云织再睁眼时，已回到芙蓉溪畔。急忙返家，却见蛛网满屋，灶台生尘。问及邻舍才知：天上三日，人间三年。母亲因思念女儿一病不起，去年寒冬已然病故。家宅也被孙绣娘霸占，说是抵偿“妖术害人”之罪。
更可恨的是，那孙绣娘竟凭陷害云织之功，巴结上新任知府，当上了织造局管事。云织欲告状申冤，反被衙役锁拿，诬为“妖女还魂”投入大牢。
狱中阴暗潮湿，云织取出金梭垂泪。忽听梭中传出织女声音：“且织冤情于锦上。”云织拆了囚衣搓线，取发为彩丝，咬指滴血为染料，在牢房地面上织起冤情图。织到悲愤处，血泪俱下，竟将满腔冤屈都织入锦中。
当夜知府噩梦连连，梦见织女斥其贪暴。惊醒后见牢房方向金光冲天，赶去一看，但见地面浮现巨幅织锦，历数其与孙绣娘贪墨贡银、陷害良善的罪状，时间地点、赃物数目一清二楚。
恰在此时，钦差大臣林御史巡按江南路过姑苏。见异象赶至，当场查证织锦所诉。果然在孙绣娘宅中搜出账本，起出赃银三万两。知府与孙绣娘被革职问罪，押赴刑场那日，百姓争相掷石唾骂。
林御史怜云织冤屈，又爱其才艺，命她重整织造局。云织上任后革除积弊，创立“织户联保”，广收贫家女子传授技艺。她用金梭织出“万寿锦”进献朝廷，康熙帝龙心大悦，亲题“天工织造”匾额，赦免芙蓉镇三年税赋。
芙蓉镇日渐繁荣，云织却始终郁郁寡欢。这日独坐织机前，忽见玉梭再现彩光。当夜织女入梦：“你尘缘已了，可愿位列仙班？”云织却道：“愿留人间传授技艺，使天下寒衣得暖。”织女感其志，赐下《天工织谱》，言罢驾云而去。
云织终身未嫁，收养战争遗孤与贫家女子百余人，倾囊相授织艺。晚年着《织经》三卷，流传后世。后人感其德，建“云织祠”供奉，香火不绝。据说逢旱灾时，向织女祠求雨，常有彩云自织机中升起，甘霖随之而至。有渔夫夜归，曾见祠中飞出七彩梭影，与星月同辉。
有诗赞云：
云梭本自天上来，尘世几度遭劫灾。
巧手能织百花艳，慈心可化甘霖霭。
莫道红颜多薄命，且看巾帼胜须眉。
至今江南纺织女，犹拜云织祠前苔。