明季嘉靖年间，姑苏阊门外有寒儒姓文名徵，字晦庵。其先世曾为显宦，至徵父辈家道中落，唯遗破庐数椽、薄田数亩，并祖传残书数卷而已。徵性狷介，不慕荣利，日惟闭户读书，课徒为业，虽箪食瓢饮，晏如也。妻张氏，温婉贤淑，纺绩佐家计，伉俪情笃。膝下一女，名唤素纨，年方及笄，容止端丽，性慧敏，尤精女红，兼通文墨。
是岁秋闱，徵赴金陵应乡试。临行，张氏典当钗环，为备行囊。徵叹曰：“累卿至此，吾心何安？”张氏慰曰：“夫子鸿鹄之志，岂囿于蓬蒿？但得安心赴试，妾与素纨守家待归，勿以为念。”徵感其意，遂束装就道。
行至丹阳界，天忽骤雨如注，狂风折木。徵避雨于古驿亭中。亭久废圮，四壁穿漏，唯亭角一隅稍干。忽闻亭外呻吟声甚哀，徵秉烛视之，见一老叟蜷伏泥淖，衣敝履穿，面如金纸，气若游丝。徵恻然，不顾己身淋湿，奋力负叟入亭，解衣覆之，取囊中仅存之干粮，和水强饲之。良久，叟稍苏，目微启，见徵，泪涔涔下，声细如蚊：“感君活命……老朽乃河间府人，姓莫名知，避仇流落至此……身无长物，唯有一匣，系祖传之物，今赠君子，以报万一……”言讫，自怀中摸索出一乌木小匣，长不盈尺，雕镂古朴，入手沉甸。叟握徵手，目露异光：“匣中物……干系甚大……非至诚至善者不可启……谨记……谨记……”语未竟，头一偏，竟溘然长逝！
徵大悲，对尸拜曰：“萍水相逢，蒙公托付。徵虽贫寒，必不负所托，择善地安葬公身。”俟雨霁，典当所余盘缠，购薄棺，葬叟于驿亭后高岗，立石为记。葬毕，抚匣踟蹰，忆叟临终“非至诚至善者不可启”之嘱，终不敢妄动，藏匣于行囊深处，怀揣疑窦，复向金陵。
及至金陵，寓居鸡鸣寺侧小客邸。夜阑人静，孤灯如豆，徵取出木匣，反复摩挲。匣无缝无锁，浑然一体。忽忆幼时曾闻父言，上古有“天机匣”，以奇门遁甲之术封缄，需按特定方位、次序触动机括。徵秉烛细察，果见匣面有极细微之北斗七星纹饰，星位微凸。遂依北斗斗柄所指“开阳”位先按之，纹丝不动；转按“天枢”，亦无应；沉吟良久，忆叟“至诚至善”之语，恍然有悟：“北斗主生，斗柄东指，天下皆春。春主仁，仁者至诚也！”乃自象征仁德之“天权”星位按落。指甫下，匣内“咔嗒”轻响，匣盖竟自弹开！内衬黄绫，上置一轴，非帛非纸，触手柔韧微凉，似鲛绡所制。展之，长三尺，宽二尺，上以五色丝线，织就一幅繁复无比之回文锦图，纵横皆二十九字，共八百四十一字，字字珠玑，细若蝇头，或篆或隶，或楷或草，交错纷呈，更兼星宿、山川、鸟兽、花草之形隐现其间，变幻莫测，光华流转，令人目眩神迷！图首以朱砂题篆曰——《璇玑天机图》。图尾附蝇头小楷跋云：“此图藏天地之秘，蕴造化之机，得之者慎之重之。解其玄者，可洞悉古今，趋吉避凶；妄窥天机者，必遭奇祸。河间莫氏，世代守护，今气数尽矣，付与有缘。”
徵观此图，但觉浩瀚如海，深奥难测，绝非人力所能织就。心知此乃旷世奇珍，亦为祸乱之源。当下不敢久视，郑重卷起，藏于贴身夹袄之内层，秘不示人。然其心神已为此图所摄，闱场之中，竟神思恍惚，文不加点，草草完卷。放榜之日，果名落孙山。
徵怅然返家。未至门首，已闻悲声。邻人告曰：“文先生归矣！尊夫人……已病故旬日矣！”徵如遭雷殛，踉跄入室，但见素纨缟素跪于灵前，形容枯槁。原来徵离家后，张氏操劳过甚，兼感风寒，延医无资，竟一病不起，撒手人寰。徵抚棺大恸，几欲昏厥。素纨泣血劝慰，父女相依，悲苦度日。家中益窘，饔飧不继。素纨日夜刺绣，十指尽裂，所入仍难糊口。
一日，有豪仆数人，鲜衣怒马，至文家破篱前，投一名刺，上书“金陵通判贾世仁拜”。徵惊疑，素以布衣，何劳通判大人下顾？少顷，一中年官员乘轿而至，面白微须，目露精光，正是贾世仁。入室寒暄数语，贾忽屏退左右，低声道：“晦庵兄勿惊。闻兄自金陵归，途中曾葬一河间莫姓老者？”徵心下一凛，佯作镇定：“确有其事。大人何以知之？”贾抚掌笑道：“此老乃吾故友家仆，其主家正寻此老遗物。闻兄高义，葬其身，必亦知其遗物下落。若肯见还，本官必有重酬，解兄燃眉之急。”
徵察言观色，见贾目光闪烁，言不由衷，且提及“遗物”时急切之情溢于言表，心中雪亮：此人必为《璇玑图》而来！乃正色道：“大人明鉴。徵当日所葬，确为一落魄老者，除敝衣敝履，身无长物。徵怜其客死异乡，典衣买棺，葬之而已，实未见有何遗物。”贾世仁面色陡沉，目露凶光：“文徵！休得搪塞！本官既知此事，岂无凭据？那莫知身怀一乌木小匣，价值连城！尔若不交，休怪本官无情！”徵昂然道：“清者自清，浊者自浊。大人为朝廷命官，当知律法，岂能无端诬良为盗？匣之有无，大人自可搜检，若得，徵甘领其罪；若无，大人亦当还徵清白！”贾见徵凛然不屈，且室徒四壁，确无可藏重物之处，只得恨恨作罢，拂袖而去。临行阴恻恻道：“文晦庵，山高水长，尔好自为之！”
贾去后，徵知祸事不远。此人既为通判，权势熏天，必不肯罢休。急与素纨商议：“此地不可久留！贾贼觊觎之物，干系重大，若落其手，恐遗祸苍生。我父女须即刻远遁！”遂连夜变卖仅存薄产，携素纨星夜离乡，欲投奔徽州一远亲。
甫出姑苏，便觉有人尾随。行至太湖西山，暮色四合。父女雇一叶扁舟，欲渡湖避行踪。舟至湖心，忽狂风大作，浊浪排空！尾随之数条快船乘机围上，为首者黑衣蒙面，持刀厉喝：“文徵留下！可饶汝女性命！”舟子早骇得瘫软。徵将素纨护于身后，怒斥：“尔等何人？光天化日，敢行劫掠！”黑衣人狞笑：“奉贾大人之命，取尔怀中木匣！速速交出！”言毕，数名歹徒跳帮过船，举刀便砍。
徵一介书生，手无缚鸡之力，眼见刀光及颈。忽闻一声清叱：“鼠辈敢尔！”声如凤唳，穿破风浪！一道白影如惊鸿般自岸边芦苇丛中掠出，足点波涛，瞬息已至船头。但见来者乃一青年侠士，白衣胜雪，背负长剑，眉目疏朗，英气逼人。剑未出鞘，仅以剑鞘挥点，如电光石火，数名歹徒已纷纷惨叫落水。为首黑衣人见势不妙，挺刀直刺文徵心口，欲夺其怀中之物！白衣侠士冷哼一声，身形微晃，后发先至，一掌印在黑衣人背心。黑衣人如遭重锤，口喷鲜血，坠入湖中，顷刻为浪涛吞没。
风浪渐息。白衣侠士扶起惊魂未定的文徵父女，温言道：“在下复姓南宫，单名澈，游历江湖，路见不平。二位受惊了。”徵感激涕零，欲拜谢。南宫澈扶住，目光扫过徵胸前微微鼓起之处，神色凝重：“先生身怀重宝，已为奸人窥伺。贾世仁乃严嵩党羽，贪婪狠毒，此番未得手，必遣更厉害角色追索。太湖非久留之地。”徵见南宫澈气度不凡，且救命之恩，遂不再隐瞒，将得匣获图及贾世仁威逼之事和盘托出，并出示《璇玑天机图》。
南宫澈见图，神色剧震，肃然道：“果真是它！家师曾言，河间莫氏世代守护《璇玑图》，乃前朝异人所留，蕴藏惊天秘辛，更关乎国运气数。嘉靖帝沉迷方术，严嵩父子把持朝纲，广搜天下奇珍异宝、长生秘术以媚上。贾世仁定是奉严氏之命夺图！此图若入奸佞之手，后果不堪设想！”徵忧道：“如之奈何？”南宫澈沉吟：“为今之计，须寻一绝对隐秘之地，参详此图玄机，或可知晓其真正价值及避祸之法。在下知一所在，或可暂避。”
三人遂弃舟登岸，由南宫澈引领，昼伏夜行，专走荒僻小径，辗转月余，方至浙西天目山深处。但见群峰竞秀，古木参天，人迹罕至。攀藤附葛，至一绝壁下，南宫澈拨开藤蔓，现出一隐秘洞口。入洞曲折下行，豁然开朗，竟是一处天然石室，宽敞干燥，有清泉自石缝渗出，汇为小潭。壁上竟有古人所刻星图及道家符箓。
安顿毕，南宫澈道：“此乃家师昔年清修之地，名‘星隐洞’，极为安全。先生可安心在此研习宝图。”徵谢过，每日于石室中焚香静坐，展图细观。那《璇玑天机图》玄奥异常，八百余字纵横交错，正读、反读、斜读、交互读，皆可成文，或为诗赋，或为箴言，或似谶语。更奇者，图中星宿山川之纹，随日月光线转移，竟缓缓变动方位！徵穷尽心力，茶饭不思，素纨侍奉左右，忧心如焚。南宫澈则于洞口守护，或外出探听风声。
如此月余，徵须发皆白，形销骨立。一夜，月华如水，穿洞而入，正照在石壁星图之上。徵偶一抬头，见壁上星图与月光下《璇玑图》某处纹路隐隐相合！灵光乍现，忙以图就壁光比对。只见图中几处关键星位与石壁刻痕重合时，图上原本杂乱之字迹，竟如活物般自行流动重组，赫然显现出一篇清晰文字！首句云：“荧惑守心，帝星晦暗。九重宫阙，妖氛蔽天。东南有岛，潜龙在渊。金鳞岂是池中物，一遇风云便化龙。”
徵与南宫澈观之，皆惊骇不已！“荧惑守心”乃大凶天象，主帝王有厄；“妖氛蔽天”显指严嵩父子专权；“东南有岛，潜龙在渊”似暗喻某位被贬黜或隐遁的皇室贵胄！此图竟真能预言国运！继续推演，图文再变，显现山川地理，脉络走向，竟似一幅藏宝图，指向闽浙沿海某处岛屿，旁注：“洪武遗珍，靖难之秘。得之者，可正本清源，涤荡乾坤。”更附数行小字，详述开启宝藏之机关要诀及一首晦涩诗谜。
正震撼间，图文倏忽又变，现出一幅人像：峨冠博带，面容清癯，眉间一点朱砂痣。旁书：“忠良蒙垢，身陷囹圄。白下有义士，赤心贯金石。待得云开日，丹心照汗青。”南宫澈失声：“此乃海瑞海刚峰大人！海大人因上《治安疏》痛斥嘉靖帝及严嵩，被打入诏狱，天下皆知！图谶云‘身陷囹圄’，却又预言‘丹心照汗青’，莫非海大人日后尚有昭雪之时？‘白下有义士’又指何人？”
三人正参详，忽闻洞外传来尖利呼哨，破空之声不绝！南宫澈色变：“不好！追兵至矣！竟能寻到此地！”急命徵速收宝图，携素纨退往洞内深处。己则仗剑守住洞口。
但见洞口藤蔓纷飞，涌入十数名劲装大汉，为首二人，一僧一道，形容诡异。僧人枯瘦如柴，面如黑铁，手持一柄精钢禅杖；道人则肥胖如球，面白无须，倒提一柄拂尘，尘丝根根闪烁着幽蓝光泽，显淬剧毒。
黑面僧桀桀怪笑：“南宫小辈！交出《璇玑图》与文家父女，佛爷赏你全尸！”南宫澈冷笑：“‘黑煞僧’圆觉，‘毒弥勒’玄阴！严嵩竟派尔等左道妖人来夺宝！”圆觉怒喝：“找死！”禅杖挟风雷之势当头砸下！南宫澈长剑出鞘，剑光如匹练，硬架禅杖，“铛”一声巨响，火星四溅！两人各退一步，心下暗惊对方功力。玄阴道人阴笑拂尘一抖，万千毒丝如蓝雨般罩向南宫澈！南宫澈身法如风，剑化游龙，护住周身。然圆觉禅杖势大力沉，玄阴毒丝刁钻狠辣，二人联手，南宫澈渐处下风，险象环生。
洞内，徵闻听金铁交鸣与南宫澈闷哼之声，心急如焚。素纨忽指壁上星图与手中《璇玑图》急道：“爹爹快看！图中所示‘星隐洞’之‘隐’位，与石壁此处凹痕相合！”徵定睛，果见图中一极隐晦之星点，正对应石壁一不起眼之浅凹。情急之下，不及细思，以手指用力按向凹痕！
“轰隆隆——”石壁竟应声滑开，现出一条黝黑向下之秘道！寒气森森涌出。此时洞口一声惨呼，南宫澈肩头中了一记毒丝，踉跄退入洞内，面泛青气。圆觉、玄阴狂笑追入：“瓮中捉鳖矣！”
徵大呼：“南宫义士、纨儿，随我来！”三人急入秘道。徵按动内侧机括，石壁轰然闭合，将追兵隔断在外。秘道狭窄曲折，仅容一人，斜斜向下。行约里许，前方微现亮光。出得秘道，竟是一处更大的天然洞窟！窟顶有孔窍透入天光，照见洞中景象。但见洞窟中央，有一石台，台上端坐一具身着前朝服饰的骸骨，虽历百年，骨架晶莹如玉，隐隐生辉。骸骨怀中抱一玉匣，身旁插一柄古剑，剑鞘蒙尘，仍难掩锋锐之气。石壁刻满文字，细辨乃前朝遗臣手书，详述此洞来历。