KOF2000大赛在激烈的对抗中逐渐步入高潮。街头霸王队凭借林星、隆和春丽的出色发挥，一路过关斩将，成功杀入了半决赛。而他们接下来的对手，正是由克隆零（e Zero）伪装成的佣兵司令“凌”所率领的队伍。
与此同时，林星也通过S的渠道，断断续续接收到一些关于“原点”（草薙京）的零碎信息——大多是经过剪辑的维生舱监控片段，证明他还“活着”，状态依旧“稳定”。这既是S展示的“诚意”，也是悬在林星头顶的利剑，驱使着她不断完成他们交付的任务，包括在之前的比赛中，刻意收集某些特定队伍（如K‘队、八神队）的战斗数据。
半决赛的赛场气氛空前紧张。克隆零站在擂台对面，他穿着笔挺的军装，脸上带着掌控一切的傲慢笑容。他身边的两名队员气息彪悍，显然是精锐的改造士兵。
“比赛开始！”
战斗一触即发。克隆零的实力远超普通格斗家，他使用的古武术刚猛霸道，结合了S的强化科技，举手投足间都带着致命的威胁。他的两名队员也极其难缠，配合默契，攻势凌厉。
隆和春丽拼尽全力，才勉强击败了那两名队员，但自身也消耗巨大，受了不轻的伤。最终，林星不得不再次压轴出场，面对状态几乎完好的克隆零。
这是一场苦战。克隆零的力量、速度、防御都堪称顶级，战斗经验也极其丰富。林星将 「弧光步」 、 「星痕刺」 和 「流火破气」 运用到了极致，才勉强与他周旋。
“星幽焰？有趣的力量！”克隆零一拳轰散林星试探性的 「星爆·改」 ，狂笑道，“但还不足以撼动我！感受一下，何为真正的力量吧！”
他双臂一振，庞大的能量开始向他汇聚，显然要动用杀招。
就在这千钧一发之际，林星脑海中响起了S通过秘密通讯器传来的冰冷指令：“任务变更。放弃击败凌。下一回合，故意落败。重复，故意落败。”
林星心中一震！故意落败？S想干什么？难道他们和这个“凌”不是一伙的？还是说……这是计划的一部分？
电光火石间，林星来不及细想。她必须做出选择——是违背指令，尝试击败克隆零，可能打乱S的计划并危及草薙京；还是遵照指令，故意输掉比赛？
想到那些零碎的监控画面，想到南极基地的森严，林星咬了咬牙。她不能赌。
在克隆零那足以开山裂石的重拳轰来时，林星象征性地用 「星霜守护」 抵挡了一下，随即装作气力不济，被狠狠击飞，落在擂台之外。
“胜者——凌！凌的队伍晋级决赛！”
克隆零站在擂台上，发出志得意满的大笑，仿佛已经将冠军乃至整个世界握在手中。
林星在隆和春丽担忧的搀扶下站起身（她并未受重伤，只是装作脱力），看着克隆零嚣张的背影，眼神冰冷。她隐约感觉到，S内部似乎并非铁板一块，这个“凌”，恐怕有着自己的野心。
赛后，林星很快得知了原因。通过秘密渠道传递来的信息显示，克隆零（凌）策划KOF2000大赛的真正目的，并非为S收集数据，而是为了收集格斗家战斗时散逸的强大能量，用以驱动他秘密建造的终极兵器——零式加农炮（Zero on）！他打算利用这件兵器背叛S，并以此统治世界。
而S高层，或者说，S内部与林星接触的这一派系，早已察觉克隆零的背叛，他们给林星的任务，从一开始就包含着监视和牵制克隆零的意图。让她故意落败，或许是为了让克隆零放松警惕，或者是为了让决赛能够顺利进行，以便收集最终的数据？
无论如何，林星意识到，自己卷入了一场S内部的权力倾轧。这既是危机，也是机会！混乱，往往意味着可乘之隙。
决赛日到来。克隆零的队伍与另一支强队（可能是八神队或其他原着队伍）展开了最终对决。战斗异常激烈，庞大的能量波动在整个赛场回荡。
而就在决赛进行到白热化，克隆零自以为胜券在握，即将启动零式加农炮时，异变陡生！