回到基地后，林舟把总指挥关在审讯室，亲自去审问。“说！你把基因数据发给谁了？”林舟用枪抵住他的头。总指挥冷笑一声：“我凭什么告诉你？你们就算知道了，也没用！等着吧，很快就会有更可怕的东西来找你们！”
不管林舟怎么审问，总指挥都不肯开口。林舟没办法，只能让队员把他关起来，严加看管。然后，他带着老科研人员和黑框眼镜，一起研究从货轮上找到的资料。
资料里详细记录了变异海兽的培育过程，还有终极母皇的基因序列，但没有提到基因数据发给了谁。老科研人员看着资料，突然说：“这个标记……是‘黑鸦组织’的！他们是一个神秘的跨国组织，专门研究变异体和生化武器，蓝盾肯定和他们有勾结！”
“黑鸦组织？”林舟心里一沉，“你知道这个组织的据点在哪里吗？”老科研人员摇摇头：“不知道，他们很神秘，只和蓝盾的高层联系，我们这些底层科研人员根本接触不到。”
林舟坐在椅子上，手指轻轻敲击着桌面。没想到解决了蓝盾，又冒出来一个黑鸦组织，而且还拿到了终极母皇的基因数据，要是他们培育出更强大的变异体，后果不堪设想。
“林哥，不好了！”张毅慌慌张张地跑进来，“关押总指挥的房间空了！守卫被打晕了，窗户是开着的！”
林舟猛地站起来：“什么？快追！”众人立刻跟着张毅跑到关押室，房间里果然空无一人，守卫被绑在椅子上，头上有个包。“刚才有个穿着基地制服的人进来，说林哥要提审总指挥，我没多想就开了门，结果被他打晕了。”守卫虚弱地说。
“是内鬼！他还在基地里！”王虎咬牙道，“肯定是他救走了总指挥！”林舟立刻下令：“封锁基地所有出口！所有人分头搜查，一定要把他们找出来！”
队员们立刻分散行动，基地里到处都是搜查的脚步声。林舟带着赵磊，朝着后门跑去——那里是最容易逃跑的地方。刚跑到后门附近，就看到两个身影正顺着围墙往上爬，一个是总指挥，另一个穿着基地制服，背对着他们，看不清脸。
“站住！”林舟大喊，举枪对着他们射击。总指挥慌了神，脚下一滑，从围墙上掉下来。那个穿基地制服的人却不管他，纵身一跳，落在围墙外，朝着远处的树林跑去。
“赵磊，追那个内鬼！我来抓总指挥！”林舟大喊。赵磊立刻翻过围墙，朝着树林追去。林舟走到总指挥身边，把他重新铐起来，气得骂道：“你还真敢跑！这次我看你往哪逃！”
总指挥躺在地上，冷笑一声：“就算抓了我，你们也挡不住黑鸦组织！他们很快就会来的！”林舟没理他，让队员把他押回关押室，这次加派了十个守卫，确保他跑不了。
没过多久，赵磊回来了，脸上带着愧疚：“林哥，没追上！那个内鬼跑得太快，树林里又复杂，我追了一段就没踪影了。”林舟拍了拍他的肩膀：“没关系，至少我们抓回了总指挥，而且知道了内鬼还活着，以后多注意就行。”
回到指挥中心，各基地的首领都在等着。林舟把黑鸦组织和内鬼的事情告诉他们，众人脸色都很凝重。“没想到还有这么个组织，看来我们以后不能掉以轻心。”赵刚说。
“没错，”林舟点点头，“我们得尽快联合更多的基地，扩大势力，同时加快研究，做好应对黑鸦组织的准备。另外，还要继续搜查内鬼的下落，他一天不除，基地就一天不安宁。”
众人立刻商量好后续计划：青龙基地负责研究从货轮上找到的资料，寻找黑鸦组织的线索；白虎、玄武基地负责联络周边的小型基地，扩大联盟；清风、星火基地负责巡逻和物资运输，确保基地安全。
接下来的几天，基地里一片忙碌。科研人员和黑框眼镜日夜不停地研究资料，终于找到了黑鸦组织的一个临时据点——在西边的废弃城市里。林舟立刻召集各基地的精锐队员，准备去突袭据点，寻找更多线索。
出发那天，天气阴沉，像是要下雨。林舟站在车队前面，对着队员们大喊：“兄弟们，黑鸦组织是我们新的敌人，他们手里有终极母皇的基因数据，我们必须尽快阻止他们！这次突袭，只许成功，不许失败！”
“明白！”队员们齐声大喊，声音洪亮。
车队朝着西边的废弃城市疾驰而去。林舟坐在最前面的车里，手里攥着据点的地图，心里清楚，这次的任务比对付蓝盾还要危险。但为了所有幸存者的未来，他必须勇往直前。
就在车队快要到达废弃城市时，对讲机里突然传来赵磊的声音：“林哥！前面的路上有陷阱！还有变异体的踪迹！”
林舟立刻让车队停下，下车一看，只见前面的公路上埋着地雷，路边的大楼里隐约有黑影晃动，显然是黑鸦组织早就设好了埋伏。他深吸一口气，对着队员们喊：“做好战斗准备！黑鸦组织已经知道我们来了！”
大楼里的变异体突然冲了出来，足足有几十只，都是从未见过的类型，体型巨大，速度极快。蓝盾总指挥说的没错，黑鸦组织果然培育出了更强大的变异体。一场新的战斗，在废弃城市的公路上，正式打响。