王孟英对经典医籍有着深刻的理解和领悟，并且能够结合自己丰富的临床经验，对气化枢机理论进行深入的阐发和运用。他曾经说过：“夫人气以成形耳，法天行健，本无一息之停。”这句话强调了气在人体形成和维持生命活动中的重要作用，同时也指出气的运行就如同天体的运行一样，永不停息。
此外，王孟英还进一步阐述了各个脏腑与气的关系。他认为，性主疏泄的是肝脏，其功能主要是调节气机的通畅；职司敷布的是肺脏，负责将气血等物质散布到全身；权衡出纳的是胃脏，起到调节饮食水谷的摄入和排出的作用；运输精微的则是脾脏，负责将营养物质输送到全身各个部位。这些脏腑都以气为其功能的基础和动力。肝气如果不能舒畅条达，就会郁积而化生火热；肺气如果不能肃降，津液就会凝结成痰；胃气如果不能通畅，就会失去其容纳食物的功能；脾气如果不能升发，就会阻滞其枢机的运转，只要有一气出现偏盛偏衰的情况，就能够引发疾病……并不局限于年老体弱或者年轻力壮的人。这是因为身体中的气有正常和不正常之分，气不正常就会使邪气停留积聚而导致疾病，气正常则能默默运行而使邪气逐渐消散。调整气的不正常状态使其恢复正常，治疗外感和内伤等各种疾病就没有遗漏了。”（《王孟英医案·胀》）
由此可见，他认为气机的愆滞是各种疾病产生的根源，而“调其愆而使之不愆”则是治疗疾病的根本大法。
调理气机的关键在于肺和脾胃。
谈到“调其愆而使之不愆”的方法时，王氏特别强调要调理肺和脾胃的气。他说：“肺既然不能主管清肃，那么全身的气都会阻滞不畅。”所以，要调理气机，就必须宣畅肺气。
就像沈俊扬的妹妹一样，年纪已经超过五十岁了，身体一直都很瘦弱，连续好几个夜晚都无法入睡，病情因此变得十分危急。孟英前来诊治时，发现她眼睛睁着却无法合上，眼泪不停地流，嘴巴张开却无法闭合，舌头也伸不出来，说话声音难以发出，舌苔发黄但并不口渴，水喝下去也咽不下去，双脚冰冷没有温度，手脚抽筋而且疼痛，胸部和膈部感觉像是被木板压住一样沉闷，小便少，大便秘结，身体僵硬不柔软，脉象则是弦细、柔软、涩滞，用力按压时感觉脉象好像消失了一样。
有人怀疑这是中暑，也有人担心这是虚脱。
孟英说：“身体没有发热，神志也不昏迷，这不是中暑；大小便都很困难，咽喉和膈部都有阻塞和沉闷的感觉，这也不是虚脱的症状。大概是因为情志不舒畅，愤怒的情绪像树木一样直直地上升，痰液也随之上升，堵塞了心肺，所以治理调节的功能无法正常运行，脉象的通道也不顺畅。如果错误地服用了补药，那她肯定会死亡。现在只需要宣通肺气，气行通畅了，病自然就会好。”于是开了一个方子，用紫菀、白前、兜铃、射干、菖蒲、枇杷叶、丝瓜络、白豆蔻。果然，一剂药下去就有了效果，四剂药之后病就痊愈了。
此案病情严重，已到了危急的地步，其症状也十分复杂且相互交织。然而，孟英却能精准地抓住“治节不行”这一关键病机，并采用轻淡之品进行治疗。他通过宣展肺气、清肃气道，使得治节之令得以恢复，同时也让肝胆上逆之火和水液凝结之痰都能顺势下行，全身之气得以顺畅流通，最终取得了显着的疗效。
仔细观察孟英所用的宣肺之品，大多都具有轻清的特点。这正如同孟英自己所说的那样：“即使是轻淡之品，也能够治疗重症。”可以说，这个病例非常幸运地遇到了像孟英这样独具慧眼的医生。如果是由一般的庸医来治疗，肯定会一味地盲目进补，导致气机更加壅塞，最终病人恐怕难以救治。
在明清时期，温补学说非常流行，很多医生都不仔细审察病症，只知道一味地盲目进补。孟英对这种滥用温补的做法深感忧虑，因此他极力驳斥道：“只有当五气从外部侵入人体，或者七情在内部扰乱人体时，气机才会滞塞，疾病才会产生。所以，即使是对于极度虚弱的人，一旦患病，就会形成虚中有实的情况。在这种情况下，总的原则应该是根据具体的病症来实施宣通清解的方法，而一味地盲目进补，只会让气机更加阻滞，病情严重的人就会有生命危险，病情较轻的人也会形成痼疾。”由此可见，孟英反对滥用温补的观点与其气化枢机的思想是紧密相连、一脉相承的。
脾胃在人体中扮演着至关重要的角色，它是气机升降的关键枢纽。如果脾胃功能强健，那么气机就能顺畅地循环流动，周而复始，源源不断。然而，一旦脾胃出现问题，气机就会受到阻滞，各种疾病也会接踵而至。
孟英深刻地认识到这一点，他认为脾胃位于人体的中心位置，负责掌管升清降浊的职责。其关键在于保持升降的适度，只有这样，水液才能正常运行。即使有外邪入侵，也能在不知不觉中被消除，无法在体内滞留而引发疾病。相反，如果升降失去平衡，湿气就会产生。这不仅会阻碍气机的升降，还容易招来秽浊之邪，滞留在中焦，扰乱脾胃的正常功能。浊气不能下降，就会导致腹痛呕吐；清气不能上升，就会引发泄泻无嚏。
基于以上认识，展化宣通脾胃之气成为了孟英调理全身气机的又一重要方法。这种方法在霍乱的治疗中，被王氏广泛应用。
例如，陈楚珍的仲媳突然患上了霍乱，病情十分危急，家人急忙邀请孟英前来诊治。据患者所述，昨晚她曾食用过冷鱼，深夜时病症发作，推测是因为寒邪过重所致。家人还在她的脐间贴上了回阳膏，但并未见效。孟英为其诊脉后发现，患者右手脉象滑数异常，口渴，舌苔黄腻。按压其胸部下方，感觉坚硬且疼痛难忍。王孟英曾说过：“呕吐和泄泻虽然频繁，但宿食仍然停滞在膈间，这并非寒症。”于是他开出了一个方剂，其中包含菖蒲、枳实、苏叶、黄连、半夏、竹茹、海蜇、芦菔等药物。患者服用后，一剂药便霍然痊愈。
这个病症虽然发病迅速，但王孟英准确地抓住了宿食留滞、中焦气机阻滞这一关键病机。他通过祛除病邪、展舒气机，使邪气消散，清气上升，浊气下降，从而使病情得到了控制。
饮食不节制，常常会损伤脾胃，成为引发疾病的诱因。王氏曾经说过：“过度食用肥甘厚味，常常会引发痈疽；酒肉等食物充斥肠道，必然会滋生秽浊之气，熏蒸成火，凝聚成痰，蒙蔽人的灵性，导致各种疾病的发生。尤其是在时疫流行的时候，这种不节制的饮食更是招致疾病的媒介。如果一个人的脏腑清虚，平素饮食清淡，那么气机就不会被浊物壅塞，邪气也无法停留，即使感受了六淫之邪，也容易消散。只有当体内的浊气已经很重时，疫气才容易被招来，就如同胶和漆相互粘连一样，治疗起来非常费力，而且死亡的人也很多。所以，谨慎对待疾病的人，千万不要贪图口腹之欲。”
此外，外感风、寒、暑、湿、燥、火六淫之邪，内伤喜、怒、忧、思、悲、恐、惊七情之变，以及痰饮瘀血等病理产物，都能够阻滞人体的气机运行。然而，通过观察王氏的医案可以发现，其中以痰热为病因的患者数量最多。
痰热产生的原因主要有以下几点：首先，现代人普遍喜欢食用肥腻甘甜的食物，这些食物容易滋腻脾胃，阻碍脾胃的运化功能，导致津液不能正常代谢，从而凝结成痰。其次，外感温热邪气，或者情志不舒，郁而化火，也会煎熬津液，使其化为痰液。
而痰作为一种有形的病理产物，具有很强的黏滞性，极易阻塞气道，使肺气不畅；同时，它还会壅滞经络，导致气血运行不畅，使人体的枢机失去正常的调节功能，升降失调，从而引发各种变证。
因此，清热化痰以肃清气道、宣畅气机，是王氏用药的一大特色。他认为，通过清除体内的痰热之邪，可以恢复气道的通畅，使气机得以正常运行，从而达到治疗疾病的目的。
总之，孟英认为“百病皆由愆滞”而生，而痰热是导致气机愆滞的最主要病因。因此，他主张“调其愆而使之不愆”，即通过调节人体的气机，使其恢复正常的运行状态，这是他治疗疾病的基本原则。在具体的治疗过程中，孟英强调以舒畅肺、脾、胃三脏之气为主。因为这三脏在人体的气机运行中起着至关重要的作用，只有保持它们的气机通畅，人体的气机才能周流不息，从而避免各种疾病的发生。即使出现了严重的疾病，也能够轻易地消散。