天汉三年（公元前98年，癸未年）
? 春季，二月：王卿犯了罪，选择自杀。汉武帝任命执金吾杜周担任御史大夫一职。同时，开始实施酒类专卖制度，朝廷把酿酒、卖酒的生意牢牢掌控起来。
? 三月：汉武帝前往泰山，举行祭祀天地的封禅大典，又在明堂祭祀祖先，并在那里接受各郡国的年度财政和政绩汇报。回程途中，在常山祭祀，把黑色的玉埋在地下。当时，那些等待祭祀神仙、到海上寻找蓬莱仙岛的方士，始终没有任何实际成果。但公孙卿还在用巨人脚印这类理由来解释。汉武帝对这些方士荒诞离奇的说法越来越厌烦，不过他还是没有彻底断绝与方士的往来，心里还盼着能真的遇到神仙。从这以后，说要建神祠祭祀的方士越来越多，可效果怎么样，大家都看得很清楚，根本没什么用。
? 夏季，四月：发生大旱，汉武帝下令赦免天下罪犯。
? 秋季：匈奴侵犯雁门郡。雁门太守因为胆小怯懦，被判死刑，在闹市中被斩首。
天汉四年（公元前97年，甲申年）
? 春季，正月：各诸侯王到甘泉宫朝见汉武帝。
? 汉武帝征发天下七种有特定身份的人（包括犯罪的官吏、商人等），以及勇敢之士，派遣贰师将军李广利率领六万骑兵、七万步兵从朔方郡出发；强弩都尉路博德率领一万多人与李广利会师；游击将军韩说率领三万步兵从五原郡出发；因杅将军公孙敖率领一万骑兵、三万步兵从雁门郡出发，攻打匈奴。匈奴得知消息后，把妇女、财物等全部远远迁移到余吾水以北。单于亲自率领十万大军在余吾水南岸等候，与李广利交战。李广利后来撤兵往回走，和单于连续打了十多天。游击将军韩说这边没什么战果。因杅将军公孙敖与匈奴左贤王交战，打不过，也撤兵回来了。
? 当时汉武帝派公孙敖深入匈奴境内去接应李陵，公孙敖没成功，回来报告说：“抓到俘虏，说李陵在教单于训练军队防备汉军，所以我什么都没办成。”汉武帝听了，下令把李陵全家都杀了。后来才知道，教匈奴练兵的是投降匈奴的汉朝将领李绪，不是李陵。李陵派人把李绪杀了。匈奴大阏氏（单于的母亲）要杀李陵，单于把他藏到了北方。大阏氏死后，李陵才回来。单于把女儿嫁给李陵，封他为右校王，李陵和卫律都得到重用，参与匈奴政事。卫律常在单于身边，李陵住在外面，有大事才进王庭商议。
? 夏季，四月：汉武帝立儿子刘髆为昌邑王。
太始元年（公元前96年，乙酉年）
? 春季，正月：公孙敖因为妻子参与巫蛊活动，被判处腰斩。朝廷把各郡国的豪门大户迁到茂陵居住。
? 夏季，六月：汉武帝赦免天下罪犯。
? 这一年，匈奴且鞮侯单于去世。他有两个儿子，长子是左贤王，次子是左大将。左贤王还没赶到，匈奴贵族们以为他生病了，就改立左大将为单于。左贤王听说后，不敢前去。左大将派人去叫左贤王，并要把单于之位让给他。左贤王以生病推辞，左大将不答应，说：“要是你不幸去世，就把单于之位传给我。”左贤王答应了，于是被立为狐鹿姑单于。他封左大将为左贤王，几年后，左贤王病死，他的儿子先贤掸没能继承左贤王之位，被改封为日逐王。狐鹿姑单于把自己的儿子立为左贤王。
太始二年（公元前95年，丙戌年）
? 春季，正月：汉武帝到回中巡视。
? 杜周去世，光禄大夫暴胜之被任命为御史大夫。
? 秋季：发生旱灾。
? 赵国的中大夫白公上奏建议开凿水渠，引泾水灌溉农田。水渠从谷口开始，到栎阳结束，注入渭水，全长二百里，能灌溉四千五百多顷田地。这条渠就叫白渠，百姓靠它获得很多好处。
太始三年（公元前94年，丁亥年）
? 春季，正月：汉武帝到甘泉宫。二月，前往东海，捕获红色大雁。又到琅邪，在成山祭祀太阳，登上之罘山，乘船在大海上游玩后返回。
? 这一年，皇子刘弗陵出生。刘弗陵的母亲是河间的赵婕妤，住在钩弋宫，怀孕十四个月才生下刘弗陵。汉武帝说：“听说从前尧也是十四个月才出生，现在钩弋夫人也是这样。”于是把钩弋宫刘弗陵出生的那扇门命名为尧母门。
? 司马光评论说：做皇帝的，一举一动都得小心谨慎，心里的想法必然会表现出来，天下人没有不知道的。当时，皇后和太子都好好的，却把钩弋宫的门命名为尧母门，这很不妥当。因此，奸臣们就猜测汉武帝的心思，知道他特别宠爱小儿子，想立小儿子为继承人，于是就有了谋害皇后和太子的想法，最终酿成了巫蛊之祸，真是可悲啊！
? 赵人江充担任水衡都尉。当初，江充是赵敬肃王的门客，得罪了赵太子丹，就逃跑了，跑到京城向汉武帝告发赵太子的秘密坏事，赵太子因此被废。汉武帝召见江充，见他身材高大，穿着华丽时髦，觉得他很特别。和他谈论政事，汉武帝非常高兴，从此江充得到宠信，被任命为直指绣衣使者，负责监督那些过于奢侈的皇亲国戚和皇帝身边的近臣。江充检举揭发毫不留情，汉武帝认为他忠诚正直，说的话都合自己心意。有一次，江充跟随汉武帝去甘泉宫，遇到太子的家臣坐着车马在专供皇帝使用的驰道上行驶，江充就把人抓了起来。太子听说后，派人去跟江充求情说：“不是舍不得车马，实在是不想让皇上知道，觉得我平时对下人管教不严，希望江先生能高抬贵手。”江充没听，直接向汉武帝报告了这件事，汉武帝说：“臣子就应该这样！”从此江充更加受信任，在京城威名赫赫。
太始四年（公元前93年，戊子年）
? 春季，三月：汉武帝前往泰山。壬午日，在明堂祭祀高祖刘邦，让他配享上帝，并在那里接受各郡国的财政和政绩汇报。癸未日，在明堂祭祀汉景帝。甲申日，举行封禅大典。丙戌日，在石闾山举行祭地仪式。
? 夏季，四月：汉武帝到不其县。五月，返回，到建章宫，赦免天下罪犯。
? 冬季，十月三十日：出现日食。
? 十二月：汉武帝前往雍县，祭祀五畤。又向西到安定，向北到北地。
征和元年（公元前92年，己丑年）
? 春季，正月：汉武帝返回，到建章宫。
? 三月：赵敬肃王刘彭祖去世。刘彭祖娶了江都易王宠爱的淖姬，生下儿子，叫淖子。当时淖姬的哥哥是汉朝的宦官，汉武帝召见他询问：“淖子这个人怎么样？”他回答说：“欲望太多。”汉武帝说：“欲望太多不适合做国君统治百姓。”又问武始侯刘昌，回答说：“没什么过错，也没什么特别的优点。”汉武帝说：“这样就行。”于是派使者立刘昌为赵王。
? 夏季：发生大旱。
? 汉武帝在建章宫，看到一个男子带着剑进入中龙华门，怀疑他是坏人，下令抓捕。那男子扔掉剑就跑，追他没追上。汉武帝大怒，把守门的官员杀了。
? 冬季，十一月：汉武帝征发三辅地区的骑兵，在上林苑进行大规模搜查，关闭长安城门，全城搜索，十一天后才结束。巫蛊之乱也从这时开始有了苗头。丞相公孙贺的夫人君孺，是卫皇后的姐姐，公孙贺因此受到宠信。公孙贺的儿子公孙敬声接替父亲担任太仆，骄横奢侈，不遵守法律，私自挪用北军一千九百万钱。事情败露后，被关进监狱。当时，汉武帝正急着下诏抓捕阳陵的大侠朱安世，公孙贺就主动请求去抓朱安世，来为儿子公孙敬声赎罪，汉武帝答应了。后来果然抓到了朱安世。朱安世笑着说：“丞相这下要大祸临头，整个家族都得遭殃！”于是从狱中上书，告发“公孙敬声和阳石公主私通；皇上将要去甘泉宫的时候，他们让巫师在皇上专用的驰道上埋木偶人，诅咒皇上，说些很恶毒的话” 。
征和二年（公元前91年，庚寅年）
? 春季，正月：丞相公孙贺被关进监狱，经过审讯查办，他和儿子都死在狱中，整个家族也被株连。汉武帝任命涿郡太守刘屈氂为左丞相，并封他为澎侯。刘屈氂是中山靖王的儿子。
? 夏季，四月：刮起大风，很多房屋被吹翻，大树也被连根拔起。
? 闰月：诸邑公主、阳石公主，还有皇后哥哥的儿子长平侯卫伉，都因被指控参与巫蛊之事，被处死。
? 汉武帝前往甘泉宫。
汉武帝二十九岁时才生下戾太子刘据，一开始非常宠爱他。等太子长大，性格仁慈宽厚、温和谨慎，但汉武帝却觉得他能力不够，不像自己。后来，汉武帝宠爱的王夫人生了儿子刘闳，李姬生了儿子刘旦、刘胥，李夫人生了儿子刘髆，随着这些皇子的出生，皇后和太子的恩宠逐渐减少，他们心里常常感到不安。汉武帝察觉到后，对大将军卫青说：“汉朝很多制度都是刚刚建立，加上四周的少数民族不断侵扰，我如果不变更制度，后代就没有可以遵循的规则；如果不出兵征伐，天下就不得安宁。但这样做难免要让百姓受苦。太子为人稳重好静，将来一定能安定天下，让我放心。要找一个能守成的君主，还有谁比太子更合适呢！听说皇后和太子有不安的想法，真有这回事吗？你可以把我的意思转达给他们。”卫青听后，磕头谢恩。皇后听说这件事后，摘下首饰向汉武帝请罪。
太子每次劝谏汉武帝不要轻易征伐四方，汉武帝就笑着说：“我来承担这些辛苦，把安逸留给你，不好吗？”汉武帝每次外出巡游，就把京城的政事交给太子处理，后宫的事务交给皇后打理。太子处理完事情，等汉武帝回来，就汇报其中最重要的部分，汉武帝也没什么意见，有时甚至都不过问。汉武帝执法严厉，任用了很多严苛的官吏。太子却生性宽厚，经常为一些人平反，虽然得到了百姓的爱戴，但那些执法严苛的大臣们都不喜欢他。皇后担心时间长了太子会惹祸，常常告诫太子，处理事情要先看看汉武帝的意思，不要擅自做主。汉武帝听说后，认为太子做得对，而皇后的想法不对。那些宽厚的大臣都愿意依附太子，而执法严苛的大臣们总是诋毁他。奸臣们又相互勾结，所以说太子好话的人少，说坏话的人多。卫青去世后，太子失去了外戚这个强大的依靠，大臣们都争着陷害他。
汉武帝和儿子们渐渐疏远，皇后也很少能见到他。有一次，太子去拜见皇后，过了很久才出来。黄门苏文就跑去跟汉武帝告状说：“太子在后宫和宫女们嬉戏玩乐。”汉武帝听了，就给太子宫增加了二百名宫女。太子后来知道是苏文告的状，心里对他恨得牙痒痒。苏文和小黄门常融、王弼等人，经常暗中寻找太子的过错，然后添油加醋地报告给汉武帝。皇后气得咬牙切齿，让太子去跟汉武帝说，把苏文这些人杀了。太子却说：“只要自己不犯错，何必怕苏文他们！皇上那么英明，不会相信这些奸邪小人的话，没什么好担心的。”有一次，汉武帝身体不太舒服，派常融去召太子来，常融回来说：“太子听说您生病，脸上可高兴了。”汉武帝听了没说话。等太子来了，汉武帝仔细观察他的表情，发现他脸上有哭过的痕迹，却强装笑脸，汉武帝觉得很奇怪，经过暗中查问，了解了真实情况，就把常融杀了。皇后也很会自我防备，尽量避开嫌疑，虽然很久都不受宠了，但汉武帝对她还算礼遇。
当时，很多方士和巫师都聚集在京城，他们大多用旁门左道迷惑众人，搞各种花样骗人。女巫们在后宫里进进出出，教宫女们躲避灾祸的办法，每个屋子里都埋着木偶人用来祭祀。宫女们之间因为嫉妒、怨恨，就互相告发，说对方用巫术诅咒皇上，大逆不道。汉武帝听了非常生气，被杀的后宫妃嫔和大臣加起来有好几百人。汉武帝心里也开始起疑，有一次白天睡觉，梦到好几千个木偶人拿着棍子要打他，一下子被惊醒了。从这以后，他身体就不舒服，整天恍恍惚惚、丢三落四的。
江充一直和太子以及卫氏家族有矛盾，他见汉武帝年纪大了，担心汉武帝去世后会被太子杀掉，就想了个坏主意，说汉武帝生病是因为有人用巫蛊之术诅咒。于是汉武帝派江充作为使者，负责查办巫蛊案件。江充带着胡地的巫师到处挖地找木偶人，只要发现有人祭祀、装神弄鬼，就故意把现场弄得好像真有其事，然后抓人严刑拷打，用烧红的铁钳烫人，逼他们认罪。老百姓也开始互相诬告对方用巫蛊害人，官吏们就把这些人定为大逆不道的罪名。从京城长安、三辅地区，一直到各郡、国，因为这件事被处死的人前后有好几万。
当时汉武帝年纪大了，怀疑身边的人都在用巫蛊诅咒他，不管有没有这回事，都没人敢为自己辩解喊冤。江充摸清了汉武帝的心思，就让胡巫檀何跟汉武帝说：“皇宫里有蛊气，如果不除掉，皇上的病就好不了。”汉武帝信以为真，派江充到皇宫里搜查，江充甚至跑到汉武帝的寝宫，把御座都拆了，在地上乱挖。他还让按道侯韩说、御史章赣、黄门苏文等人帮忙。江充先从很少受宠的妃嫔宫里开始搜查，然后查到皇后和太子宫里，把地挖得乱七八糟，太子和皇后连放床的地方都没有了。江充还说：“在太子宫挖到的木偶人特别多，还有写着大逆不道话的帛书，我要向皇上报告。”
太子害怕极了，就去问少傅石德该怎么办。石德担心自己作为太子的老师，会被一起杀掉，就对太子说：“之前丞相父子、两位公主，还有卫氏家族的人，都因为巫蛊案被杀了。现在巫师和江充带人挖出这些东西，也不知道是他们故意放的，还是真有其事，咱们根本没法证明自己的清白。不如假传圣旨，把江充这些人抓起来关进监狱，彻底查清楚他们的阴谋。再说皇上现在在甘泉宫生病，皇后和咱们派去请安的人都没有回音，皇上是死是活都不知道，奸臣又这么嚣张，太子您难道不记得秦朝扶苏的事情了吗？”太子说：“我是皇上的儿子，怎么能擅自杀人呢？不如我去甘泉宫向父皇请罪，也许能侥幸没事。”太子正要去甘泉宫，江充却逼得越来越紧。太子实在没办法，只好听从了石德的计策。
秋季，七月壬午日，太子派门客假扮成汉武帝的使者，把江充等人抓了起来。按道侯韩说怀疑使者是假的，不肯接受诏书，太子的门客就把他杀了。太子亲自监斩江充，还骂道：“你这个赵国的奴才！之前在赵国扰乱人家父子关系还不够，现在又来扰乱我们父子！”又把胡巫烧死在上林苑里。
太子派舍人无且拿着符节，在夜里进入未央宫的长秋门，通过长御倚华向皇后说明情况，然后调用皇家马厩里的马车，装载射手，打开武器库，取出兵器，又征调长乐宫的卫队。长安城里一下子乱了起来，都说太子造反了。苏文趁机逃走，跑到甘泉宫，跟汉武帝说太子起兵叛乱。汉武帝说：“太子一定是害怕了，又怨恨江充他们，所以才会这样。”于是派使者去召太子来。使者不敢进长安城，回去报告说：“太子真的造反了，还要杀我，我好不容易逃了回来。”汉武帝听了，气得火冒三丈。
丞相刘屈氂听说发生变故，吓得撒腿就跑，连丞相的印绶都丢了，他派长史坐着驿站的快马向汉武帝报告。汉武帝问：“丞相在干什么？”长史回答说：“丞相把事情瞒着，还没敢发兵。”汉武帝生气地说：“事情都闹得沸沸扬扬了，还瞒什么！丞相没有周公辅佐成王的风范，当年周公不也杀了造反的管叔、蔡叔吗！”于是给丞相下了一道诏书，说：“捕杀造反的人，自有赏罚。可以用牛车作为掩护，不要和叛军短兵相接，以免伤亡太多士兵！把城门关紧，别让造反的人跑出去！”
太子也向文武百官宣告说：“皇上在甘泉宫生病被困，我怀疑有变故，奸臣们想要作乱！”汉武帝于是从甘泉宫来到长安城西的建章宫，下令征发三辅地区附近各县的军队，让俸禄在二千石以下的官员都归丞相指挥。太子也派人假传圣旨，赦免长安城里监狱里的囚徒，让少傅石德和门客张光等人分别带领。他还派长安的囚徒如侯拿着符节去征发长水和宣曲两地的胡人骑兵，让他们整装待发，前来会合。侍郎马通受汉武帝派遣来到长安，他追上如侯，对胡人骑兵说：“符节是假的，别听他的！”然后杀了如侯，带着骑兵进入长安。汉武帝又调发水军交给大鸿胪商丘成指挥。以前汉朝的符节都是纯红色的，因为太子用的是红色符节，所以汉武帝就把符节改成黄色，并加上旄作为区别。
太子站在北军南门外，召见护北军使者任安，给了他符节，让他出兵。任安拜倒在地，接过符节，却进了军营，把营门一关，不再出来。太子没办法，只好带着人离开，又临时召集了长安城里四个商业区的几万人，来到长乐宫西边的阙下，正好碰上丞相的军队，双方混战了五天，死了好几万人，鲜血流进了水沟里。老百姓都传言太子造反，所以都不支持太子，而丞相那边的军队却越来越多。
庚寅日，太子的军队战败，他向南逃到覆盎城门。司直田仁负责把守城门，他觉得太子毕竟是皇上的儿子，不忍心逼得太紧，太子这才得以出城逃走。丞相想杀了田仁，御史大夫暴胜之对丞相说：“司直是二千石的官员，要杀他应该先请示皇上，你怎么能擅自做主呢！”丞相这才放了田仁。汉武帝听说后大发雷霆，下令把暴胜之抓起来责问：“司直放走造反的人，丞相杀他，这是依法办事，你为什么擅自阻止？”暴胜之吓得惶恐不安，自杀了。汉武帝又派宗正刘长、执金吾刘敢拿着诏书，去收回皇后的玺绶，皇后知道后也自杀了。汉武帝认为任安是个老官吏，看到发生战事，就想坐山观虎斗，等看到谁胜了就去投靠谁，心怀二心，于是把任安和田仁都处以腰斩。因为马通抓住了如侯，长安男子景建跟着马通抓住了石德，商丘成奋勇作战抓住了张光，汉武帝就封马通为重合侯，景建为德侯，商丘成为秺侯。凡是太子的门客，只要曾经进出过宫门的，一律处死；那些跟着太子发兵的，按照造反的罪名灭族；被太子的军队胁迫参与的官吏和士兵，都被流放到敦煌郡。因为太子在逃，汉武帝开始在长安各城门驻扎军队，加强防备。
汉武帝愤怒到了极点，大臣们忧心忡忡，却不知如何是好。壶关三老令狐茂上书说：“父亲就像天，母亲好比地，子女如同大地上生长的万物。只有天朗气清，地脉安宁，万物才能茁壮成长；也只有父母慈爱，子女才会孝顺恭敬。如今皇太子是汉朝的合法继承人，肩负着传承万世基业、延续祖宗香火的重任，论亲缘，他是皇帝的嫡长子。可江充呢，不过是一介平民，出身市井底层，陛下却破格重用他。他仗着皇命，欺辱皇太子，编造谎言，勾结奸邪，生生阻断了父子间沟通的渠道。太子往前，见不到陛下；往后，又被乱臣逼迫，满心冤屈却无处申诉，一时激愤杀了江充，随后因恐惧而逃亡。他动用军队，不过是想自保，绝没有谋反的心思。《诗经》里说：‘绿头苍蝇嗡嗡飞，停在篱笆上。和善明理的君子啊，别信谗言。谗言没个准，会搅乱四方。’以前江充进谗言害死赵太子，天下人都知道。陛下却没有仔细调查，反而重重责罚太子，还大发雷霆，派大军追捕，甚至让三公亲自带兵。如今有智慧的人不敢进言，能言善辩的人不敢劝说，我实在痛心啊！恳请陛下平心静气，体察太子的苦衷，别再追究他的过错，赶紧撤兵，别让太子长期流亡在外！我怀着一片赤诚，冒死上书，在建章宫下等候治罪！”汉武帝看了奏章，内心有所触动，但还没有公开下旨赦免太子。