成立“清虺司”：由他绝对信任的暗卫首领直接统辖，联合刑部、大理寺精锐，专司追查、缉拿虺宗余孽。
凭借之前云昭翎和紫灵以“毒种”标记、以及后续审讯俘虏得到的名单，“清虺司”，在京城乃至全国范围内，展开了无声却高效的清洗。
行动往往在深夜进行，一家家店铺被查封，一个个看似普通的民居被破门，不断有身份各异的人被悄无声息地带走。
菜市口的刑场，接连数日都有被公开处决的虺宗核心骨干，以儆效尤，血腥气一度弥漫不散，却也极大地震慑了宵小。
清洗朝堂：借着肃清虺宗的东风，萧元宸以雷霆手段，将之前查出的、与虺宗有牵连或暧昧不清的官员，无论职位高低，一律革职查办，证据确凿者，抄家流放乃至问斩，毫不容情。
他甚至顺势揪出了几个平日道貌岸然、实则结党营私的老臣，一并清理。朝堂之上，经历了一场彻骨寒风，风气为之一肃，太子的权威也在此过程中得到了空前的巩固。
控制舆论：严令禁止传播任何与“虺神”、“毒蛊”相关的谣言，违者以惑乱民心罪论处。
同时，官方明发告示，定性此次事件为“前朝邪教余孽作乱”，现已由太子殿下亲自督帅剿灭，首脑伏诛，大局已定。
以此稳定惶惶人心，将事件的影响控制在最小范围。
第二步，强力维稳，恢复秩序。
军队管控：京城实行短暂的军事管制，由忠诚的将领接管城防，巡防营与京畿大营日夜巡逻，严厉打击趁乱打砸抢烧的不法之徒，迅速平息了零星的骚乱。
赈灾安民：开设多处粥棚和临时医馆，免费发放粮食、药材，救治在毒雾中受伤或生病的百姓。
由官府出资，协助民众修复被破坏的房屋，减免受灾区域的赋税。萧元宸甚至数次轻车简从，亲自前往受灾最重的区域巡视，安抚民众，此举极大地赢得了民心。
水源与环境的彻底净化：派遣工部官员与太医署合作，对所有水源地进行反复检测和消毒清理，确保饮水安全。同时，组织人力彻底清理、焚烧或深埋因毒雾而死亡的动植物尸体，防止疫病发生。
第三步，论功行赏，凝聚人心。
对在此次事件中表现出色的将领、官员、乃至如九香这样提供了巨大帮助的江湖人士，萧元宸都给予了公开的、丰厚的奖赏，或加官进爵，或赐予金银田宅，毫不吝啬。这不仅是对他们功劳的肯定，更是向天下人表明，追随太子，有功必赏。
在萧元宸这一系列缜密、果决甚至堪称冷酷无情的组合拳下，京城这艘刚刚经历惊涛骇浪的巨舰，被他以强大的意志和手腕，强行稳定下来，并开始朝着恢复元气的方向驶去。
曾经弥漫的恐慌和绝望，逐渐被一种劫后余生的庆幸和对未来（尤其是在这位展现出强悍能力的太子治理下）的期待所取代。