废帝的舅舅、东阳太守王藻娶了宋世祖的女儿临川长公主。公主生性嫉妒，在废帝面前诬陷王藻。二十日，王藻被关进监狱处死。
会稽太守孔灵符，在所到之处都有政绩；但因得罪了亲近的大臣，这些大臣诬陷他，废帝派遣使者将孔灵符鞭打致死，还诛杀了他的两个儿子。
宁朔将军何迈，是何瑀的儿子，娶了废帝的姑姑新蔡长公主。废帝将新蔡长公主纳入后宫，封为谢贵嫔；没过多久，就谎称公主去世，又杀死一名宫女，送给何迈等人安葬，还举行了丧礼。二十一日，册封谢贵嫔为夫人，赐予她鸾车、龙旗，出入时实行警戒清道（如同帝王待遇）。何迈素来豪爽侠义，收养了许多敢死之士。他谋划趁废帝外出游玩时，废黜废帝，拥立晋安王刘子勋为帝。事情泄露，十一月初三，废帝亲自率军诛杀了何迈。
当初，沈庆之告发了颜师伯、柳元景的密谋后，便主动亲近废帝，多次直言劝谏，废帝渐渐感到不悦。沈庆之害怕招来祸患，便闭门不出，不接待宾客。他曾派身边的人范羡前往吏部尚书蔡兴宗的住所，蔡兴宗派范羡对沈庆之说：“您闭门拒绝宾客，是为了躲避那些纷纷扰扰的请托之人罢了。像我蔡兴宗，并不是有求于您的人，为什么要拒绝见面呢！”沈庆之让范羡邀请蔡兴宗前来。
蔡兴宗前往拜见沈庆之，趁机劝说他：“主上近来的所作所为，已经违背了人伦之道；指望他遵循道德、改正过错，已经没有希望了。如今主上所忌惮的，只有您一人；百姓们翘首以盼、所依赖的，也只有您一人而已。您威名素来显着，天下人都信服您。如今满朝上下人心惶惶，人人心怀恐惧。只要您一声令下，谁会不响应！如果您犹豫不决，想要坐观成败，不仅早晚都会招致祸患，天下人也会把重任归咎于您！我承蒙您的特殊眷顾，所以才敢直言相告，希望您仔细考虑这个计划。”沈庆之说：“我确实知道如今的忧患危险，连自己都难以保全，但我只能尽忠报国，始终如一，至于成败，就听天由命吧。加上我年老退休在家，兵力匮乏，即使想有所作为，也不可能成功。”蔡兴宗说：“如今心怀谋略、想要奋起反抗的人，并不是为了谋求功劳富贵，只是为了摆脱眼前的死亡威胁罢了！宫中的将帅，只等待外面的消息，只要有一人带头，局势立刻就能平定。况且您历经多朝统领军队，旧日的部下遍布宫廷和官府，受过您恩惠的人很多，沈修之等人都是您的宗族子弟，还担心他们不听从您的命令吗！而且您的门徒、亲信，都是三吴地区的勇士。殿中将军陆攸之，是您的同乡，如今前往东部讨伐盗贼，拥有大量铠甲兵器，还在青溪没有出发。您可以夺取他的兵器装备来配备自己的部下，让陆攸之率领军队作为先锋，我在尚书省，自然会率领百官按照前代的旧例，另选贤明之人来辅佐社稷，天下大事就能立刻平定。另外，朝廷的各种所作所为，民间都在传言您全都参与其中。您如今不做决断，必定会有先于您起事的人，到时候您也免不了被牵连的祸患。听说主上屡次驾临您的府第，酣醉停留；还听说他会屏退左右，独自进入您的内室；这是万世难逢的时机，不能错过啊！”沈庆之说：“感谢您的肺腑之言。但这是大事，不是我能做到的；如果灾祸降临，我只能以死尽忠罢了。”
青州刺史沈文秀，是沈庆之的侄子，即将前往镇所任职，率领部下驻扎在白下，也劝说沈庆之：“主上如此狂暴，祸乱不久就会发生，而我们一家深受他的宠信重用，天下人都认为我们与他同心。况且此人爱憎无常，猜忌残忍至极，无论我们进退，都难免遭遇不测之祸。如今凭借这支军队的力量，图谋除掉他易如反掌。机会难得，不可错失啊。”沈文秀反复劝说，甚至流下眼泪，沈庆之始终没有听从。沈文秀只好动身赴任。
废帝诛杀何迈后，预料沈庆之必定会入宫劝谏，便事先关闭了青溪的各座桥梁，阻止他入宫。沈庆之得知何迈被杀的消息后，果然前往宫中劝谏，因桥梁被断无法进入，只好返回。废帝于是派沈庆之的堂侄、直阁将军沈攸之赐给沈庆之毒药。沈庆之不肯饮用，沈攸之用被子将他闷死，当时沈庆之八十岁。沈庆之的儿子、侍中沈文叔想要逃亡，又担心像太宰刘义恭那样被肢解，便对弟弟中书郎沈文季说：“我能为父亲而死，你能为我们报仇。”于是喝下沈庆之剩下的毒药而死。弟弟秘书郎沈昭明也上吊自杀。沈文季挥刀骑马逃走，追兵不敢逼近，他这才得以幸免。废帝谎称沈庆之因病去世，追赠他为侍中、太尉，谥号忠武公，葬礼十分隆重。
领军将军王玄谟多次流泪劝谏废帝，认为他刑罚杀戮过于严苛，废帝大怒。王玄谟是资深将领，威名远扬，民间传言说他已经被诛杀。蔡兴宗曾经担任东阳太守，王玄谟的典签包法荣的家就在东阳，王玄谟派包法荣前往蔡兴宗处。蔡兴宗对包法荣说：“领军将军实在应当忧虑恐惧。”包法荣说：“领军将军近来几乎吃不下饭，夜里也睡不着觉，常常说逮捕他的人已经在门外，随时可能丧命。”蔡兴宗说：“领军将军既然忧虑恐惧，就应当谋划对策，怎么能坐以待毙呢！”于是派包法荣劝说王玄谟起兵反抗。王玄谟让包法荣推辞说：“这事也不容易办成，我一定会不泄露您的话。”
右卫将军刘道隆，受到废帝的宠信重用，专门掌管禁军。蔡兴宗曾经与他一起跟随废帝夜间外出，刘道隆从蔡兴宗的车后经过，蔡兴宗说：“刘君！近来想找个机会和你私下谈谈。”刘道隆明白他的意思，捏了捏蔡兴宗的手说：“蔡公不要多言！”
二十二日，废帝立路氏为皇后，路皇后是太皇太后弟弟路道庆的女儿。
废帝畏惧各位叔父，担心他们在外作乱，便将他们全都聚集到建康，拘禁在宫殿内，对他们随意殴打拖拽，这种行为简直毫无人性。湘东王刘彧、建安王刘休仁、山阳王刘休佑都身材肥壮，废帝做了竹笼，把他们装在里面称重。因为刘彧最胖，便称他为“猪王”；称刘休仁为“杀王”，刘休佑为“贼王”。由于这三位亲王年纪稍长，废帝尤其厌恶他们，常常把他们带在身边，寸步不离。东海王刘祎性情平庸低劣，被称为“驴王”；桂阳王刘休范、巴陵王刘休若年纪尚小，所以得以从容度日。废帝曾经用木槽盛放饭菜，里面混杂着杂物，在地上挖一个坑，灌满泥水，把刘彧脱光衣服放进坑里，让他用嘴就着木槽吃饭，以此取乐。前后有十多次想要杀死这三位亲王，刘休仁足智多谋，每次都用谈笑和谄媚的话语取悦废帝，这才得以拖延。
少府刘曚的妾即将临产，废帝把她接入后宫，打算等她生下男孩后，立为太子。刘彧曾经违背废帝的旨意，废帝把他脱光衣服，捆绑住手脚，用一根木棍贯穿身体，让人抬去交给太官，说：“今天杀猪！”刘休仁笑着说：“这头猪还不该死。”废帝问他原因，刘休仁说：“等皇太子出生后，再杀猪取它的肝肺做祭品。”废帝的怒气才消解，说：“暂且交给廷尉关押。”过了一夜，就把刘彧释放了。二十七日，刘曚的妾生下一个男孩，废帝称他为“皇子”，为此实行大赦，赐给身为父亲继承人的人爵位一级。
废帝又因为宋太祖、宋世祖在兄弟中都排行第三，而江州刺史晋安王刘子勋也排行第三，所以非常厌恶他。借着何迈谋反的事情，派身边的人朱景云送毒药赐刘子勋死。朱景云到达湓口后，就停止前进，不再前行了。刘子勋的典签谢道迈、主帅潘欣之、侍书褚灵嗣得知消息后，急忙报告给长史邓琬，哭着请求对策。邓琬说：“我本是南方的寒门士人，承蒙先帝的特殊恩宠，把爱子托付给我，我怎么能顾惜自家百口人的性命，必定以死报效先帝。年幼的君主昏庸残暴，国家危在旦夕，他虽然名义上是天子，实际上与独夫民贼无异。如今我就率领文武官员，径直前往京城，与各位公卿大臣一起，废黜昏君，拥立明君。”二十八日，邓琬宣称奉刘子勋的命令，下令所管辖的地区实行戒严。刘子勋身着军装走出处理政务的厅堂，召集僚属，让潘欣之口头宣布旨意。在座的人还没来得及回应，录事参军陶亮首先请求担任先锋，为国效命，众人都表示服从命令。于是任命陶亮为咨议参军，兼任中兵参军，总管军事；功曹张沈为咨议参军，负责建造战船；南阳太守沈怀宝、岷山太守薛常宝、彭泽令陈绍宗等人都担任将帅。起初，废帝命令荆州押解前军长史、荆州行事张悦到湓口，邓琬宣称奉刘子勋的命令，解开张悦的枷锁，用自己的车迎接他，任命他为司马。张悦是张畅的弟弟。邓琬和张悦两人共同掌管内外事务，派遣将军俞伯奇率领五百人驻守大雷，禁止商旅和公私使者通行。又派人向各郡征调民丁，收缴武器器械；十天之内，召集到铠甲士兵五千人，出兵驻守大雷，在长江两岸修筑营垒。又任命巴东、建平二郡太守孙冲之为咨议参军，兼任中兵参军，与陶亮一起统领前锋部队，向远近各地发布檄文。
二十八日，废帝召集各位妃嫔、公主排列在面前，强迫身边的人侮辱她们。南平王刘铄的妃子江氏不肯顺从，废帝大怒，杀死江氏的三个儿子南平王刘敬猷、庐陵王刘敬先、安南侯刘敬渊，鞭打江氏一百下。
在此之前，民间传言湘中地区会出天子，废帝打算南巡荆、湘二州，以压制这种不祥的预兆。第二天一早，他想先诛杀湘东王刘彧，然后出发。
起初，废帝杀死各位大臣后，担心部下图谋自己，因为直阁将军宗越、谭金、童太一、沈攸之等人勇猛有力，就把他们当作亲信，赏赐给他们美女、金银布帛，让他们的家中财物充盈。宗越等人长期在宫廷任职，众人都畏惧服从他们，他们也都为废帝尽力。废帝依仗他们的勇猛，行事更加无所顾忌，肆意胡作非为，朝廷内外动荡不安。身边的宿卫将士都有反叛之心，只是畏惧宗越等人，所以不敢发动罢了。当时三位亲王被长期囚禁，不知该如何是好。湘东王刘彧的主衣会稽人阮佃夫、内监吴兴人王道隆、学官令临淮人李道儿，与直阁将军柳光世，以及废帝身边的琅邪人淳于文祖等人，密谋刺杀废帝。废帝因为册立皇后的缘故，赐给各位亲王宦官，刘彧身边的钱蓝生也在其中，刘彧秘密让他监视废帝的一举一动。
在此之前，废帝游览华林园竹林堂，让宫女们脱光衣服相互追逐，有一人不肯服从命令，就把她杀了。夜里，废帝梦见在竹林堂，有一位女子骂他说：“你悖逆残暴，行事不合天道，明年就活不到秋收了！”废帝在宫中找到一个与梦中女子相貌相似的人，把她杀了。又梦见被杀死的女子骂他说：“我已经向上帝告状了！”于是巫师说竹林堂有鬼。当天下午，废帝出宫前往华林园，建安王刘休仁、山阳王刘休佑、会稽公主都跟随前往，只有湘东王刘彧被留在秘书省，没有被召见，因此他心中更加忧虑恐惧了。
废帝一向厌恶主衣吴兴人寿寂之，见到他就咬牙切齿。阮佃夫把刺杀废帝的密谋告诉了寿寂之，以及外监典事东阳人朱幼、细铠主南彭城人姜产之、细铠将晋陵人王敬则、中书舍人戴明宝。寿寂之等人听到后，都表示响应。朱幼预先部署好宫廷内外的人手，让钱蓝生秘密报告刘休仁、刘休佑。当时废帝打算南巡，亲信宗越等人都被允许出宫整理行装，只有队主樊僧整驻守华林阁。柳光世与樊僧整是同乡，趁机秘密邀请他加入，樊僧整当即答应。参与密谋的共有十多人。阮佃夫担心人手太少难以成功，想要再召集一些人，寿寂之说：“密谋的人多了可能会泄露计划，所以不用麻烦更多人。”当天晚上，废帝屏退所有侍卫，与一群巫师以及数百名彩女在竹林堂射鬼。事情结束后，就准备奏乐，就在这时，寿寂之突然抽出刀冲上前去，姜产之紧随其后，淳于文祖等人都跟着他们。刘休仁听到急促的脚步声，就对刘休佑说：“事情发动了！”随即，两人一起逃往景阳山。废帝看到寿寂之拿着刀冲了过来，就拉弓射箭想要射死他，但没有射中。彩女们都被吓得四散奔逃，废帝也转身逃跑，大声呼喊“寂寂”三次。寿寂之追上并杀死了他，然后向宿卫将士宣布命令说：“湘东王奉太皇太后的命令，铲除昏君，如今已经平定叛乱。”宫廷内外的人都惶恐不安，不知道该怎么办。
刘休仁前往秘书省拜见湘东王刘彧，当即向他称臣，引导他进入西堂，登上皇帝宝座，召见各位大臣。当时事情发生得十分仓促，刘彧甚至都来不及穿鞋，光着脚走到西堂，还戴着黑色的帽子。坐下后，刘休仁叫主衣给他换上白色的帽子，下令准备皇帝的仪仗。刘彧虽然还没有正式即位，但所有事务都以皇帝的名义发布命令施行。又宣布太皇太后的命令，列举废帝的罪行，命令湘东王继承皇位。不久，宗越等人才入宫，湘东王对他们安抚得十分优厚。废帝的同母弟弟、司徒、扬州刺史、豫章王刘子尚，顽劣悖逆，有他哥哥的作风。二十九日，湘东王以太皇太后的命令，赐刘子尚和会稽公主死。建安王刘休仁等人这才得以出宫居住。释放了被囚禁的谢庄。废帝的尸体还横在太医阁门口，蔡兴宗对尚书右仆射王彧说：“他虽然凶暴悖逆，但毕竟曾经是天下的君主，应当让他的丧礼大致完备；如果就这么放着，天下人必定会趁机发难。”于是将废帝安葬在秣陵县南部。
起初，湘东王的母亲沈婕妤早逝，路太后抚养他长大。湘东王侍奉路太后十分恭敬，路太后也非常疼爱他。湘东王杀死废帝后，想要安慰路太后的心，便下令任命路太后的侄子路休之为黄门侍郎，路茂之为中书侍郎。随后，就是论功行赏环节，寿寂之等十四人都被封为县侯、县子。
十二月初一，朝廷任命东海王刘祎为中书监、太尉。晋升镇军将军、江州刺史晋安王刘子勋为车骑将军、开府仪同三司。初四，任命建安王刘休仁为司徒、尚书令、扬州刺史，山阳王刘休佑为荆州刺史，桂阳王刘休范为南徐州刺史。初六，改封安陆王刘子绥为江夏王。
初七，湘东王正式即位为皇帝，实行大赦，改年号为泰始。废帝在位时制定的荒谬制度和不当封赏，全部予以废除。
十一日，任命右卫将军刘道隆为中护军。刘道隆曾经亲近废帝，还对建安太妃有过无礼行为；到这时，建安王刘休仁请求辞职，明帝于是赐刘道隆死。
宗越、谭金、童太一等人虽然受到明帝的安抚，但内心仍然不安；明帝也不想让他们留在宫中，便从容地对他们说：“你们遭遇残暴的朝廷，长期辛劳，应当得到一个休养的地方；无论兵马众多的大郡，还是其他地方，都任由你们选择。”宗越等人本来就心存疑虑，听到这话后，都面面相觑，大惊失色，于是密谋作乱；他们把计划告诉了沈攸之，沈攸之向明帝告发了此事。明帝逮捕了宗越等人，将他们关进监狱处死。沈攸之重新担任直阁将军。
十二日，朝廷改封临贺王刘子产为南平王，晋熙王刘子舆为庐陵王。
十三日，任命尚书右仆射王景文为尚书仆射。王景文就是王彧，为了避明帝的名讳，用表字行世。
十六日，追尊沈太妃为宣太后，陵墓名为崇宁陵。
起初，豫州刺史山阳王刘休佑入朝，任命长史、南梁郡太守陈郡人殷琰代理府州事务。等到刘休佑改任荆州刺史后，就任命殷琰为督豫、司二州诸军事、豫州刺史。
有关部门上奏说，路太后应当沿用以前的封号，移居到外宫；明帝没有同意。十九日，尊路太后为崇宪皇太后，居住在崇宪宫，供奉的礼仪与过去一样。立妃子王氏为皇后，王皇后是王景文的妹妹。
接着，又废除二铢钱，禁止使用鹅眼钱、綖环钱，其余的钱币都可以通行。
江州的官员收到明帝下达的命令书后，都很高兴，一起去拜见邓琬，说：“暴乱已经消除，殿下又被授予开府仪同三司的职位，实在是公私两方面的大喜事。”邓琬因为晋安王刘子勋在兄弟中排行第三，又认为寻阳起兵与宋世祖当年的情况相同，认为事情必定会成功，于是把命令书扔在地上说：“殿下应当打开端门（皇宫正门）登基称帝，开府仪同三司这种职位，只是我们这些人该做的事罢了！”众人听后都十分惊愕。邓琬又与陶亮等人修缮武器铠甲，向四方征兵。
袁顗到达襄阳后，立即与咨议参军刘胡修缮兵器，挑选聚集士兵，谎称奉太皇太后的命令，让他们起兵，随即竖起军旗，发布檄文，上奏表劝刘子勋登基称帝。
二十四日，明帝改任山阳王刘休佑为江州刺史，荆州刺史临海王刘子顼仍然留任原职。
在此之前，废帝任命邵陵王刘子元为湘州刺史，中兵参军沈仲玉为道路行事，他们到达鹊头时，听说寻阳起兵，就不敢再继续前进了。邓琬派遣数百人劫持迎接他们，让刘子勋在桑尾竖起军旗，向建康发布檄文，还声称：“我立志遵循古代的典章制度，废黜昏庸，拥立贤明。”又指责明帝“杀害贤良，篡夺皇位，扰乱皇室辈分，残害我的兄弟。我兄弟中尚且存活的还有十三人，先帝的神灵有何罪过，竟然得不到祭祀。”
郢州刺史安陆王刘子绥接到刘子勋最初的檄文后，想要进攻废帝；听说废帝已经死亡，便立即解除武装，取消戒严。不久后得知江州、雍州仍然在整顿军队，郢州府行事苟卞之非常害怕，当即派遣咨议、领中兵参军郑景玄率领军队火速东下，并运送军粮。荆州行事孔道存拥戴刺史临海王刘子顼，会稽的将领僚属拥戴太守寻阳王刘子房，都起兵响应刘子勋。