柯南立刻在键盘上输入“209cAt”，随着“叮”的一声轻响，加密界面消失，软盘里的资料终于显示在屏幕上。里面不仅有Aptx4869的早期研发数据、药物成分分析，还有一份未完成的解毒剂实验记录。灰原看着屏幕上熟悉的公式和数据，眼眶微微泛红——这是她和姐姐曾经渴望摧毁的东西，如今却成了她寻找解毒剂、摆脱组织阴影的希望。
阿笠博士一边快速复制资料，一边感叹：“这些数据太重要了！有了这些，我或许能和灰原一起，加快解毒剂的研发进度。”柯南也松了口气，靠在椅背上说：“太好了，只要能研发出解毒剂，我就能变回新一，到时候就能更直接地对抗组织了！”
就在这时，柯南的手机突然响了起来，是步美打来的。电话那头，步美的声音带着焦急：“柯南！不好了！俊也说他哥哥直树回来了，但直树好像受了伤，还说有黑衣人在追他！”
柯南的心瞬间提到了嗓子眼：“步美，你们现在在哪里？让俊也千万不要乱跑，我们马上过去！”挂了电话，他立刻拿起外套：“组织的人果然盯上了直树！他们肯定是冲着夏目漱石的肖像画来的，说不定画里还藏着其他线索！”
四人立刻驱车赶往俊也家。路上，灰原看着窗外飞速倒退的街景，轻声说：“夏目漱石的作品里，有很多关于‘秘密’和‘救赎’的主题，教授和直树的父亲可能是用这幅画传递某种信息，比如组织的秘密据点，或者其他资料的隐藏地点。”
夜一点点头：“很有可能。直树说不定知道画里的秘密，所以才会被组织追杀。我们得尽快找到他，保护好他和那幅画。”
车子刚停在俊也家附近，就看到巷口围了一群人。柯南挤进去，发现直树靠在墙上，手臂上有一道明显的划伤，俊也正抱着他哭。看到柯南等人，直树挣扎着站起身：“你们是俊也找的侦探团吧？有……有穿黑衣服的人跟踪我，他们问我要夏目漱石的画，我说画在家里，他们就想抓我……我好不容易才逃回来的。”
夜一立刻检查了直树的伤口，还好只是皮外伤，他从背包里拿出急救包，帮直树消毒包扎：“你先别急，慢慢说，那些黑衣人长什么样子？有没有说为什么要找那幅画？”
直树皱着眉头回忆：“他们戴着黑色的帽子和墨镜，说话声音很沙哑，好像故意压低了声音。他们说‘画里有他们要的东西’，还说如果我不把画交出来，就对我和俊也不客气。”
柯南和夜一对视一眼，更加确定画里藏着关键线索。他们扶着直树走进屋里，夜一将夏目漱石的肖像画取下来，仔细检查画框和画布。柯南则在房间里四处查看，突然注意到画框背面的挂钩处，有一道细微的裂缝，像是被人撬动过。
“灰原，你来看一下这个。”柯南招呼灰原过来，“画框的挂钩好像被动过手脚，说不定里面藏着东西。”灰原拿出放大镜，仔细观察裂缝处，发现裂缝里夹着一张小小的纸片。夜一用镊子小心地将纸片夹出来，展开一看，上面是一串用暗号写的数字和字母：“S-19，-07，L-23，N-15”。
“这看起来像是书架的坐标！”光彦突然开口，他指着直树书架上的书，“S可能是‘夏目漱石’的首字母，、L、N说不定是其他作者的首字母，数字可能是书的层数和位置！”
众人立刻围到书架前，直树的书架上果然摆满了不同作者的书。柯南按照暗号，先找到了夏目漱石（S）的书，在第19层的位置，抽出了一本《我是猫》；接着找到开头的作者“森鸥外”的书，在第7层抽出一本《舞姬》；然后是L开头的“鲁迅”的书（直树的父亲喜欢中国文学），第23层的《呐喊》；最后是N开头的“尼采”的书，第15层的《查拉图斯特拉如是说》。
四本书抽出来后，书架后面竟然露出了一个小小的暗格！暗格里放着一个棕色的信封，信封上没有署名。柯南小心翼翼地打开信封，里面是一张泛黄的照片和一张纸条。照片上有两个男人，一个是直树的父亲，另一个竟然是广田教授！两人站在一栋老旧的建筑前，手里拿着一张图纸，笑容很灿烂。
纸条上的字迹有些潦草，是直树父亲的笔记：“广田君，组织的据点藏在‘黄昏馆’的地下室，图纸我藏在夏目漱石的画框里，若我遭遇不测，务必将此信息交给值得信任的人，摧毁组织的阴谋。”
“黄昏馆？”柯南的眼睛瞬间亮了，“我记得之前听博士说过，黄昏馆是一栋废弃的别墅，位于市郊的山上，几十年前因为一场火灾被废弃，后来一直没人敢靠近。”
灰原的脸色却变得凝重起来：“黄昏馆……组织确实有一个秘密据点在市郊，我之前在组织里的时候，听琴酒提过一次，说那里藏着组织的核心资料和实验设备。”
夜一握紧拳头：“看来我们必须去一趟黄昏馆，找到组织的据点，把他们的核心资料销毁，绝不能让他们再用Aptx4869伤害更多人！”
柯南点点头，转头对直树说：“直树，你和俊也先跟我们去阿笠博士家，那里比较安全。等我们处理完黄昏馆的事情，再送你们回来。”直树感激地点点头：“谢谢你们，如果不是你们，我和俊也可能早就被黑衣人抓走了。”
众人收拾好照片和纸条，带着直树和俊也往阿笠博士家赶。路上，柯南给目暮警官打了个电话，简单说明了黄昏馆的情况，希望警方能配合行动。目暮警官虽然对“黑衣组织”的存在还有些怀疑，但考虑到广田教授的死和直树被追杀的事情，还是同意派警力支援。
到达阿笠博士家后，博士立刻根据照片上的图纸，绘制出黄昏馆的大致结构。灰原则在电脑上查阅黄昏馆的历史资料，发现那栋别墅曾经的主人，竟然是一位和黑衣组织有过合作的企业家，后来因为分赃不均，被组织灭口，别墅也被一把火烧了。
“看来黄昏馆的地下室，就是组织在那场火灾后秘密重建的。”灰原指着电脑屏幕上的资料，“地下室里可能有通风管道和秘密出口，我们进去的时候要多加小心，琴酒和伏特加很可能也在那里。”
夜一从背包里拿出一把折叠刀和一个手电筒：“我准备了一些应急工具，等会儿我们和警方汇合后，一起进入黄昏馆。柯南，你和灰原跟在我后面，注意保护好自己，不要轻易分开。”
柯南点点头，从口袋里掏出麻醉针手表和足球腰带：“我也准备好了，要是遇到组织的人，我能拖延一点时间。”
一切准备就绪后，众人分成两拨：阿笠博士带着直树和俊也留在家里，负责远程支援，通过电脑监控黄昏馆周围的情况；柯南、夜一、灰原则和目暮警官带领的警力汇合，前往黄昏馆。
车子行驶在通往市郊的山路上，夜色越来越浓，周围的树木在月光下投下诡异的影子，让人心里发毛。灰原靠在车窗上，看着外面的夜色，小声对夜一说：“我总觉得，这次去黄昏馆，不会那么顺利。组织的人很狡猾，说不定早就设好了陷阱。”
夜一握住她的手，轻声安慰：“别担心，我们有警方支援，还有柯南在，一定能应付。就算遇到陷阱，我们也会一起想办法解决。”灰原看着夜一坚定的眼神，心里的不安渐渐消散，她轻轻回握住夜一的手，点了点头。
半小时后，车子到达黄昏馆附近。目暮警官让警员们在周围布控，防止组织的人逃跑，然后带着柯南、夜一、灰原，小心翼翼地靠近别墅。黄昏馆的外墙已经被大火烧得漆黑，窗户破碎不堪，门口杂草丛生，看起来阴森恐怖。
柯南拿出手电筒，照亮门口的地面：“大家小心，地上可能有陷阱。”夜一则仔细检查门口的门锁，发现门锁已经生锈，但上面有新鲜的划痕，说明最近有人来过。
“门锁是被人撬开的，组织的人肯定已经在里面了。”夜一从口袋里掏出一根铁丝，轻轻插入锁孔，很快就打开了门。四人走进别墅，一股灰尘和霉味扑面而来，客厅里的家具早已腐烂，地上散落着破碎的玻璃和木头。
“地下室的入口应该在书房里。”灰原根据图纸的提示，带领众人往书房走去。书房里的书架已经倒塌，地上有一个被木板盖住的洞口，木板上有明显的挪动痕迹。
目暮警官示意警员们做好准备，然后和夜一一起掀开木板。洞口筒照了照楼梯，发现楼梯上没有灰尘，说明经常有人上下。
“我们下去吧，注意保持安静。”柯南带头走下楼梯，夜一和灰原跟在后面，目暮警官和几名警员殿后。楼梯有一盏应急灯，发出微弱的红光，将周围的影子拉得很长。
走了大概几十米，走廊尽头出现了一扇铁门。铁门上有一个密码锁，密码锁旁边贴着一张纸条，上面写着：“解开夏目漱石的谜题，才能打开真相之门。”
“又是夏目漱石的谜题！”柯南皱起眉头，开始思考。灰原则盯着密码锁，轻声说：“密码锁是四位数，夏目漱石的作品里，有没有和数字相关的内容？”
夜一突然想起什么：“《我是猫》里，主人公曾经说过‘我出生在明治三十八年’，明治三十八年就是1905年；还有《少爷》的出版年份是1906年，《心》是1914年……”
“不对，”柯南摇摇头，“之前教授的软盘密码是结合了诞辰和代号，这次的谜题可能和画里的暗号有关。画里的暗号是‘3-15，7-22，12-9’，如果把这些数字转换成月份和日期，3月15日是夏目漱石的忌日，7月22日是《我是猫》的首发日，12月9日是他的结婚纪念日……”
“忌日、首发日、结婚纪念日……”灰原突然眼前一亮，“这些日子对应的数字，会不会就是密码？315、722、1209，但密码锁是四位数，说不定是取每个日期的最后两位？15、22、09，不对……”
就在这时，柯南注意到密码锁旁边的墙壁上，刻着一行小字：“猫的眼睛，看到了数字的秘密。”他立刻想到《我是猫》里，主人公经常透过窗户看外面的世界，“猫的眼睛……窗户！书房里的窗户，是不是对应着什么数字？”
众人立刻回到书房，柯南仔细观察书房的窗户。窗户是方形的，分成了九宫格，其中有几格玻璃上有细微的划痕，组成了数字“1”“9”“0”“5”——正是《我是猫》主人公出生的年份1905年！
“密码是1905！”柯南立刻跑回地下室，在密码锁上输入“1905”。随着“咔哒”一声，铁门缓缓打开，里面是一个巨大的实验室。实验室里摆满了各种实验设备，架子上放着很多装着液体的试管，墙上的屏幕上显示着Aptx4869的实验数据。
“这里就是组织的核心实验室！”灰原看着眼前的一切，身体微微发抖——这里和她曾经在组织里待过的实验室一模一样，充满了冰冷的药水味和死亡的气息。
突然，实验室的灯光瞬间亮起，琴酒的声音从扬声器里传来，带着冰冷的嘲讽：“雪莉，我们就知道你会来这里。你以为找到软盘，找到黄昏馆，就能摧毁组织吗？太天真了。”
柯南和夜一立刻警惕起来，环顾四周：“琴酒！你出来！别躲在暗处装神弄鬼！”
“别急，”琴酒的声音继续传来，“我给你们准备了一份礼物。实验室的通风管道里，装满了易燃气体，只要我按下开关，这里就会变成一片火海。你们只有十分钟的时间，要么交出软盘和画里的线索，要么和这里一起毁灭。”
夜一立刻检查通风管道，发现里面果然有气体泄漏的声音。目暮警官赶紧让警员们寻找出口：“大家快找出口，我们不能被困在这里！”
柯南则盯着墙上的屏幕，突然发现屏幕上的实验数据里，有一串奇怪的代码：“E-07，S-12，w-03，N-18”。“这是经纬度！”柯南立刻拿出手机，输入代码，发现对应的位置是市郊的一个废弃工厂——和之前假钞团伙的窝点很近！
“琴酒肯定把核心资料转移到了那个工厂！”柯南大声说，“我们必须尽快离开这里，去那个工厂！”
灰原看着实验室里的设备，突然想到什么：“通风管道里的易燃气体，是通过管道从外面输送进来的，只要找到输送管道的阀门，就能关闭气体供应！”她带领众人往实验室的角落跑去，那里果然有一个红色的阀门，上面写着“气体控制阀”。
夜一立刻转动阀门，气体泄漏的声音渐渐消失。琴酒的声音再次传来，带着愤怒：“可恶！雪莉，你以为这样就能逃掉吗？我会让你们付出代价的！”扬声器里传来一阵电流声，然后就没了动静。
众人松了口气，目暮警官立刻联系外面的警员，让他们去柯南找到的经纬度位置埋伏。然后带领众人从实验室的秘密出口离开，回到了地面。
“虽然没能抓住琴酒，但我们毁掉了组织的核心实验室，还找到了他们的新据点，已经算是成功了。”柯南看着远处的夜空，轻声说，“而且我们还有软盘里的资料，只要研发出解毒剂，就能彻底摆脱组织的威胁。”
夜一拍拍他的肩膀：“没错，接下来我们要做的，就是和博士、灰原一起，加快解毒剂的研发，同时配合警方，摧毁组织的新据点。总有一天，我们会把组织彻底消灭，让所有被他们伤害的人，都能得到救赎。”
灰原看着两人坚定的眼神，嘴角露出了一丝淡淡的笑容。她知道，未来的路还很长，还会有很多困难和危险，但只要和柯南、夜一、阿笠博士，还有少年侦探团的大家在一起，她就有勇气走下去，去迎接属于自己的光明。
车子行驶在回家的路上，月光透过车窗，洒在众人的脸上。柯南拿出手机，给阿笠博士打了个电话，告诉他们事情的经过。电话那头，直树和俊也的声音传来，带着感激和安心。
夜一转头看向灰原，发现她已经靠在椅背上睡着了。她的呼吸很轻，长长的睫毛在月光下投下浅浅的阴影，原本紧蹙的眉头也舒展开来，看起来少了平日的清冷，多了几分柔和。夜一放慢了呼吸，悄悄调整了座椅角度，让她靠得更舒服些，又把外套往上拉了拉，盖住她露在外面的手腕。
柯南从后视镜里看到这一幕，嘴角勾起一抹浅笑，悄悄把手机调成了静音模式——他可不想打扰这份难得的安宁。目暮警官坐在副驾驶座上，看着窗外掠过的路灯，轻声感叹：“没想到真的有这样的组织存在，还好有你们这些孩子，不然我们还被蒙在鼓里。”
车子驶入市区时，天边已经泛起了鱼肚白。阿笠博士早已在门口等候，看到他们回来，立刻迎了上去：“怎么样？有没有遇到危险？直树和俊也一直在担心你们。”
“放心吧博士，我们没事。”柯南跳下车，伸了个懒腰，“虽然让琴酒跑了，但我们毁掉了他的实验室，还找到了新据点的线索，算是大获全胜！”直树和俊也也从屋里跑出来，看到夜一和灰原平安归来，脸上露出了开心的笑容。
灰原被门口的动静吵醒，揉了揉眼睛，看到熟悉的环境，心里瞬间安定下来。夜一伸手扶她下车，轻声说：“累了吧？先去楼上休息一会儿，早餐我让博士准备你爱吃的三明治。”灰原点点头，跟着阿笠博士往门口走去，走了两步，又回头看了夜一一眼，眼底带着一丝不易察觉的暖意。
接下来的几天，少年侦探团暂时停下了委托任务，全力协助阿笠博士和灰原研发解毒剂。柯南把黄昏馆的经纬度信息交给了警方，目暮警官带领警力对废弃工厂进行了秘密监控，只等合适的时机一举捣毁组织的新据点。
直树和俊也的父母从外地赶回来后，特意带着兄弟俩来到阿笠博士家道谢。直树把夏目漱石的肖像画送给了柯南，说：“这幅画里藏着爸爸的心愿，现在交给你们，一定能帮爸爸完成摧毁组织的目标。”柯南郑重地接过画，说：“我们一定会的，绝不会让你爸爸的努力白费。”
周末的清晨，帝丹小学的操场上，少年侦探团的五人围坐在一起。元太啃着鳗鱼饭团，含糊不清地说：“下次我们还要一起破案！最好是能抓住那些黑衣人，让他们再也不能欺负人！”光彦推了推眼镜，点头附和：“没错！我们还要帮博士找到解毒剂！”
步美看着柯南和灰原，笑着说：“柯南和灰原总是一起研究资料，就像小夫妻一样呢！”灰原的脸瞬间红了，连忙低下头假装看草地；柯南也有些尴尬，挠着头说：“步美，别乱说啦！我们只是在研究解毒剂而已！”夜一坐在旁边，看着两人慌乱的样子，忍不住笑了起来——他知道，这份悄悄萌发的情愫，会和他们对抗组织的决心一起，慢慢生根发芽。
夕阳西下时，夜一送灰原回家。走到阿笠博士家楼下，灰原突然停下脚步，从口袋里掏出一个小小的玻璃瓶，递给夜一：“这是我用软盘里的资料，调配出的初步解毒剂样本，虽然还不能让人完全变回原样，但能暂时缓解药物的副作用。”
夜一接过玻璃瓶，看着里面淡蓝色的液体，心里满是感动：“谢谢你，灰原。”
“不用谢。”灰原的脸颊微微泛红，“其实……要谢谢你一直保护我，在我害怕的时候给我勇气。”她顿了顿，抬头看向夜一的眼睛，认真地说：“以后不管遇到什么危险，我们都要一起面对，好不好？”
夜一用力点头，握紧了手里的玻璃瓶：“好！不管是组织的阴谋，还是解毒剂的研发，我们都会一起面对，永远不会分开。”
夕阳的余晖洒在两人身上，把他们的影子拉得很长。灰原转身走进阿笠博士家，走到门口时，又回头对夜一挥了挥手。夜一站在门外，看着她的身影完全进入阿笠博士家，嘴角一直保持着上扬的弧度——他知道，只要身边有灰原，有柯南，有少年侦探团的大家，就算未来还有无数的困难和危险，他们也一定能勇敢地走下去，直到把黑衣组织彻底摧毁，迎来真正的光明。