三人行至金华地界，忽见城外贴着海捕文书。宁采臣惊道：“这不是慈航道长么？”原来有妖人假冒高僧，以祈福为名掳掠童男童女。燕赤霞细看图形，勃然变色：“哪是什么慈航，分明是蜈蚣精幻化！”
当下直奔府衙，知府却嗤之以鼻：“慈航圣僧乃护国法丈，岂容污蔑？”燕赤霞冷笑：“待某取来证见！”夜探慈航禅寺，果见妖气冲天。殿中供奉的并非佛祖，而是只三眼六臂的妖神像。地窖里锁着百余童子，皆被妖法迷魂。
正欲解救，忽闻钟响，忙隐身梁上。但见“慈航”率众僧入殿，脱下人皮后，竟是丈长蜈蚣精！群妖正要分食童子，燕赤霞怒不可遏，现身高喝：“孽畜受死！”轩辕剑出鞘，斩落两个妖僧首级。
蜈蚣精现出原形，百足如刀，毒雾喷涌。燕赤霞祭出法宝“日月乾坤镜”，金光过处毒雾尽散。恶战至天明，燕赤霞终以血咒引天雷，将蜈蚣精劈得焦黑。不料妖物临死反扑，毒颚刺入燕赤霞肩头。
待官兵赶到，寺中只余满地蜈蚣尸首。知府伏地请罪，燕赤霞却毒发昏迷。宁采臣延医诊治，皆摇头道：“此乃千年妖毒，非药石能医。”正当绝望时，有个游方道人登门，观其面相惊道：“可是终南剑侠燕赤霞？贫道师祖曾受他大恩！”当即取金针逼毒，又遣药童往昆仑求取雪莲。
七七四十九日，燕赤霞方醒。见宁采臣衣不解带在旁照料，叹道：“某纵横半生，未尝欠人情谊。今蒙宁兄再造之恩，当以薄技相报。”遂传其护身咒法，赠辟邪符三卷。宁采臣泣别赴考，后来果然高中进士，官至礼部侍郎，一生正气凛然，此是后话。
燕赤霞养好伤后，继续云游四方。这日行至山西地界，见某村户户挂白，悲声不绝。问之，方知有蛇妖作祟，每月要献童女一人。今当祭期，村人正欲将族长之女投入深潭。
燕赤霞至潭边观瞧，但见黑水翻涌，妖气弥空。对村民道：“某愿代女童入水诛妖。”众人将信将疑，见他气势非凡，只得应允。燕赤霞负剑跃入寒潭，直下百丈，果见水晶宫殿。有个白面书生迎出，笑道：“本王乃泾河龙君，道长何故犯我境界？”
燕赤霞冷笑：“区区蛇妖也敢妄称龙君？”挥剑便斩。妖王现出原形，竟是条独角巨蟒。激斗间忽有巡天夜经过，见状惊道：“此妖乃天庭逃犯，有劳道长擒拿！”遂借雷部正神相助，布下九霄神雷阵。霹雳声声，妖蟒伏诛。
村民感念恩德，欲立长生牌位。燕赤霞婉拒道：“斩妖除魔乃份内事。”连夜飘然而去。行至华山脚下，忽闻幽咽箫声。循声觅去，见个青衣女子对月吹箫，身旁躺着个黄衣书生，已然气绝。
女子泣道：“奴本洞庭龙女，因违天规被贬凡间。与书生柳毅相恋，触怒泾河龙王，遣夜叉害他性命...”燕赤霞查验尸身，摇头道：“魂魄未散，尚有救法。”遂设招魂阵，以还阳符聚魂。五更时分，书生果然转醒。
龙女大喜，却面露忧色：“龙王必不肯干休。”燕赤霞道：“某愿往洞庭说情。”至洞庭水府，呈上书信。龙王阅罢叹道：“非是老朽无情，实是天规难违。”正争执时，忽有天使传旨：“玉帝念龙女诚心悔过，特许还归仙班，与柳毅结三世姻缘。”原来燕赤霞早年所救药童，竟是太白金星化身，特来报恩。
诸事已了，燕赤霞重返终南。忽闻故人讯息：夏侯和尚因度化厉鬼，圆寂后肉身不腐，被封为护法罗汉；宁采臣官场清明，人称“铁面侍郎”；柳毅与龙女隐居西湖，白头偕老。
这夜明月当空，燕赤霞独坐峰顶抚剑而歌：“人间多少不平事，尽付青锋三尺剑。妖魔邪祟终有报，浩然正气天地间！”歌声激越，惊起宿鸟纷飞。
忽见东北方黑气冲霄，掐指一算，原来是长白山参精作祟。此妖已历千年劫数，能呼风唤雨，更炼就七具化身。燕赤霞长笑道：“穷尽此生，誓扫天下妖氛！”遂负剑东去，又踏征程。
正是：剑光耀彻九重天，法咒惊退八方魔。世上若无执剑客，妖氛哪得岁岁减？