合作深化计划开始有条不紊地实施。基因科技集团迅速调配科研资源，一批先进的实验设备和珍贵的研究资料被运往专门的研究基地。科研人员们日夜奋战，对星影的弱点和星门技术展开深入研究。
人工智能研发联盟的实验室里，灯光通明。技术人员们围绕着各种仪器设备，紧张地进行着武器系统的开发工作。他们不断地进行模拟实验，对设计方案进行优化和改进。
反抗军则在城市的各个角落展开宣传活动。他们在街头张贴海报，举办演讲会，向民众讲述星门掌控者联盟的恶行，以及联盟为拯救人类文明所做的努力。越来越多的人被他们的热情和信念所感染，纷纷表示愿意加入联盟。
曾宁穿梭于各个合作方之间，密切关注着合作的进展。她每天都要听取各方的汇报，协调解决出现的各种问题。虽然忙碌，但她的眼神始终坚定，心中充满了希望。
然而，随着合作的深入，一些潜在的问题也逐渐浮现出来。在资源分配过程中，由于各方对资源的需求不同，出现了一些分歧。部分基因科技集团的科研人员认为，应该将更多的资源投入到星影弱点的研究上，而人工智能研发联盟则希望能优先获得资源，用于武器系统的关键部件研发。
在技术研发方面，虽然各方都在努力推进，但由于星门技术的复杂性，遇到了许多技术瓶颈。基因科技集团在研究星门对人体意识侵蚀的机制时，陷入了困境；人工智能研发联盟在开发能干扰星门能量的武器时，也遇到了能量不稳定的问题。
在扩大联盟影响力的过程中，反抗军也遇到了一些阻碍。一些街头帮派受星门掌控者联盟的蛊惑，对反抗军的宣传活动进行破坏，导致部分地区的宣传工作无法顺利进行。
曾宁得知这些问题后，眉头紧锁。她知道，这些问题如果不及时解决，将会影响合作的顺利进行，甚至可能危及联盟的未来。她决定再次召集各方代表，共同商讨解决方案。
会议室里，气氛凝重。各方代表的脸上都带着忧虑和焦急。
“各位，目前出现的这些问题，我们必须正视。”曾宁说道，她的声音沉稳而有力，试图安抚众人的情绪，“资源分配问题，我们可以重新评估各方的需求，制定一个更加合理的分配方案。技术研发方面，我们可以组织跨领域的专家团队，共同攻克技术瓶颈。至于反抗军遇到的阻碍，我们可以联合其他势力，对那些街头帮派进行打击。”
基因科技集团代表叹了口气，说道：“重新评估资源需求，这需要时间啊。而且，我们目前的研究已经到了关键时刻，不能因为资源不足而停滞不前。”
人工智能研发联盟代表也点头表示赞同：“是啊，我们的武器系统开发也进入了关键阶段，资源的供应必须稳定。”
曾宁思考了一下，说道：“这样，我们先从现有资源中调配一部分，优先满足各方最紧迫的需求。同时，加快对其他潜在资源的挖掘和整合，确保后续资源的充足供应。”
众人听了，觉得这个办法可行，纷纷表示赞同。
在技术研发问题上，各方代表经过讨论，决定成立一个联合科研小组。由基因科技集团、人工智能研发联盟以及其他相关领域的专家组成，共同研究星门技术，寻找突破技术瓶颈的方法。
对于反抗军遇到的阻碍，曾宁联系了星际探索公司和义体改造者互助会，希望他们能伸出援手。星际探索公司表示愿意提供一些先进的侦察设备，帮助反抗军掌握街头帮派的动向；义体改造者互助会则派出了一批经验丰富的义体改造者，协助反抗军打击街头帮派。
经过一番努力，合作深化计划中的问题暂时得到了解决。各方继续投入到紧张的工作中，联盟的实力也在不断增强。
但曾宁知道，这只是暂时的平静。星门掌控者联盟肯定不会坐视联盟发展壮大，他们随时可能发动新的攻击。而联盟在合作深化计划的实施过程中，还会遇到更多未知的问题和挑战。
在联盟临时会议室里，曾宁看着墙上的地图，陷入了沉思。接下来的路该怎么走？如何才能在星门掌控者联盟的重重阻碍下，实现合作的最终目标，拯救人类文明？这些问题，如同沉甸甸的石头，压在她的心头。
然而，曾宁的眼神中没有丝毫退缩。她握紧拳头，暗暗发誓，无论前方有多少艰难险阻，她都要带领联盟走下去，直到战胜星门掌控者联盟，迎来人类文明的曙光。