其五：治理台湾
施琅认为朝廷应该在台湾和澎湖驻军，并设立官员进行治理。
他一直将台湾和澎湖视为一个整体，坚决反对放弃台湾，也不赞同只守澎湖而弃台湾的观点。
他指出，如果仅仅守卫澎湖而放弃台湾，那么澎湖就会像孤悬在汪洋大海中的一片薄土，与台湾相隔甚远，且远离金门、厦门等地，这样怎么能不受制于人呢？
所以，守卫台湾才是巩固澎湖的根本所在。
施琅主张台湾和澎湖应该同时守卫，两者相互犄角，声气相通，一旦有需要，彼此之间的应援也会更加容易，这样才能保持安宁。
接着，施琅以一个历史见证者的身份，站在战略家的高度，以史为鉴，严肃地指出：“昔日郑成功之所以能够负隅顽抗，久久不降，就是因为他以台湾为老巢，以澎湖为门户，四通八达，让他可以随意游移肆虐。”
施琅从反面论述了留下澎湖就必须留下台湾的道理。
其六：治理方案。
在台湾设置一名总兵，一名水师副将，两名陆师参将，共计八千名士兵；在澎湖设置一名水师副将，两千名士兵。
如此一来，总共的兵力可达一万名，这样的兵力足以坚守台湾，而且无需额外增加兵力和军饷开支。
此外，对于防守的总兵、副将、参将、游击等官员，规定每三年或两年就转调至内地任职，避免他们长期在台湾任职，这将成为一项固定的制度。
施琅不仅对驻军的安排考虑得十分周全，他还对驻军与当地人民的关系进行了深思熟虑。
在他的奏疏中提到：“由于此地刚刚开辟，当地的正赋和杂饷都应该予以免除。
目前这一万名士兵的口粮，可以暂时全部由官府供给。
三年之后开始征收赋税，这些税收可以用来辅助军需。
这样做既可以寓兵于农，又能满足实际需求，还可以节省开支，不必完全依赖内地的物资转运。”
施琅因为曾经亲自到过台湾，并对南北两路进行过考察，所以他的这些设想非常全面且细致，可以说是深思熟虑后的结果。
这些设想为清廷治理台湾描绘了一幅详尽的蓝图，为后来的治理提供了重要的参考和指导。
其七：总结。
施琅深知天下形势的重要性，他认为在谋划天下局势时，必须追求万无一失。
台湾虽然是一个外岛，但实际上关系到四个省份的要害之处。
不能因为那里可以耕种，还能稍稍提供一些军粮，就认为可以考虑放弃。
即使台湾是一片不毛之地，必须依靠内地运送物资，也绝对不能将其舍弃。
施琅还结合了自清朝顺治十八年以来的情况，当时为了躲避贼寇的祸患，竟然将五个省份的边境地区都画出来进行迁移。
这种做法导致了一系列的积弊，他毫不顾忌地尖锐指出：
“以我朝的兵力，与前代相比，是何等的强盛。然而当时的封疆大臣们，却没有长远的治国方略，也没有立志消灭贼寇的决心。