仲景撰写《伤寒论》的时候，参照了《汤液经法》等等前经方典籍。《伤寒论原序》有“撰用”二字，不过，经扬绍伊先生、钱超尘先生和李茂茹先生等考证证实“撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪药录》并《平脉辨证》”二十三个字为王叔和加入。进一步证实了《伤寒论》主要内容来自《汤液经法》。
张仲景也在阴阳学说的背景下移植和整理了方证辨证诊治方法。仲景将蛮荒年代野性思维的结晶与当时最有力的思想武器——阴阳学说结合在一起。同时，他清醒地意识到方证辨证，这种另类思维的珍贵性。所以在整理过程中尽量保存了《汤液经法》中方证的原貌。
杨绍伊认为，《汤液经法》原文在东汉岿然独存，张仲景据此“论广”，故原文一字无遗存在于《伤寒论》中
由于这时候，东汉王朝动荡不安，为了避乱，张仲景辞官来到岭南隐居，专心研究医学，撰写医书。到建安十五年，终于写成了划时代的临床医学名着《伤寒杂病论》，共十六卷。经后人整理成为《伤寒论》和《金匮要略》两本书。
《伤寒杂病论》系统地概括了“辨证施治”的理论，为中国中医病因学说和方剂学说的发展做出了重要贡献。后来该书被奉为“方书之祖”，张仲景也被誉为“经方大师”。
张仲景写成该书后仍专心研究医学，直到与世长辞。晋武帝司马炎统一天下后的公元285年，张仲景的遗体才被后人运回故乡安葬，并在南阳修建了医圣祠和仲景墓。
为人医风
张仲景为人谦虚谨慎，提倡终身坚持学习。他在序文中说：“孔子曰：生而知之者上，学则亚之，多闻博识，知之次也。余宿尚方术，请事斯语。”张仲景引用孔子语录，在于说明自己不是天才，只能靠刻苦努力学习来获得知识。他特别表明自己从青少年时期就热爱医学，请允许他扎扎实实地按照孔子的话去做，因为医学没有止境，必须终身坚持学习，活到老，学到老。
张仲景还为后人树立了淳朴无华、勤恳踏实的学风。《伤寒杂病论》着述风格朴实简练，毫无浮辞空论，对后世中医着作影响甚大。他诊病和学习时遇到一丝一毫的疑问，即“考校以求验”，绝不放过，一定要弄清楚是怎么回事。
张仲景的医学理论对中国古代医学的发展和老百姓健康做出了巨大的贡献，同时张仲景医学理论对现代医学研究有重大贡献。而且对东南亚各国的影响也很大。后人研究他的医理，敬仰他的医术和医德，称他为“医圣”。在河南省南阳市还为他修建了“医圣祠”。解放后，翻修了“医圣祠”，并修建了“张仲景纪念馆”，以纪念这位奠定中国中医治疗学基础的医学家。
着作
1、《伤寒杂病论》1
（已经失传，中医四大经典着作之一）书中全面阐述了中医的理论和治病原则，是我国最早的理论联系实际的临床诊疗专书2
。
2、《伤寒论》，晋代太医王叔和根据自己搜寻到《伤寒杂病论》的伤寒部分的轶文整理而成。
3、《金匮要略》，宋代王洙、林亿、等人在偶然的机会发现《伤寒杂病论》残简，将关于杂病的部分整理成册，更名为《金匮要略》刊行于世。
张仲景的着述除《伤寒杂病论》之外，还有《辨伤寒》十卷、《评病药方》一卷、《疗妇人方》二卷、《五藏论》一卷、《口齿论》一卷，可惜都早已散失不存。然而仅此一部《伤寒杂病论》的杰出贡献，也足以使张仲景成为海内外景仰的世界医学伟人。