临别前夜，墨卿身影渐淡：“妾心愿已了，尘缘当尽。”文舟悲恸欲绝，墨卿轻抚其面：“君且珍重，来年科场，必当高中。”言毕化作青烟，没入砚中，再无声息。
次年春闱，文舟果中进士。殿试之日，见考题《墨道通玄论》，恍见砚台微热，下笔如得神助，竟被钦点探花。授翰林院编修后，渐觉官场污浊，常独对古砚沉思。
某日宫中设宴，首辅张大人见文舟袖中微露砚角，惊问来历。文舟实言相告，张大人叹道：“此乃前朝失传的‘松烟凝碧砚’，闻能预知吉凶。当年严嵩曾遍寻不得，不料藏于君处。”自此，文舟得砚之事渐传于朝野。
忽有西域番僧求见，言此砚实乃佛门至宝“摩诃砚”，能聚天地灵气。番僧夜半施法，砚台突发异光，墨卿重现形貌，却双目赤红，状若疯魔。原来番僧实为当年逼死墨卿的权贵后人，欲取砚中魂魄炼长生药。
文舟死护砚台，被番僧邪术所伤。危急时，周按察使率大内侍卫赶到。原来他早疑番僧来历，暗中查访，得知其乃白莲教余孽。双方斗法三日，终破邪阵。番僧遁走前狞笑：“砚灵已染魔障，三年必成祸害！”
文舟携砚归乡休养，果见墨卿日渐狂躁。每到月圆，砚中便涌出黑雾，草木触之即枯。文舟遍访名山，终在茅山求得解法：需以挚爱之血洗净魔气，然施术者必遭反噬。
霜降之夜，文舟设坛作法。割腕沥血入砚，黑气翻涌中见墨卿痛苦挣扎。忽闻一声轻叹：“君之情重，妾已尽知。然生死有命，岂可强逆？”但见墨卿挣脱黑雾，夺过匕首自刺心口，碧血溅入砚池，霎时光华冲天。
待文舟醒来，见砚台裂纹如蛛网，中有血丝游动。墨卿声音微弱如丝：“妾以残魂镇魔气，尚可护君三载。君当速往昆仑，求西王母座下青女相助...”
文舟即刻西行，跋涉万里，历经沙漠幻阵、雪山迷窟，终在瑶池得见青女。仙子取玉净瓶露水，叹道：“砚灵本可往生，因君执念滞留人间。今欲救之，需舍三十年阳寿。”文舟叩首应允。
归来后，依青女所授，每夜子时以心头血养砚。七七四十九日后，裂纹渐消，墨卿重现，却忘尽前尘。文舟不悔，悉心教导，恍如当年灯下相伴时光。
三年后番僧再度来袭，欲夺完全复苏的宝砚。墨卿虽记忆未复，却本能护主，与番僧同坠悬崖。文舟抢回残砚，呕血三升，一夜白头。
忽有异人登门，自称墨尘，笑曰：“当日赠砚，实试君品。今劫数已满，当完璧归赵。”言罢袖中飞出万千光点，残砚复原如初。墨卿自砚中走出，记忆尽复，二人执手相看，恍如隔世。
墨尘乃道：“此砚实乃女娲补天所遗五彩石，因沾文曲星墨汁而成灵物。今你二人情动天地，可愿舍肉身，共守砚台，护佑文人一脉？”
中秋月圆，金陵百姓皆见西山升起七彩祥云，中有二人携手登天。后人在乌衣巷建“墨缘书院”，供松烟凝碧砚于文昌阁。每逢大比之年，砚台便泛微光，择寒门才子相助。至今金陵犹传：但得墨缘照，文章天下知。
而西域沙漠中，时有商队见海市蜃楼：墨色衣裳的女子与青衫书生，共坐云间磨墨，落笔处天花乱坠，墨香万里。