正当蘅娘携书归来时，文和在狱中忽被提出。原来贵妃病情加剧，王院判只得奏称文和能治，实欲将罪责推卸。宫轿直抬入禁苑，但见贵妃面色金纸，脉象如雀啄食——正是经中所载“锁喉风”死症。文和奏曰：“需以金针渡穴，然请赦扬州冤狱七十三人。”皇帝急准。
施针时王院判却暗中将文和金针偷换为磁针。文和取针时忽觉沉重，心知有诈，当即扯下发带裹手隔针。九针施罢贵妃呕出瘀血，王院判突然发难：“逆贼竟用磁针施巫！”文和朗笑：“若非隔以丝帛，磁针早附龙椅金饰。大人怎知针具被换？”皇帝震怒，令查王院判府邸，竟搜出与边将往来密信，谋逆事发。
文和救驾有功，敕封太医院判。却于颁旨当夜挂冠而去，携蘅娘隐居于太湖西山。每晨启窗时，总见案头置着新采药材，门楣悬起病家答谢的腊肉。这日风雪叩门，开扉见一道姑负垂死者至，竟是当年栖霞山遇者。救醒那人后，道姑忽指蘅娘额间朱砂痣笑曰：“可记得‘紫微照影’之语？”文和蓦然惊觉蘅娘眉目竟与贵妃有七分相似。
原来贵妃本有孪生妹妹，幼时因宫闱斗争被嬷嬷抱出，流落民间成为织户女。道姑叹道：“今上无子，贵妃若崩则国本动摇。然贵妃体弱难孕，若寻得胞妹...”蘅娘忽跪泣曰：“愿代姊入宫。”文和大惊：“宫门深似海！”蘅娘却笑：“非贪富贵。先生岂不闻《青囊经》序言：上医医国，其次医人...”
三年后元宵，已为昭仪的蘅娘忽遣内侍密召文和。原来皇帝突发风痹，太后竟令昭仪侍疾——实欲行汉武帝钩弋故事。文和夜半潜行至宫苑，见蘅娘泪湿罗帕：“妾身有孕矣，然太后已赐鸩酒...”文和忆起《青囊经》末篇“李代桃僵方”，需以医者心头血混药。当即刺胸取血调制药丸，服后脉象竟与中毒无异。
翌日昭仪“暴毙”，灵柩送出玄武门时，忽有西山医庐药童们拦轿哭丧——竟是障眼法。真棺早已换作陶瓮，文和于京郊别院救醒蘅娘时，忽见案头《青囊经》无风自翻，墨字渐融为秦老丈留书：“青囊非经，仁心为术；破卷得道，舍身成仁。”
忽闻蹄声如雷，竟是太后心腹追至。文和急携蘅娘避入深山，产婆惊呼：“娘子是双胎！”蘅娘气若游丝：“请先生以金针取子...”文和手颤不能施针。蘅娘笑抚其手曰：“昔年太湖初遇，妾身本已绝生机，得先生施救多活三载，今又以命续国祚，足矣。”言罢气绝。
文和抱双生子立于悬崖，追兵火把已映红天穹。忽见那道姑乘鹤而至，掷下百花编绳：“系好婴孩！”待文和系牢双生子，绳端忽生巨力将婴儿提上鹤背。道姑朗笑：“青囊一脉不绝，二十年后自有因果！”言毕鹤唳九天，追兵俱惊伏在地。
晨光熹微时，文和独坐孤峰，掌中半片玉玦忽绽紫光。东望金陵城阙，闻钟鼓齐鸣——新帝登基矣。山风拂开《青囊经》末页，显出秦老丈朱批：“世人所求者长生，医道所求者舍生。青囊非卷帙，乃代代赴死之心也。”
文和大恸三声，继而长笑。掷经于深渊，散金针于云海，自此浪迹江湖。每逢疫病流行处，总有青衫郎中施药，民间称为“青囊客”。有小儿歌谣传唱：“青囊开，紫微来；明月枝上药檀栽。金针度尽苍生厄，不求人间万户侯。”
这正是：
太湖烟雨葬遗编，金阙深宵磁针寒。
谁言青囊终湮灭？仁心代代薪火传。