灵根改造术直播后的第三天，护道联盟的 “清格行动” 正式拉开序幕。玄天剑宗的雷光剑影划破五千里长空，八大世家的修士分成百支搜捕队，带着 “破法镜” 和 “搜灵阵盘”，对散修聚落、凡人城镇展开地毯式搜查。黑风谷外的空地上，三具挂在绞刑架上的尸体格外刺眼 —— 他们是藏有《灵根遗传图谱》的散修，胸口被刻上 “格奸” 二字，鲜血顺着绞索滴落，在地面汇成暗红色的溪流。
“凡藏有格物学书籍者，斩！凡接触灵根改造术者，斩！凡为程明提供庇护者，诛九族！” 赵烈阳的声音通过灵能扩音器传遍每个搜查区域，修士们的靴子踏过凡人的菜园，破法镜的红光扫过平民的房屋，稍有可疑便破门而入，灵草被践踏，灵具被砸毁，哭喊声与修士的呵斥声交织，整个修真界陷入白色恐怖。
废弃灵矿遗址的临时据点里，程明看着洛清羽带回的情报，手指因愤怒而微微颤抖。情报上记录着各地的惨状：青木门附属的一个散修聚落，因收留三名格物院弟子，被血影宗邪修用毒蛊屠村；凡人城镇的灵能接收符全被收缴，私藏者被打断手脚；甚至有孩童因画了灵根双螺旋图案，被修士当众掌掴，斥责为 “沾染邪术”。
“不能再让弟子们暴露在明处。” 程明将情报揉成一团，扔进火盆，火星溅起，映亮他眼中的决绝，“所有在外的弟子立即撤回，转入地下，组建‘知识密会’—— 我们要像种子一样藏起来，在暗处继续传播知识。”
洛清羽早已准备好了密会的联络方案。她取出一块刻满纹路的灵纹玉，指尖注入灵力，玉牌表面立即浮现出长短不一的灵光脉冲：“这是我根据格物院的灵能波动原理，设计的‘灵脉密码’—— 用长脉冲代表‘—’，短脉冲代表‘?’，不同组合对应不同信息，就像凡间的摩尔斯电码，只有知道频率的人能解读。” 她将玉牌递给铁牛，“每个据点都有专属的频率，每天子时用灵脉节点传递一次消息，避免被搜灵阵捕捉。”
铁牛接过玉牌，掌心的老茧摩挲着冰凉的玉面。他想起之前断后的五名基因战士，想起被屠村的散修，眼中燃起怒火：“我带一队弟子去黑风谷的废弃矿道，那里有之前留下的防御阵，适合做第一个密会据点。” 他顿了顿，又补充道，“再给我十块灵纹玉，我教兄弟们用灵脉密码，保证不会泄露消息。”
接下来的三天，格物院弟子分批撤离。石根带着传播组的弟子，将《灵根遗传图谱》和灵根改造术的基础方法，拓印在防水的桦树皮纸上，藏进灵草捆、药材夹层甚至凡人的农具里 —— 这些是 “知识种子”，要通过密会传递到每个需要的人手中。医修组的阿芷则将灵根检测仪拆解成零件，分装在不同的行囊里，防止被搜捕队查获。
程明和洛清羽最后离开废弃灵矿。撤离前，他们毁掉了所有大型仪器，只带走灵根扫描仪的核心部件和灵枢酶的配方。当最后一盏聚灵灯被熄灭，矿洞陷入黑暗，只有灵脉密码的微弱灵光，在岩壁上留下短暂的痕迹，随后便融入自然灵气，消失无踪。
“知识密会” 的第一个据点，设在黑风谷深处的灵脉断层处。这里的灵气紊乱，搜灵阵的探测会被干扰，矿道两侧的石壁上，被弟子们刻上了伪装成自然纹路的防御阵 —— 一旦有修士靠近，阵纹就会发出微弱的灵气脉冲，提醒内部人员隐蔽。铁牛将灵纹玉接收器安装在矿道顶端，玉牌连接着地下的灵脉，能接收五千里内的密会消息。
子时刚到，接收器突然亮起。淡蓝色的灵光脉冲在玉牌上跳动：“?—?———???——?”（青木门据点安全，需灵根图谱拓本）。负责接收的弟子立即取出解码石板，对照上面的符号，快速翻译出信息，再用灵笔记录在羊皮卷上，送到铁牛手中。
“立即安排人送拓本过去。” 铁牛将羊皮卷卷起，塞进特制的竹筒，“让小林带两个人，伪装成药材商，走西边的隐秘山道，避开搜捕队的检查站。” 他反复叮嘱，“遇到破法镜检查，就说竹筒里是治疗瘴气的灵草，千万不能暴露密会的标记。”
小林是之前跟着石根传播知识的年轻弟子，虽只有炼气中期的修为，却异常机灵。他和两名同伴换上凡布麻衣，背着装满灵草的行囊，竹筒就藏在灵草最深处。刚走出黑风谷，就遇到护道联盟的搜查队。
“站住！干什么的？” 为首的修士举起破法镜，红光扫过三人的行囊，在竹筒位置停顿了一下。小林的心瞬间提到嗓子眼，他按照铁牛教的方法，悄悄注入一丝微弱的灵气，让竹筒表面的灵纹与灵草的灵气波动同步 —— 这是程明设计的反探测手段，能让密会物品 “融入” 周围环境。
破法镜的红光闪烁了几下，最终移开。“走吧，别在这逗留！” 修士不耐烦地挥手，目光仍在三人身上扫过，却没发现任何异常。小林强压着心跳，和同伴慢慢走出检查站，直到进入山林，才敢加快脚步，朝着青木门的方向奔去。