转眼中秋将至，陈实应邻县同行之邀前去会诊。归途行至翠云山，忽遇暴雨。躲进山神庙时，见已有群客商在内避雨。其中有个老丈突发心疾，陈实施针救治后，客商们感激不尽。雨停后众人结伴下山，却在岔路口被个樵夫拦住：“前方竹林莫去，近日有花妖作祟。”
客商们笑他迷信，唯陈实留了心。果然行至竹林深处，忽闻缕缕异香。几个客商眼神发直，竟朝着雾气深处走去。陈实急取金针刺他们耳后穴道，众人吃痛醒转。此时雾中现出个红衣女子，面容娇艳欲滴，袖中却甩出条藤鞭。陈实以药锄格挡，嗅出她身上有曼陀罗花粉的气味，当即撒出把解药。那女子尖叫一声，掩面遁走。
三日后回到清泉县，却见城里张灯结彩。原来是新任知县到任，正在城隍庙摆流水席。陈实被乡邻推着前去观礼，恰逢知县巡街。八抬大轿经过时，忽有顽童窜出惊马。陈实眼疾手快拉住缰绳，轿帘掀起处，露出张芙蓉面——竟是那夜送书的帷帽女子！
新知县姓苏名文卿，竟是位二十五岁的女进士。她父亲原是太医局博士，因卷入宫廷争斗被贬，临终前将毕生医书托付女儿。苏文卿女扮男装考取功名，上任途中遭遇山贼，正是陈实所救的林远暗中相助才得脱险。
苏知县到任后首要之事竟是整顿医馆。她微服私访济生堂，故意用墨汁涂面扮作乞丐。陈实不嫌污秽，仔细为她诊治“疮疾”，还赠她祛疤膏。苏文卿感动不已，次日以真身来访，二人切磋医术，从《黄帝内经》谈到《千金方》，竟聊到月上中天。
这日陈实出诊归来，见个货郎在医馆前叫卖湘绣。其中一幅《杏林春晓图》针法奇特，他多看了两眼。货郎低声道：“公子好眼力，这是潇湘阁的绣品。”陈实猛然想起，那苗女巫毒娃娃上的刺绣手法与此如出一辙。
当夜他寻至城东潇湘阁，果见绣坊深处有间暗室。推开虚掩的房门，烛光下坐着个白衣女子，正在擦拭具骷髅。见陈实进来，她嫣然一笑：“陈郎中，我等你许久了。”原来此女竟是前朝太医之女，专研人体骨骼。她邀陈实合着医书，却要求用活人试针。
陈实断然拒绝，女子翻脸放出迷烟。危急时刻，苏文卿带衙役破门而入。原来她早怀疑潇湘阁与多起失踪案有关。混乱中女子从密道逃脱，只留下满屋医札。陈苏二人翻阅手稿，发现她竟在研究换骨之术。
时近重阳，开封府来了钦差巡察。这钦差原是苏文卿世叔，酒过三巡后笑道：“贤侄女可知，你与陈郎中的婚事，当年你父亲曾与陈老太医有过口头约定？”苏文卿羞得满面通红，陈实却如醍醐灌顶——难怪父亲临终前再三嘱咐“若遇苏姓医者，当以诚相待”。
正当二人互明心迹之际，清泉县突发时疫。患者先发热咳血，三日便皮肤溃烂。陈实日夜不休研制药方，苏文卿则开仓放粮，隔离病患。这日试药时，陈实不慎染病，高烧中恍惚见个道人递来青囊：“取青龙藤、白虎骨、朱雀砂、玄武甲，以晨露煎服。”
醒后他依言制药，果然药到病除。疫情平息后，百姓集资送了块“神医仁心”的匾额。恰逢林远从杭州寄来贺仪，信中提及已在西湖边觅得宅院，邀他们完婚后同游江南。
吉日选在腊月初八。花轿经过南街时，忽有个癞头和尚拦路讨赏。喜娘给过铜钱，他却盯着花轿念念有词：“玉壶冰心，青囊妙手。前世医仙，今生佳偶。”言罢化作青烟而去，只在雪地上留个药葫芦。
洞房花烛夜，陈实掀开盖头，见苏文卿从怀中取出半块羊脂玉：“父亲说这是信物。”陈实忙从箱底找出另半块，双玉合璧，竟成个葫芦形状。月光透窗而过，玉中显出行小字：“愿为青囊客，白首不相离。”
窗外不知谁家庭院，隐隐传来歌谣：“金针度厄，玉壶济世。良缘天定，鸾凤和鸣...”正是：
青囊妙手解沉疴，铁面明镜断是非。
莫道红尘多坎坷，自有鸳鸯共双飞。