雨水时节，刘镇南婉拒谷主好意。他选择留在青牛村，继续钻研解毒之道。谷主临行前留下医仙谷传承，并告知暗影楼正在各地散毒，更大的灾祸即将来临。
惊蛰春雷，刘镇南在药泉边静坐九日。第九日泉水倒映北斗移位，水底浮出一枚古铜针。针中封存着林素衣的一缕命魂，以及暗影楼下一步的阴谋。
芒种午夜，刘镇南行至毒瘴林时，忽闻凄厉惨叫。只见林中毒物肆虐，幸存的采药人四处奔逃。一个黑袍人正在提炼毒精，正是暗影楼分坛主。
刘镇南悄然靠近，将解毒草碾成粉末顺风洒出。药粉触及毒瘴发出滋滋声响，毒雾顿时淡去三成。黑袍人怒而转身，双掌拍出两道毒芒。刘镇南侧身闪避，药锄顺势钩向对方手腕。
不料坛主修为深厚，毒芒突然分化。一道击中药锄，一道直逼心脉。刘镇南闷哼倒地，怀中古铜针发出温润青光。青光所照之处，毒芒如露消散。坛主惊骇欲夺，林梢掠来一道白影。
白衣女子御风而至，袖中银针破去毒瘴结界。她扶起刘镇南，喂他服下清香药丸。小女子白芷，医仙谷弟子。感应到此地毒气异常，特来相助。原来白芷奉师命追查暗影楼踪迹，恰经此地。
夏至黎明，二人追踪至废弃矿洞。洞中毒气弥漫，到处是中毒身亡的矿工。白芷取出药瓶测毒，面色凝重。不好，这是暗影楼的百毒蚀心阵。需以至阳药材破阵。
刘镇南想起林素衣医书记载，赤阳花配正午泉水可解百毒。分头寻找时，在矿洞深处发现一株将开的赤阳花，但守护灵花的是只五毒蛛。大暑正午，毒蛛苏醒毒丝密布。白芷银针牵制，刘镇南趁机采集泉水。
赤阳花开刹那，暗影楼高手突然现身。灰衣人冷笑。两个医者，正好试毒。危急时刻，古铜针再放青光。林素衣残魂显现，助赤阳花提前绽放。泉水破阵眼，白芷九九八十一针齐发，大阵崩毁。
灰衣人遁走留墨玉令牌，刻着万毒归宗四字，背面是暗影楼分坛图，下个目标竟是青牛村。距月圆只剩七日，二人即刻返程。
日渐相处中，医道共鸣悄然滋生。但刘镇南心系林素衣，白芷也似怀心事。当青牛村轮廓再现时，村子上空笼罩诡异绿雾，村口古井竟泛着黑光。
白芷取出验毒玉簪，簪头瞬间发黑。她脸色骤变。这是暗影楼的九转绝毒阵，需要七个纯阳之体作为药引。刘镇南猛然惊醒，村中正好有七个阳年阳月出生的壮年。
暮色渐沉，村中传来痛苦呻吟。刘镇南冲进村庄，只见七个壮汉面色发黑，倒在七个方位。暗影楼弟子正在施毒，毒雾中浮现狰狞鬼面。
白芷银针连射，医仙谷解毒术化作金网罩住壮汉。刘镇南药锄翻飞，锄尖点向地脉泉眼。地底传来轰鸣，清泉之气喷涌而出，与金网交融。
突然，古井中涌出清流。水流在空中结成莲花状，莲花旋转，洒下甘露，毒雾渐渐消散。七个壮汉得救，古井却彻底干涸。
黑袍人从暗处走出，阴森冷笑。好一对医者仁心。可惜真正的毒阵，现在才启动。他撕开胸前衣襟，露出漆黑的心脏，每跳一次，井底就涌出毒泉。
白芷惊呼。这是暗影噬心术！快阻毒源！刘镇南灵光一闪，将古铜针投入井中。针尖触到毒泉竟发出清鸣，与他的心跳逐渐共振。
当心跳完全同步时，干涸的井底突然涌出甘泉。泉水以肉眼可见的速度净化毒液，转眼间生出七色莲花。每朵莲花都映照出一个壮汉的面容，莲香所到之处，毒泉化为清水。
黑袍人暴怒，心脏跳出胸腔，化作毒球砸向水井。白芷挺身挡在井前，银针布下天罗地网。毒球撞上银网，轰然炸裂，黑袍人惨叫消逝。
破晓时分，村外传来马蹄声。暗影楼大队人马压境，为首者骑着双头毒蝎，正是总坛主。他手持万毒幡，幡面绣着骷髅图案，所过之处草木枯死。
白芷布下医仙谷防御阵，刘镇南带领村民以药杵为武器。双方在村口对峙，决战一触即发。这时，七色莲突然无风自动，花瓣飘落组成一行字：以善化毒，可净世间。
刘镇南心领神会，让村民手牵手围成圈，心中默念治病救人的誓言。奇妙的是，每个人身上都泛起白光，光芒汇聚成巨大的光杵。光杵击向万毒幡，幡面骷髅发出凄厉哀嚎。
总坛主惊骇后退，却撞上突然出现的医仙谷长老。原来白芷早已传讯师门，援兵及时赶到。经此一役，刘镇南领悟到医道真谛，而青牛村的考验，才刚刚开始。
七色莲在晨光中轻轻摇曳，新绽的花苞中，隐约可见林素衣欣慰的笑颜。刘镇南握紧药锄，知道前路漫长，但每一步都更接近医道本源。