王仙芝的动摇，很快被黄巢察觉。黄巢当时正在城外训练士兵，听说裴渥要招安王仙芝，立即骑马赶到王仙芝的营帐。一进门，就看到王仙芝拿着裴渥的信，脸色犹豫。黄巢怒气冲冲地说：“大哥！我们当初在曹州歃血为盟，约定‘共破大唐，共享太平’，如今你却要独自接受招安，当朝廷的官，那我们这五万多兄弟怎么办？他们跟着你反唐，早已被官府列为‘叛贼’，你走了，他们难道等着被官军屠杀吗？”
王仙芝抬起头，看着黄巢，低声说：“贤弟，我也是为了兄弟们好。如今朝廷势大，我们长期作战，粮草不足，伤亡越来越多。我接受招安后，可以在朝廷中为兄弟们求情，让他们也能获得赦免，过上安稳日子。”
“安稳日子？”黄巢冷笑一声，上前一步，指着营帐外的士兵说：“大哥，你看看外面的兄弟们！他们有的家人被官府杀死，有的房子被烧毁，他们跟着你，是想推翻这个腐朽的朝廷，不是想当朝廷的官！你忘了官府是怎么对待百姓的吗？你忘了我们一路走来，多少兄弟战死沙场吗？去年在许昌，张二哥为了掩护大家撤退，被官军乱箭射死，他临死前还说‘一定要推翻唐朝’，你现在却要投降，对得起他吗？今日你若接受招安，便是背信弃义，我黄巢第一个不答应！”
两人争执不下，声音越来越大，营帐外的将领和士兵们也听到了动静，纷纷围了过来。起义军的将领们分成了两派：一部分出身私盐贩子、与王仙芝关系密切的将领，支持招安，认为“能当官总比当贼好”；另一部分出身农民的将领，则坚决反对，他们对官府恨之入骨，认为“招安是陷阱，官府绝不会放过我们”。一个叫李罕之的农民将领，跪在地上哭着说：“王大哥，我全家都被官府杀了，我跟着你就是为了报仇，你要是招安了，我活着还有什么意思？不如现在就杀了我！”
争执最终演变成冲突。黄巢见王仙芝还是犹豫，气得上前一步，一把揪住王仙芝的衣领，一拳打在他的脸上——这一拳打得很重，王仙芝的嘴角流出了血。“你醒醒！”黄巢嘶吼着，“朝廷要是真有诚意，怎么只给你一个官职，却不提兄弟们的死活？他们是想先稳住你，再趁机消灭我们！”
王仙芝被打醒了，他看着围拢过来的士兵，看着他们眼中的愤怒与失望，终于意识到：招安的路，走不通了。他若执意接受招安，不仅会失去黄巢这个盟友，还会导致起义军分裂，甚至被士兵们抛弃。无奈之下，王仙芝推开黄巢，擦了擦嘴角的血，对众人说：“兄弟们，我错了！我不该动摇，从今往后，我们继续反唐，不推翻这个腐朽的朝廷，绝不罢休！”
裴渥见招安失败，慌忙关闭城门，组织防守。起义军攻克蕲州后，裴渥逃往鄂州（今湖北武汉）。但经此一事，王仙芝与黄巢之间的裂痕已无法弥补——王仙芝的“动摇”，让黄巢失去了对他的信任；而黄巢的“强硬”，也让王仙芝觉得难以共事。乾符三年（876年）十二月，在攻克蕲州后不久，王仙芝与黄巢正式分兵：王仙芝率领三万余人，继续在湖北、河南一带活动，试图寻找新的招安机会；黄巢则率领两万余人，返回山东、安徽一带，坚持“反唐到底”。虽然两人仍约定“互为声援，互不攻击”，但起义军的核心力量已一分为二，这为后来王仙芝的失败埋下了隐患。
分兵后的王仙芝，虽然仍有一定实力，却失去了黄巢部的协同作战，逐渐陷入了孤军奋战的困境。他的战略目标也变得模糊：一方面，他仍希望通过战功迫使朝廷招安，因此不敢过于激进地进攻长安、洛阳等重镇；另一方面，他又要维持起义军的声势，不得不继续攻城略地，与官军对抗——这种“既想反唐，又想招安”的矛盾心态，让他在战场上屡屡错失良机。
乾符四年（877年）正月，王仙芝率领起义军进攻鄂州（今湖北武汉）。鄂州是长江中游的重镇，官军防守严密，守将是个叫刘巨容的将领，此人颇有军事才能，早已做好了防备。起义军久攻不下，伤亡惨重，有个叫王重隐的将领，是王仙芝的堂弟，在攻城时被箭射中，不治身亡。王仙芝悲痛不已，却还是下令撤退——他担心伤亡太多，会影响后续的招安谈判。
此时，黄巢部在山东攻克郓州（今山东东平），杀死郓州节度使薛崇，声威大震。官军主力被黄巢吸引，湖北一带的官军兵力空虚——这本是王仙芝扩大战果的好机会，手下的将领们也劝他：“大哥，如今湖北官军兵力少，我们不如趁机攻克荆州、襄阳，控制长江中游，到时候朝廷肯定会重视我们，招安的条件也会更好。”但王仙芝却摇了摇头，说：“不行，荆州、襄阳是朝廷的重镇，要是打下来，朝廷肯定会派兵围剿，到时候我们就麻烦了。”最终，他放弃了进攻鄂州，转而进攻黄州（今湖北黄冈）。黄州兵力薄弱，很快被攻克，但起义军也因此错过了“趁虚而入，控制长江中游”的最佳时机。
同年四月，王仙芝又率领起义军进攻荆南（今湖北江陵）。荆南是唐朝西南地区的军事重镇，节度使杨知温是个“只会读书、不懂军事”的文官，平日里只知道吟诗作对，根本不关心军务。城中守军仅有数千人，且大多是临时招募的百姓，缺乏训练。起义军抵达荆南后，很快攻破了外城，杨知温吓得躲在府衙里哭，连官服都来不及穿，还让手下人把自己藏在柜子里。
眼看荆南即将被攻克，王仙芝却再次犹豫——他担心攻克荆南后，朝廷会彻底放弃招安，转而派大军围剿。他对将领们说：“荆南是重镇，要是我们打下来，朝廷肯定会生气，到时候招安就更难了。不如我们先撤兵，再等等朝廷的消息。”将领们纷纷反对，李罕之说：“大哥，现在正是好机会，要是撤兵，以后就再也没有这样的机会了！”但王仙芝还是坚持撤兵，起义军将士们虽然不满，却也只能服从命令。
就在这犹豫的间隙，唐朝援军赶到了。荆南监军宦官杨复光，是个颇有军事才能的人，他早已向朝廷求援，此时，山南东道节度使李福率领的援军已抵达荆南城外。起义军腹背受敌，被迫撤退，荆南之战以失败告终。撤退途中，又遭到官军的追击，起义军伤亡数千人，粮草也损失殆尽。
荆南之战的失败，让起义军的士气大受打击，更糟糕的是，起义军内部的“投降派”开始抬头。一些将领见王仙芝“既不敢打硬仗，又无法实现招安”，便开始暗中与官军联络，寻求投降的机会。其中，起义军将领尚君长、蔡温球等人，偷偷派人与唐朝招讨副使杨复光接触，承诺“若能授予官职，愿率部投降”。杨复光是个聪明人，他知道王仙芝的起义军还有一定实力，要是能招降尚君长等人，就能瓦解起义军，于是便答应了他们的请求，准备上奏朝廷授予他们官职。
但此时，唐朝招讨使宋威却心生嫉妒——他担心杨复光抢了“招降起义军”的功劳，影响自己的地位。宋威一直看不起杨复光，觉得他是个宦官，不懂军事，如今见杨复光要立大功，便暗中派人在途中劫持了尚君长、蔡温球等人。随后，宋威向朝廷上奏，谎称“在战场上生擒尚君长、蔡温球，已将其斩首”，还把他们的首级送到长安示众。
尚君长的死，让起义军内部的投降派感到恐惧，也让王仙芝彻底看清了朝廷的“招安骗局”——朝廷根本没有诚意招安，只是想通过“招降”分化起义军，再将他们逐个消灭。此时的王仙芝，终于下定决心“反唐到底”，但为时已晚：起义军的士气已跌至谷底，兵力也因多次战败和投降而锐减，从最初的三万余人减少到不足一万。许多士兵看不到希望，纷纷逃离，有的甚至投降了官军。
乾符五年（878年）正月，唐朝招讨副使曾元裕率领官军主力，在黄梅（今湖北黄梅）追上了王仙芝的起义军。曾元裕是晚唐少有的“务实将领”，他不像宋威那样“贪功冒进”，而是采取“稳扎稳打，围而不攻”的战术。他先派轻骑兵切断了起义军的粮草供应，又在起义军的营地周围挖了壕沟，防止他们突围。起义军被困在营地中，没有粮食，只能吃树皮、草根，有的士兵甚至饿死。
正月初六，曾元裕见起义军已“粮草断绝，士气崩溃”，便下令发起总攻。官军分为三路，从东、南、北三个方向进攻起义军的营地，而西面则是波涛汹涌的长江，起义军已无退路。战斗打响后，起义军将士虽然拼死抵抗，但终究寡不敌众，且缺乏粮草，体力不支。李罕之率领一部分士兵冲向官军，却被箭射中，倒在地上，他挣扎着站起来，又杀死了几个官军，最后力竭而亡。
王仙芝亲自率领精锐部队冲锋，试图打开一条突围的道路。他手持长枪，杀死了数十名官军士兵，身上也多处受伤，鲜血染红了战袍。一个官军将领认出了他，大喊：“抓住王仙芝有赏！”顿时，无数官军围了过来，长枪、大刀纷纷向王仙芝刺去。王仙芝奋力抵挡，却还是被一把长枪刺穿了胸膛。他倒在地上，看着越来越近的官军，用尽最后一丝力气，喊道：“兄弟们，继续反唐，不要投降！”随后，便闭上了眼睛，年仅四十余岁。
官军杀死王仙芝后，割下他的首级，送往长安示众。唐僖宗得知王仙芝战死的消息后，大喜过望，下令“大赦天下，庆祝胜利”，还将曾元裕升任为招讨使，接替宋威。长安城内张灯结彩，官员们互相庆贺，仿佛已经平定了所有叛乱。但他们不知道，王仙芝虽然死了，他点燃的反唐星火，却并未熄灭。
起义军的残部，一部分溃散逃亡，一部分则辗转投奔了黄巢。他们将王仙芝的死讯告诉黄巢后，黄巢悲痛不已，下令为其哀悼三日。在哀悼仪式上，黄巢站在高台上，对众人说：“王大哥虽然死了，但他的志向还在！我们要继承他的遗志，继续反唐，直到推翻这个腐朽的朝廷，让天下百姓过上好日子！”随后，黄巢接过了王仙芝的反唐大旗，率领起义军继续抗争。后来，黄巢率领起义军转战南北，最终在广明元年（880年）攻克长安，推翻了唐僖宗的统治，建立了“大齐”政权，实现了王仙芝未竟的心愿。
王仙芝的起义，从乾符元年（874年）十一月举旗，到乾符五年（878年）正月战死，前后仅持续了四年，最终以失败告终。但这位“唐末农民起义的揭旗者”，却在中国历史上留下了深刻的印记。
他提出的“天补平均”口号，是中国农民起义思想的重大突破。在此之前，农民起义多以“反抗暴政”为目标，而王仙芝首次将“平均贫富”作为核心主张，直指封建社会的根本矛盾——贫富分化。这一口号不仅在当时点燃了底层百姓的反抗怒火，也为后来的农民起义提供了思想借鉴：南宋的钟相、杨幺起义提出“等贵贱，均贫富”，明末的李自成起义提出“均田免赋”，都能看到“天补平均”思想的影子。
他的起义揭开了唐末农民战争的序幕，动摇了唐朝的统治根基。虽然他本人战死，但他点燃的反唐星火，被黄巢继承并扩大，最终让唐朝走向灭亡。经过王仙芝、黄巢起义的打击，唐朝的统治已名存实亡：中央失去了对藩镇的控制，宦官与藩镇互相残杀，百姓流离失所，最终在天佑四年（907年），被朱温篡夺政权，唐朝灭亡。可以说，王仙芝的起义，是唐朝灭亡的“第一推动力”。
他的起义也沉重打击了晚唐的腐朽势力。起义军所到之处，杀死了大量贪官污吏、地主豪强，剥夺了他们的财产，将土地分给农民。这种“杀富济贫”的做法，在一定程度上缓解了晚唐的社会矛盾，也让统治阶级意识到“若不改革，必遭灭亡”——虽然唐朝最终未能改革，但这种冲击，为后来五代十国乃至宋朝的社会变革，埋下了伏笔。
当然，王仙芝的起义也存在明显的局限。他缺乏坚定的反唐意志，在招安问题上的动摇，导致起义军分裂，错失了推翻唐朝的最佳时机。起义军缺乏先进的组织制度，大多是“饥民聚集而成”，没有统一的纪律、统一的战略，作战多凭“一腔热血”，一旦遇到挫折，很容易溃散或投降。而且，起义军没有建立稳固的根据地，始终处于“流动作战”的状态，缺乏稳定的粮草供应，这也是他们最终失败的重要原因。
历史上对王仙芝的评价，历来存在争议。《旧唐书》《新唐书》等正史，将他称为“贼”“盗”，认为他的起义是“扰乱天下，导致生灵涂炭”；而近代以来的历史学家，如范文澜、翦伯赞等，则认为他是“伟大的农民起义领袖”，肯定他反抗腐朽统治、追求“平均”的进步意义。但无论如何，在晚唐那个黑暗的时代，王仙芝是第一个挺身而出的“揭旗者”，他为底层百姓发出了抗争的呼声，为后来的反抗者点燃了希望的火种。
如今，在王仙芝的故乡濮州，以及他战斗过的长垣、黄梅等地，民间仍流传着关于他的传说。在濮州，老人们会给孩子讲“王仙芝分粮救百姓”的故事，说他当年把官府的粮食分给饥民，自己却只吃粗粮；在黄梅，还有“王仙芝战死处”的遗迹，每年都有百姓去祭拜，献上鲜花和水果。这些传说与遗迹，或许没有正史记载的那么准确，却反映了百姓对这位“替天行道”者的记忆与敬意。
王仙芝虽死，但其精神永存。他用自己的生命，证明了“民可载舟，亦可覆舟”的真理——任何一个忽视底层百姓疾苦、腐朽残暴的政权，最终都会被人民所推翻。这一历史教训，至今仍具有深刻的现实意义，提醒着后世的统治者，要以民为本，关注百姓的需求，才能长治久安。