严嵩老奸巨猾，立即命人暗查，果然查出下毒之人。原来那民女被严世蕃凌辱致死，其兄誓要报仇。严嵩为救儿子，只得答应重金抚恤，又承诺好生安葬其妹。白云这才取出解药，其实这解药是柳青早已配好，由白云带入的。严世蕃服后，三日便愈。
严嵩欲重谢白云，白云道：“老夫不敢受赏，只求释放柳青。”严嵩这才知道中了计，但话已出口，只得放了柳青。柳青出狱后，知京城不可久留，遂携玉娘辞别白云，返回应天府。
谁知刚到家门，却见宅院焕然一新，仆从如云。正在惊疑，忽见一个锦衣人迎出，竟是当年那个债主。那人跪地叩头：“小的有眼无珠，昔日冲撞了先生。如今先生名满天下，小的特来投效。”柳青扶起他，问起缘由。原来柳青在京期间，治愈无数疑难杂症，名声早已传遍大江南北。这债主悔不当初，变卖家产来投。
柳青也不计较，依旧行医济世。忽一日，门外来了一队官兵，为首官员下马施礼：“奉旨召柳青入宫。”原来嘉靖皇帝偶感风寒，太医院久治不愈，有人举荐柳青。柳青不敢怠慢，即刻启程。入宫诊视后，道：“陛下此病是虚火上升，需静养调理。”开方后，又教皇帝一套养生功法。旬日之后，皇帝痊愈，大悦，欲封柳青为院判。柳青坚辞，只求返乡行医。皇帝嘉其志，赐“妙手回春”金匾，另赏金银无数。
柳青回到应天，用赏银建医馆，收学徒，不论贫富，一视同仁。这年江南大旱，饥民遍地，柳青开仓放粮，活人无数。百姓感其恩德，联名送“万家生佛”匾额。
却说白云先生飘然而至，见柳青医馆兴旺，欣慰道：“公子仁心仁术，不负老夫所望。”柳青拜谢道：“若非先生当年赠书相助，焉有今日？”白云笑道：“你可知那《青囊经》来历？”柳青摇头。白云道：“此是华佗真传，因战乱失传多年。老夫年轻时偶得，参详三十年不得要领，知是缘分未到。那日见你义救孤女，知是仁厚之人，故转赠于你。”柳青这才恍然。
是夜，白云与柳青在月下对弈，忽道：“天下将有大疫，你当早作准备。”柳青惊问其详。白云道：“老夫夜观天象，见紫微晦暗，恐有三载瘟疫。你可将《青囊经》中治疫方剂广为传播，或可少救苍生。”言毕，取出一卷书册：“此是《青囊经》下卷，载有针灸秘法，你好生研习。”柳青正要道谢，抬头却不见白云踪影，只有明月在天，清风拂面。
柳青知是异人，望空拜谢。此后依言准备药草，编纂医书。果然次年春，南北十三省爆发大疫，柳青率众弟子四处行医，依《青囊经》方剂救治，活人无数。三年后疫情平息，柳青却因劳累过度，一病不起。
弥留之际，柳青将《青囊经》传于得意弟子，嘱道：“医者仁心，切记莫存门户之见，莫分贵贱之别。”又对玉娘道：“我这一生，无愧于心，只是亏欠你太多。”玉娘泣道：“夫君济世救人，功德无量，妾身与有荣焉。”柳青含笑而逝，年仅四十。出殡之日，满城缟素，百姓沿途哭祭，香烟百里不绝。
玉娘守节抚孤，将柳青医道传于子孙。其后代皆以医传家，世称“青囊柳氏”，三百年不衰。而那块双龙玉佩，据说在柳青去世那夜化作青光飞去，有人见白云先生乘龙而去，袖中隐约有碧光闪烁。此后每逢瘟疫流行，常有人见青衫隐士施药救人，疑是柳青魂魄不灭，仍游走人间行医济世。这正是：青衫隐侠去无踪，仁心妙手济世穷。莫道善缘无果报，万家生佛颂高风。
再说那赵员外，自柳青携玉娘离去后，家道日渐衰落。不过数年，因勾结官府、欺压良善事发，被抄没家产，流放边关，饿死途中。而那严嵩父子，专权误国，最终严世蕃被斩，严嵩削职为民，乞食街头，冻饿而死。天理循环，报应不爽，观此岂不令人警醒？
柳青虽早逝，然其医术医德流传后世。那《青囊经》上下两卷，经弟子整理刊行，造福后世医家。至万历年间，有医圣李时珍编《本草纲目》，曾引用其中诸多方剂，盛赞“青囊秘术，实乃医家瑰宝”。而柳青与玉娘的爱情故事，也被编成话本，在勾栏瓦舍传唱，成为一段千古佳话。
这年清明，玉娘携子孙祭扫柳青墓，见坟前不知何人供着一枝新鲜桃花。玉娘恍然忆起当年桃花巷初遇，那个青衫书生仗义相助的情景，不由泪湿衣襟。忽有清风拂过，桃花纷飞如雨，空中似有药香弥漫。孙儿扯着玉娘衣袖问：“祖母，祖父当真成了神仙么？”玉娘遥望天际，微笑道：“你祖父啊，他不过是换个地方行医救人去了。”暮色渐浓，远山如黛，仿佛真有个青衫隐士，背着药篓，踏歌而行，渐渐隐入云雾深处。