薛蟠怀恨，暗买通周家仆人，夜盗程瑜所藏婚书明珠，欲毁凭证。不料当夜月明如昼，仆翻墙时忽闻鹤唳，失足跌伤，所盗之物散落院中。次日薛蟠反被告发，羞惭离去。程瑜却求情道：“少年意气，不必追究。”周家益重其品。
光阴荏苒，转眼秋闱将至。程瑜辞行赴考。周婉宁连夜绣了“鹏程万里”香囊相赠。程瑜感其情意，赠玉簪为念。
不想程瑜方离江宁，周家忽遭大变。有御史参奏周世昌“勾结海寇”，锦衣卫连夜查抄。虽查无实据，然家财尽没，周世昌气病交加，一命呜呼。家仆四散，唯周夫人与婉宁寄居城外尼庵，靠绣工度日。
那薛家闻讯，竟来落井下石。薛蟠道：“若表妹肯嫁我为妾，尚可周济。”周夫人怒斥：“吾女已许程门，岂能改节？”薛蟠冷笑：“程瑜若得中，早该归矣。怕不是见你家败落，另攀高枝去了！”母女虽不信，然望穿秋水，果无音讯。
原来程瑜秋闱高中解元，正欲返乡报喜，却遭同名同姓案牵连，被困杭州三月方白。归途又遇流寇，盘缠尽失，只得卖字糊口，辗转半载始达江宁。闻周家变故，如遭雷击，急寻至尼庵。
时值隆冬，大雪纷飞。程瑜见庵门虚掩，内闻啜泣之声。窥之，见薛蟠正威逼母女：“今日若不从，便拆了这庵堂！”程瑜怒发冲冠，冲入喝道：“无耻之徒安敢无礼！”薛蟠见程瑜衣衫褴褛，嗤笑道：“我道是谁，原来是叫花子解元！”
忽闻门外马蹄声急，数名官差闯入：“恭喜程解元高中会元！京报连登黄甲！”原来程瑜秋闱文章惊动座师，荐入京会试，竟连捷报来。薛蟠顿时面如土色。
程瑜冷道：“薛公子适才说要拆庵？”薛蟠汗如雨下，连连告饶。程瑜拂袖：“且送官究治！”官差锁了薛蟠而去。
周夫人又喜又愧：“贤侄已登科甲，小门小户不敢高攀...”程瑜正色道：“婚约既在，贫富不移。况小婿落难时，蒙岳家不弃，今岂可负义？”遂租屋安顿母女，即日完婚。
婚后三日，程瑜赴京殿试。途中宿于古寺，夜闻哭声。寻声见一老僧被缚，问之，乃知寺僧实为江洋大盗假冒。程瑜假意入伙，暗报官府，一网打尽。救出真僧，竟是退隐御史。老者感其德，修书荐与朝中故旧。
殿试之日，嘉靖帝以“海运利弊”为题。程瑜忆及周家冤案，挥毫万言，直指锦衣卫擅权之弊。龙颜震怒，掷卷于地。程瑜叩首：“臣闻明君不因怒废言。”帝异其胆识，重阅文章，叹为奇才，亲点探花。
琼林宴上，有新科进士调侃：“闻探花郎娶商贾之女，岂不辱没？”程瑜朗声道：“臣妻识臣于贫贱，助臣于困顿，德容言工皆备，何辱之有？”语惊四座，传为美谈。
时倭寇犯东南，程瑜授宁波府推官。到任即遇疑案：有富商夜泊遇盗，满船遇害，唯幼子失踪。现场留一玉珏，乃市舶司提举王仁之物。王仁喊冤：“那夜下官在衙议事，众属皆可作证。”
程瑜细验玉珏，见缀丝乃倭国特有。又查涉案海船，舵底暗格藏有倭刀。乃假意结案，暗访市舶司档案，发现王仁副手赵奎常与倭商往来。夜探赵宅，听得密室私语：“...那孩儿已卖与倭首，玉珏乃故意遗留...”
正听间，忽触机关，铃声大作。程瑜急避于假山后，见赵奎持刀出视，颈后有月牙胎记——正是周家昔日逃仆！原来赵奎本名周吉，卷逃后投靠倭寇，今混入官场为内应。
程瑜设计擒获赵奎，救出商贾幼子。顺藤摸瓜破获倭寇据点，得贿册一本，竟牵连朝中大员。八百里加急呈送京师，嘉靖帝震怒，下诏彻查。周家冤案遂得昭雪，发还家产。
程瑜政声鹊起，擢升江苏按察使。赴任途中，忽有故人来访，竟是当年指引梦境的白发老翁。老人笑道：“郎君还记得‘逢桥莫停’四句否？”程瑜大惊，拜问仙人名号。老者道：“我乃汝祖程颢。因汝恪守天理，不忘本心，故暗助之。”言毕化作白鹤冲天而去。
程瑜在任清正，累官至南京礼部尚书。与周夫人育有三子，皆成才俊。晚年致仕归隐，捐宅为书院，教化乡里。九十大寿之日，有方士献寿图，展开竟是当年“九转玲珑珠”，光华更胜往昔。方士笑曰：“宝珠认主，功德圆满。”忽亦不见。
异史氏曰：世人常叹造化弄人，然观程公生平，岂非步步皆由心造？锦囊之试，见其诚；梦境之验，见其慧；周家之难，见其义；倭寇之案，见其勇。至若宝珠灵鹤，岂非天道昭昭，善人自有天助哉！诗云：但守本心莫问程，云开月朗自天明。宝珠不掩荆山玉，鹤梦长萦君子庭。