直到顺治帝亲自执政后，才准许耿仲明的儿子耿继茂继承靖南王的爵位。
耿继茂出生于辽东地区，属于汉军正黄旗。
作为靖南王耿仲明的长子，他成为了清初三藩之一。
顺治六年，耿继茂跟随父亲耿仲明出征广东。
在战斗中，耿仲明不幸去世，但耿继茂接过了父亲的军队指挥权。
随后，他与平南王尚可喜一同征战，成功攻克了南雄、韶州、广州等地，并派遣军队平定了肇庆、罗定、高州、雷州等地区。
顺治八年四月，顺治帝下达命令，要求耿继茂继承父亲的靖南王爵位。
这个决定显示出顺治帝对耿继茂的认可和信任，同时也表明了耿氏家族在清朝政治中的重要地位。
耿继茂继续肩负着维护清朝统治和稳定南方局势的责任，为国家的统一和安宁做出了贡献。
顺治十年，潮州总兵郝尚久占据城池反叛，耿继茂同靖南将军喀喀木、丰顺总兵吴六奇进军围剿。
围困城市超过一个月，招安投降的贼将王立功使其成为内应，于是树立云梯登上城墙，歼灭贼人无数。
郝尚久投井而死，潮州以及饶平、揭阳、澄海、普宁等县全部平定。
顺治十一年，李定国侵扰高、雷、廉三府，进而围攻新会。
耿继茂和尚可喜以及靖南将军珠玛喇攻击并赶走了他，李定国逃到南宁据守，又侵犯横州。
耿继茂统领军队从梧州到横州，击退贼人，进而征讨南宁，李定国远远地逃窜了。
顺治十三年，起初耿继茂和尚可喜攻下广州。
顺治十七年七月，命令转移镇守福建。
当时郑成功占据金门岛，劫掠闽浙地区，耿继茂既然已经转移镇守，和总督李率泰共同谋划征伐剿灭，屡次上奏胜利的消息。
康熙元年，耿继茂侦知郑成功以狂疾死，其子郑锦自袭伪延平王，贼党嫌隙渐生，遵旨相机剿抚。
寻招降郑成功族兄、伪总管郑泰，郑泰遣伪中军杨来嘉赴漳州献其伪敕印。
郑成功弟郑世袭、伪都督郑赓、杨富、陈宗率伪官数百、兵众数千降。
康熙二年十月，耿继茂同李率泰督兵渡海，攻克厦门，贼众惊溃。
水师提督施琅以所募荷兰国夹板船邀击之，斩级千余，乘胜取浯屿、金门二岛。
郑锦与伪侯周全斌等遁走铜山，复纠贼众突犯云霄、陆鳌诸卫，总兵王进功率兵与战，斩杀过半，破贼巢於下蔡，逸贼悉堕水死。伪将张杰、吴盛率兵民来归。
康熙三年三月，耿继茂复与李率泰、王进功及海澄公黄梧统兵至八尺门，由海道拔铜山贼巢，郑锦集舰数十遁台湾，余贼或斩或降，获战舰军器无算。
捷闻得旨嘉奖，复加岁俸千两。
康熙十年正月，他如那风中残烛般，疏陈自己的病情已至危重，恳请以长子耿精忠代理藩务，此请犹如那久旱甘霖，得旨俞允。
可以说耿仲明和耿继茂二人，为大清统一中华，立下了汗马功劳。