雄跟张伯路的海贼打了好几仗，把他们打得四处逃窜。这时朝廷大赦令到了，但海贼们看官兵还穿着战甲，不敢投降。王宗召集刺史、太守商量，大家都主张继续打，法雄却反对：“打仗可不是闹着玩的，谁能保证一定赢？要是海贼坐船逃到海岛上，咱们根本没法追。不如借着大赦先停战，稳住他们，等他们放松警惕，不用打就能解决问题。”王宗觉得有理，就下令收兵。海贼们听说后很高兴，放回了抢来的人。可东莱郡的官兵忘了解甲，海贼们又被吓跑，逃到辽东海岛上躲了起来。
秋天七月乙酉日，有三个郡发生严重水灾。骑都尉任仁多次与羌人作战失败，手下士兵还肆意妄为。朝廷用囚车把他押送到廷尉府治罪，任仁最终死在狱中。护羌校尉段禧去世后，朝廷再次启用前校尉侯霸接任，将治所迁移到张掖。
九月甲申日，益州郡发生地震。皇太后的母亲新野君生病，太后亲自到她府上，连续几天住在那里照料。三公联名上书，极力劝阻，太后这才返回皇宫。冬天十月甲戌日，新野君病逝，朝廷派司空主持丧事，葬礼规格比照东海恭王。
邓骘兄弟请求辞官，为母亲守丧。太后一开始不想答应，便询问班昭（曹大家）的意见。班昭上疏说：“我听说，谦让的品德最为高尚。如今四位国舅坚守忠孝，主动退隐。如果因为边疆未安就拒绝他们的请求，日后若再有变故，恐怕就难有这样主动让贤的美名了。”太后这才同意。守丧期满后，太后下诏让邓骘回来处理朝政，重新赐予他之前的封爵。邓骘兄弟连连叩头，坚决推辞，太后这才作罢。此后，他们虽保留“奉朝请”的待遇，朝会时的位次在三公之下、特进和列侯之上，只有遇到重大议题时，才会到朝堂与公卿大臣们商议国事 。
太后还下诏，允许阴皇后的家属回到原籍郡，并发还他们价值五百多万的财产。
永初五年（公元111年）
春天正月初一（庚辰日），发生日食。丙戌日，全国有十个郡国发生地震。己丑日，太尉张禹被免职。甲申日，朝廷任命光禄勋、颍川人李修为太尉。
先零羌进犯河东郡，一路打到河内郡。百姓惊恐万分，大多向南逃到黄河对岸。朝廷派北军中候朱宠率领五营将士，驻守在孟津渡口防御；又下令魏郡、赵国、常山、中山等地，修筑了六百一十六座防御坞堡。羌人的势力越来越大，而边疆地区的太守、县令大多来自内地，根本没有坚守城池的决心，都争相上书，请求将郡县内迁以躲避战乱。三月，朝廷下诏，将陇西郡治所迁到襄武，安定郡迁到美阳，北地郡迁到池阳，上郡迁到衙县。
当地百姓舍不得故土，不愿离开家园。官府竟强行割掉他们的庄稼，拆毁房屋，铲平军营堡垒，破坏粮食储备。当时本就接连遭遇旱灾、蝗灾，饥荒肆虐，百姓又被驱赶劫掠，四处流亡，很多人倒毙在路上。有的被迫抛弃老人和孩子，有的沦为奴仆、小妾，人口损失超过一半。朝廷重新任命任尚为侍御史，让他在上党郡的羊头山攻打羌人，取得胜利后，才撤掉孟津的驻军。
此外，夫馀国国王率军进犯乐浪郡；高句丽王宫与濊貊部落，一同侵犯玄菟郡，边疆局势愈发紧张。
夏天闰四月丁酉日，朝廷大赦凉州和河西四郡的犯人 。海贼张伯路又跑到东莱捣乱，青州刺史法雄带兵把他打得落花流水。张伯路逃回辽东，被当地人李久等人杀掉，青州这才恢复太平。
秋天九月，汉阳人杜琦和弟弟杜季贡、同乡王信，竟然和羌人勾结，带人占领了上邽城。到了冬天十二月，汉阳太守赵博派门客杜习潜入城中，刺杀了杜琦。朝廷封杜习为讨奸侯。杜季贡和王信则带着残部，跑到樗泉安营扎寨。这一年，全国有九个州闹蝗灾，八个郡国遭遇水灾。
永初六年（公元112年）
春天正月甲寅日，皇帝下诏书说：“现在进献的时令新鲜食物，很多都不是当季的。有的是用温室催熟，有的提前挖掘萌芽，食物没到该成熟的时候就被采摘，这哪是顺应时节养育万物的做法？古书上说‘不是应季的食物不吃’。以后供奉宗庙和给皇室的食物，都得等真正成熟的季节再进献。”这一下，就省去了二十三种不合时宜的供奉。
三月，全国有十个州闹蝗灾。夏天四月乙丑日，司空张敏被罢官。己卯日，朝廷任命太常刘恺为司空。皇帝还下诏，让东汉开国功臣“云台二十八将”的后代都继承爵位。
五月，发生旱灾。丙寅日，皇帝下令，从俸禄两千石的官员到佩戴黄绶的小官吏，全部恢复原来的官职和俸禄。六月壬辰日，豫章的员豨原山发生山体崩塌。辛巳日，朝廷大赦天下。
侍御史唐喜奉命讨伐汉阳叛贼王信，将其击败斩杀。杜季贡逃亡后，投奔了滇零。这一年，滇零去世，他年幼的儿子零昌继位。同族的狼莫帮零昌出谋划策，还任命杜季贡为将军，让他驻守丁奚城。
永初七年（公元113年）
春天二月丙午日，全国有十八个郡国发生地震。夏天四月乙未日，平原怀王刘胜去世，没有子嗣。太后就立乐安夷王刘宠的儿子刘得为平原王。丙申日是这个月的最后一天，还发生了日食。
秋天，护羌校尉侯霸和骑都尉马贤，在安定攻打先零羌的分支牢羌，斩杀、俘虏了一千多人。这一年，还爆发了蝗灾。
元初元年（公元114年）
春天正月甲子日，朝廷更改年号。二月乙卯日，日南地区出现地裂，裂缝长达一百多里。三月癸亥日，发生日食。皇帝下诏，派兵驻守河内郡三十三个交通要道，修筑堡垒，设置击鼓预警系统，以防羌人来犯。
夏天四月丁酉日，朝廷大赦天下。京城和五个郡国出现干旱和蝗灾。五月，先零羌进犯雍城。秋天七月，蜀郡的夷人攻打蚕陵，杀掉了县令。九月乙丑日，太尉李修被罢官。
羌人首领号多，带着各部落人马抢劫武都、汉中、巴郡。板楯蛮出兵救援，汉中五官掾程信率领郡兵，和板楯蛮联手打败了号多。号多逃走后，切断了陇道，和零昌会合。侯霸、马贤在枹罕和他们交战，取得胜利。辛未日，朝廷任命大司农、山阳人司马苞为太尉。
冬天十月初一（戊子日），发生日食。凉州刺史皮杨在狄道攻打羌人，结果惨败，八百多人战死。这一年，全国有十五个郡国发生地震。
元初二年（公元115年）
春天，护羌校尉庞参用恩德和信义招抚羌人，号多等人带领部众投降。庞参把号多送到京城，朝廷赐给他侯印，又放他回去。庞参这才把治所迁回令居，打通了河西通道。
零昌分兵进犯益州，朝廷派中郎将尹就前去讨伐。夏天四月丙午日，皇帝立荥阳人阎氏为皇后。阎皇后生性善妒，后宫李氏生下皇子刘保后，就被她用毒药害死。
五月，京城干旱，河南郡和十九个郡国爆发蝗灾。六月丙戌日，太尉司马苞去世。秋天七月辛巳日，朝廷任命太仆、泰山人马英为太尉。八月，辽东的鲜卑人包围无虑城；九月，又攻打夫犁营，杀掉了县令。九月最后一天（壬午日），发生日食。
尹就攻打羌人党羽吕叔都，蜀地的陈省、罗横响应招募，刺杀了吕叔都，两人都被封侯，还得到赏钱。皇帝下诏，让屯骑校尉班雄驻守三辅地区。班雄是班超的儿子。朝廷又让左冯翊司马钧代理征西将军，率领关中各郡八千多士兵；庞参带领七千多羌、胡士兵，和司马钧分两路攻打零昌。庞参的军队走到勇士县东边，被杜季贡打败，只好撤退。司马钧孤军深入，攻下丁奚城，杜季贡假装逃跑。司马钧让右扶风仲光等人收割羌人的庄稼，仲光等人不听指挥，分散兵力深入敌境，结果中了羌人的埋伏。司马钧在城里干着急，却不出兵救援。冬天十月乙未日，仲光等人兵败，全军覆没，三千多人战死，司马钧也狼狈逃回。庞参因为没有按时到达约定地点，借口生病撤军。两人都被朝廷召回，关进监狱，司马钧自杀。当时，度辽将军梁慬也因事获罪。校书郎中、扶风人马融上书，说庞参、梁慬有才能，应该宽恕他们，让他们戴罪立功。朝廷赦免了庞参等人，派马贤代替庞参担任护羌校尉，又任命任尚为中郎将，代替班雄驻守三辅。
怀县县令虞诩对任尚说：“兵法上讲，弱小的不主动攻打强大的，奔跑的追不上飞驰的，这是自然常理。现在羌人都是骑兵，一天能跑几百里，来的时候像暴风雨，走的时候像离弦的箭，咱们用步兵追他们，根本追不上。这就是为什么咱们屯兵二十多万，却一直打不赢。我给您出个主意，不如解散各郡的步兵，让他们每人出几千钱，二十人合买一匹马。这样凑出一万骑兵，去追几千羌人骑兵，前后夹击，他们肯定无处可逃。这既方便百姓，又能办成大事，您的战功就有了！”任尚觉得有理，马上上奏朝廷，采用了这个计策，派轻骑兵在丁奚城攻打杜季贡，果然大获全胜。
太后听说虞诩有领兵打仗的本事，就任命他当武都太守。虞诩带着队伍出发，走到陈仓崤谷时，几千羌人拦住了去路。虞诩不慌不忙，直接下令原地驻扎，还故意放出话：“我已经上书朝廷请求增兵，等援军到了再走！”羌人一听，寻思与其干等着，不如先去附近县城抢一波，就分散开四处劫掠。
虞诩瞅准羌人兵力分散，连夜带队急行军，一天能赶一百多里路。他还让士兵每天做饭时多挖灶坑，并且数量翻倍。这么一来，羌人远远望见汉军的炊烟越来越多，心里直发怵，根本不敢靠近。有人好奇问虞诩：“孙膑打仗时故意减少灶坑迷惑敌人，您却反着来；兵法上说每天行军不能超过三十里以防意外，您却一天赶两百里，这是为啥？”虞诩解释道：“羌人兵多，咱们人少。慢慢走容易被追上，快速行军才能打他们个措手不及。他们看到咱们的灶坑一天比一天多，肯定以为是武都郡的援兵到了。看到咱们人多又走得快，自然不敢追。孙膑当时是要示弱诱敌，我现在得让敌人觉得咱们实力强，情况不一样，策略当然也得变！”
等虞诩赶到武都郡，手下士兵还不到三千人，可羌人有一万多，把赤亭围了几十天。虞诩下令，让士兵先别用强弩，只用小弩射箭。羌人一看汉军射出来的箭轻飘飘的，根本射不远，以为汉军没什么战斗力，就一股脑冲上来猛攻。结果虞诩突然让二十张强弩同时瞄准一个人发射，箭无虚发，羌人被打得措手不及，吓得连连后退。虞诩趁机带兵出城反击，杀得羌人丢盔弃甲。
第二天，虞诩把士兵们分成几队，让他们从东城门出去，再从北城门进来，还故意换上不同的衣服，来回走了好几趟。羌人远远看着汉军进进出出，根本数不清到底有多少人，心里越来越慌。虞诩算准羌人要撤退，提前派了五百多人在他们的必经之路设下埋伏。等羌人一逃跑，伏兵突然杀出，打得他们溃不成军，斩杀和俘虏了不少人。从这以后，羌人再也不敢轻易进犯武都。
虞诩安定局势后，开始规划武都建设。他勘查地形，修建了一百八十座营垒；安抚流亡百姓，发放救济粮；还疏通河道发展水运。刚到武都时，这里粮价贵得吓人，一石谷子要一千钱，一石盐八千钱，登记在册的住户只有一万三千户。可等他治理了三年，粮价跌到一石八十钱，盐价一石四百钱，人口增加到四万多户，家家户户衣食无忧，整个武都郡变得和平安定。
这年十一月庚申日，全国有十个郡国发生地震。十二月，武陵郡澧中地区的蛮人起兵造反，当地州郡出兵镇压，很快平息了叛乱。
己酉日，司徒夏勤被罢官。庚戌日，朝廷任命司空刘恺为司徒，光禄勋袁敞为司空。袁敞是袁安的儿子。
之前担任虎贲中郎将的邓弘去世了。邓弘生活节俭朴素，精通欧阳氏《尚书》，还在皇宫里给皇帝讲课。有关部门上奏，建议追赠邓弘骠骑将军的官职，授予特进的地位，封他为西平侯。太后考虑到邓弘生前一向低调，没同意追加官职和赐下葬服，只赏赐了一千万钱和一万匹布。邓弘的哥哥邓骘等人也推辞不受。最后太后下诏，封邓弘的儿子邓广德为西平侯。到了下葬的时候，有关部门又提议，要按照当年霍光葬礼的规格，征发五营的轻车骑士护送。太后还是没答应，只用白盖车和两名骑兵，带着邓弘的门生送葬。后来因为感念邓弘曾是皇帝的老师，太后把西平的都乡分出来，封邓广德的弟弟邓甫德为都乡侯。