三人至滁州境内，玉真子引他们入深山道观。这道观外观破败，内里却机关重重，竟藏着十余个建文旧部。有位独目老者见到玉玺，跪地痛哭：“臣等苦候三十年矣！”原来皆是昔日忠良之后，暗中积蓄力量，以待天时。
众义士商议后，决定分三路赴京：一路由玉真子率高手暗杀纪纲；一路往凤阳皇陵联络守陵旧军；柳生与瑶卿则携密诏设法面圣——因当朝宣德帝实为建文亲侄，素有拨乱反正之心。
柳瑶二人扮作游学夫妇，取道山东。这日在济南府大明湖畔，恰逢元宵灯会。瑶卿见水面莲灯璀璨，不觉泪垂：“去岁此时，尚在父母膝前承欢……”柳生为其拭泪，指天立誓：“必当手刃奸佞，还天下公道！”
忽闻喧哗声起，人群纷纷避让。原来是布政使家公子携妓游湖，画舫撞翻许多民船。一渔家女落水呼救，公子竟掷箭射之：“惊了本少爷雅兴！”柳生怒发冲冠，欲理论时被瑶卿拉住：“大事为重！”
谁知那公子瞥见瑶卿容貌，竟令恶仆抢人！柳生护住瑶卿，被打得头破血流。正危急时，斜刺里飞来块石子，将恶公子门牙打落。但见个黑衣少年蹲在柳树上啃烧饼，冷笑：“狗彘不如的东西，也配欺男霸女？”
少年武艺高强，片刻间摆平十余恶仆。得知柳生是举人，竟抱拳道：“小子唐突，原是读书种子。”自称姓莫名惊雷，泰安人民，上京投军途经此地。三人投宿客栈，夜谈时莫生取出块青铜虎符：“家祖乃济南卫指挥使，燕兵破城时战死。此符可调动一支隐军……”
柳生见虎符纹路与玉玺暗合，恍然大悟：太祖皇帝竟布下这许多暗棋！三人结伴北上，行至德州地界，忽遇流民潮。一打听，竟是黄河决堤，官府贪墨修河款，致三十万百姓流离失所！
莫惊雷怒发冲冠，欲杀往府衙。柳生拦住：“擒贼先擒王！纪纲不除，天下贪官岂能绝迹？”遂写下万言书，详陈河患根源，托义士快马送京。瑶卿则散尽盘缠，设粥棚赈灾。
这日正在施粥，忽有衙差锁拿“煽乱刁民”。冲突间，莫惊雷夺过杀威棒横扫官差。忽闻鸣锣开道，八抬大轿中走出个红袍大员——竟是巡按御史周新，有名的铁面青天！
周御史查明情由，当即摘了知府乌纱，开仓放粮。夜访粥棚时，柳生递上血书诏书。周御史颤声道：“陛下密寻此物久矣！”原来他竟是宣德帝心腹，此行明为巡河，实为暗访建文旧事。
周御史飞章入奏，不日有密旨到：令其护送二人速京。一行人改走水路，沿运河直抵通州。这夜月明如昼，柳生与瑶卿立於船头，忽见岸上烽火连天。周御史色变：“纪纲反矣！”
但见战船围来，箭如飞蝗。周御史拔剑喝道：“本官在此，谁敢造次！”对面船头立着个蟒袍太监，阴阴一笑：“奉厂公令，格杀勿论！”竟是东厂提督——纪纲义子曹少钦！
混战中，周御史中箭落水。莫惊雷舞刀护住柳生二人，且战且退。曹少钦冷笑：“放火龙出水！”但见三支火箭弩射来，船帆顿成火海。正当万分危急时，下游突然撞出数条艨艟战舰，旗号竟是“靖海侯”！
当先船头立着个老将，白发萧然却目光如电：“曹太监好大威风，要烧老夫的贵客？”曹少钦顿时矮了半截：“侯爷说笑…不知是您的人…”老将弯弓搭箭，一箭射落曹太监冠缨：“滚！”
这靖海侯原是永乐朝名将，手握水师重兵。早年受建文恩典，暗中一直寻访故主血脉。见玉玺痛哭失声：“老臣等得苦也！”遂整军护送入京。
入得京城，方知局势诡谲：纪纲早控九门兵马，以清君侧为名围了皇城！宣德帝被困奉天殿，羽林军血战三日。玉真子率义士夜闯纪府，却中伏被擒——原来有内奸泄密！
靖海侯欲强攻，柳生谏道：“纪贼必防着侯爷。小子有一计…”当夜，瑶卿乔装成歌女混入纪府宴席。纪纲正宴请群奸，酒酣耳热时，瑶卿忽抽娥眉刺疾刺！纪纲老奸巨猾，偏身躲过，瑶卿失手被擒。
柳生在外见得信号，急令莫惊雷率死士炸开西水门。靖海侯水师突入城内，与锦衣卫巷战。柳生自领一队直扑诏狱，救出玉真子等义士。混战中找到瑶卿时，她正被缚在高台，纪纲持刀欲斩！
柳生弯弓射落钢刀，纪纲冷笑：“书生也敢动兵戈？”话音未落，柳生突从袖中甩出朱红葫芦——原是玉真子早先给的迷烟弹！白雾弥漫间，柳生救下瑶卿，纪纲却被莫惊雷一刀断臂！
老贼困兽犹斗，竟开启密道逃往皇城。众人追至金水桥，却见纪纲劫持了小太子！宣德帝怒喝：“卿本国之柱石，何至如此？”纪纲狞笑：“朱家欠我的！”原来他本是建文心腹，当年开城降燕，实因建文疑他功高……
正对峙时，瑶卿忽抚琴高歌。琴声激越处，纪纲恍见建文帝魂灵立于云端，手一软被玉真子拂尘击倒。禁军一拥而上，奸党尽数成擒。
三日后大朝会，宣德帝示血书诏书于百官，泣道：“靖难之变，骨肉相残，朕心实痛！”下诏为建文旧臣平反，诛纪纲九族。封柳彦为翰林学士，瑶卿为郡主，余者各有封赏。
柳生却辞官不受，携瑶卿归隐钟山。宣德帝亲书“忠义双全”匾额赐之。后人常见一对璧人泛舟秦淮，男子吹箫，女子抚琴，琴箫和鸣处，烟水俱澄澈。
有诗赞曰：
金陵王气未全收，化作清辉照玉楼。
一局残棋消劫火，五湖烟水洗吴钩。
血书已证山河誓，鸾镜终谐凤侣俦。
莫道书生无胆气，丹心犹可辟千秋。