摸清王敦军营情况后，司马绍开始制定详细的平叛计划。他深知，王敦的叛军兵力强大，如果正面硬拼，自己未必能占到便宜，所以必须要用计。
司马绍先是派人散布王敦病重的消息，以此来动摇叛军的军心。同时，他又给王敦送去“九锡之礼”，表面上是对王敦的尊崇，实际上是在麻痹王敦，让他放松警惕。而在暗中，司马绍则积极调兵遣将，集结了一批精锐部队，准备随时向王敦发起进攻。
在这场平叛战争中，司马绍充分发挥了他的军事才能和领导智慧。他亲自指挥作战，鼓舞着士兵们的士气。他对士兵们说：“我们是为了保卫国家、保卫百姓而战，只要我们齐心协力，就一定能够打败叛军！”士兵们听了，都热血沸腾，纷纷表示愿意为皇帝效命。
战斗打响后，司马绍身先士卒，冲锋在前。他那独特的黄发在战场上格外显眼，士兵们看到皇帝都如此英勇，更是士气大振。而王敦那边，由于军心已经被司马绍之前的计谋所动摇，再加上士兵们对这场叛乱本就心存疑虑，所以在晋军的猛烈攻击下，很快就陷入了混乱。
最终，王敦的叛军被打得大败，王敦也在军中病逝。这场威胁东晋政权的叛乱，在司马绍的精心策划和指挥下，仅用了短短几个月的时间就被成功平定。
平定王敦之乱后，司马绍并没有沉浸在胜利的喜悦中，他深知，东晋的问题远不止一个王敦那么简单。为了重振皇权，改变东晋被门阀士族操控的局面，司马绍开始了一系列大刀阔斧的改革。
他首先从人事任免入手，规定“州郡长官不得任用本族子弟”，试图打破士族垄断官场的局面，为寒门子弟提供更多的晋升机会。有一次，吏部尚书想提拔自己的侄子担任重要官职，司马绍直接驳回了他的请求，严肃地说：“要想得到重用，必须靠自己的真才实学和政绩，不能靠裙带关系。先让他从基层做起，做出成绩再说。”
司马绍还亲自到太学选拔人才，破格录用了几个出身寒门但才华出众的儒生。他对这些儒生说：“朕不拘一格用人才，就是希望你们能够为国家的发展贡献自己的力量，不要辜负朕的期望。”这些举措，虽然在一定程度上触动了士族的利益，但也为东晋朝廷注入了新的活力。
在经济方面，司马绍深知江南百姓在经历了王敦之乱后，生活困苦，急需休养生息。于是，他下旨“免除扬州三年租税”，还派使者到各地慰问流民，关心他们的生活。他甚至亲自到田间查看收成，与老农一起锄地，体验百姓的辛劳。在他的努力下，东晋的经济逐渐得到了恢复和发展，《晋书》记载，他在位期间，“江东户口渐增，田野辟，仓库实”。
然而，司马绍最大的梦想还是北伐中原，收复故土。他常常对大臣们说：“先帝定都建康，只是权宜之计，朕一定要让长安、洛阳重回晋室版图。”为了实现这个梦想，他任命祖逖的部将戴渊为征西将军，还秘密联络北方的刘琨旧部，计划兵分两路北伐。
但命运似乎总是喜欢捉弄人，就在司马绍雄心勃勃地准备大干一场的时候，他的身体却突然垮了下来。太宁三年（325年），司马绍病重，他深知自己时日无多，却还有太多的事情没有完成，心中满是遗憾。
临终前，司马绍把王导、庾亮、温峤等七位大臣召到床前，进行托孤。他把象征兵权的“白虎幡”交给庾亮，希望他能够辅佐太子，稳定朝政。同时，他又单独握住王导的手，语重心长地说：“公族望所归，善辅幼主。晋室的未来，就全靠你们了。”
司马绍还做了一件极具深意的事情，他命人将鲜卑民歌《敕勒川》与中原《诗经》合编成《南北雅韵》，作为太子启蒙读物。他希望通过这种方式，让下一代能够继承他的理念，促进胡汉融合，为东晋的发展创造更有利的条件。
最后，司马绍对自己的陵寝也做了特别的安排，他要求武平陵“不树不封”，墓道刻满胡汉杂居的浮雕，暗合他“胡汉一家”的政治理想。
太宁三年闰八月二十五日，司马绍病逝于东堂，年仅27岁。他的死，对东晋来说是一个巨大的打击。太子司马衍当时只有5岁，根本无法掌控朝政，大权再次落入王导、庾亮等士族手中，东晋又重新回到了门阀政治的轨道，司马绍未竟的北伐大业也随之搁置。
王导站在司马绍的灵前，不禁叹息道：“黄须儿若在，晋室或许还有希望。”这句叹息，道出了多少人的心声，也让后人对司马绍的早逝感到无比惋惜。
参考《晋书》《资治通鉴》