皇甫嵩败退后，朝廷改派朱儁率军三万，在长社扎下连营，企图以持久战拖垮黄巾军。
师尊，敌军深沟高垒，难以强攻。程昱建言。
方炎微微一笑：彼欲持久，我偏要速战。
他命人暗中挖掘地道，直通官军粮仓。同时组织精锐部队，日夜轮番骚扰，使官军疲惫不堪。
最关键的一招，他派关羽率领一支奇兵，伪装成官军援兵，混入敌营。在约定时刻，内外夹击，火烧连营。
是夜，长社火光冲天，朱儁仓皇逃窜。黄巾军乘胜追击，再获大胜。
连败两阵后，朝廷震动，急调曹操、袁绍等各路兵马会师颍川，企图一举剿灭黄巾主力。
面对十余万联军，方炎展现出卓越的战略眼光。
他首先采取分化策略，派人暗中联络曹操：孟德可知，袁本初早已暗中与宦官勾结，欲取你而代之？
同时，他在颍水上游筑坝蓄水，又命张飞率军断敌粮道。
决战之日，方炎登坛作法。原本晴朗的天空突然乌云密布，暴雨倾盆。颍水暴涨，冲垮了联军大营。
苍天已死，黄天当立！数万黄巾军趁势掩杀。
曹操见大势已去，率部撤退。袁绍则被关羽生擒。
大败朝廷联军后，方炎并未急于进攻洛阳，而是首先巩固根据地。
他在控制区推行太平新政：继续推行均田制，没收豪强土地，按人口分给农民。免税三年，让百姓休养生息。开设义学，贫寒子弟免费入学。建立医馆，免费为百姓治病。
这些政策很快赢得了民心，各地百姓纷纷来投。
在稳定根据地的同时，在敌后战区，方炎采用农村包围城市的战略，先取郡县，再图州府。同时大力发展军工，制造出改良的投石车、连弩等装备。
冀州之战，他亲自率军围攻邺城，却围而不攻。暗中派人说服守将审配，承诺保全城中百姓。在内外压力下，审配开城投降。
兖州之战，面对曹操的军队，方炎采取疲敌之策。派小股部队日夜骚扰，主力则休整待命。同时派人散布谣言，离间曹操与当地士族的关系。
报！曹操军中发生哗变，部分将领带兵投诚！
方炎微笑：是时候了。他亲率精锐突袭曹军大营，大败曹操于东郡。
幽州之战，面对公孙瓒的白马义从，方炎发明了钩镰枪阵，专克骑兵。同时派刘备说服赵云来投，不战而取幽州。
在控制河北后，方炎立即推行科举制度。
不论出身，唯才是举。他在邺城宣布，天下英才，皆可入仕。
这一政策立即引起了强烈反响。寒门士子纷纷来投，而一些中小世家也看到机会，开始转向支持太平道。
面对顽固的汝南袁氏，方炎采取了更严厉的措施。他公布袁氏欺压百姓的罪证，发动群众进行公审，彻底瓦解了这个东汉最大的门阀之一。