三月癸丑日，晋愍帝遇害的消息传到建康，晋王（司马睿）穿着丧服住在守丧的庐屋里。百官请求晋王称帝，晋王不答应。纪瞻说：“晋朝的皇统中断到现在已经两年了，陛下应当继承大业；看看宗室中，还有谁能与您谦让！如果您登上皇位，那么神灵和百姓就有了依靠；如果违背天时、不顺人心，大势一旦失去，就再也回不来了。如今两京被焚毁，宗庙无人主持，刘聪在西北盗用帝号，而陛下却在东南一再谦让，这就像是拱手作揖去救火啊。”晋王还是不答应，让殿中将军韩绩撤去御座。纪瞻呵斥韩绩说：“皇帝的座位上应列星，敢动的人斩首！”晋王脸色为之一变。
奉朝请周嵩上疏说：“古代的帝王，道义完备后才夺取天下，谦让完成后才得到帝位，因此能长久在位，光辉流传万代。如今先帝的棺木还没运回，旧都还没肃清，忠义之人痛哭流涕，士人百姓惶恐不安。应当广开言路采纳好的谋略，训练士兵磨砺兵器，先洗雪国家的大耻，满足天下人的期望，到那时帝位自然就会安稳了！”周嵩因此违背了晋王的心意，被外调为新安太守，又因心怀不满而获罪。周嵩是周顗的弟弟。
丙辰日，晋王（司马睿）即位称帝，百官都陪立两旁。元帝（司马睿）让王导登上御床与自己同坐，王导坚决推辞说：“如果太阳和万物等同，百姓怎么能得到照耀呢？”元帝这才作罢。随后大赦天下，改年号，文武官员都晋升两级爵位。元帝想赏赐那些投递名帖劝进的官吏每人晋升一级爵位，百姓投递名帖的都授予官职，总计有二十多万人。散骑常侍熊远说：“陛下顺应天命继承皇位，天下人都归附拥戴，难道只是亲近的人情意重，疏远的人情意轻吗！不如依照汉朝的法令普遍赏赐天下人爵位，这样恩德更为普遍，还能省去核查的麻烦，堵塞投机取巧的途径。”但元帝没有听从。
庚午日，立王太子司马绍为皇太子。太子仁义孝顺，喜好文辞，擅长武艺，喜爱贤才礼遇士人，能接受规劝，与庾亮、温峤等人有平民般的交情。庾亮风度严肃庄重，善于谈论老子、庄子的学说，元帝非常器重他，聘娶庾亮的妹妹为太子妃。元帝任命贺循兼任太子太傅，周顗为少傅，庾亮以中书郎的身份在东宫侍讲。元帝喜好刑名之学，把《韩非子》一书赐给太子。庾亮劝谏说：“申不害、韩非的学说刻薄，会伤害教化，不值得留在圣明的心中。”太子接受了他的意见。
元帝再次派遣使者授予慕容廆龙骧将军、大单于、昌黎公的职位，慕容廆推辞公爵不肯接受。慕容廆任命游邃为龙骧长史，刘翔为主簿，让游邃制定官府的礼仪制度。裴嶷对慕容廆说：“晋室衰败，偏安江南，声威和恩德不能传到远方，中原的战乱，除了您没有人能拯救。如今各部族虽然各自拥有军队，但都是些顽劣愚昧的人聚集在一起，应当逐渐吞并他们，作为向西讨伐的资本。”慕容廆说：“您的话意义重大，可这不是我能做到的。但您是朝中有名望的贤德之人，不因为我孤陋寡闻而肯教导我，这是上天把您赐给我来保佑我的国家啊。”于是任命裴嶷为长史，把军政大事的谋划都托付给他；对那些弱小的部族，逐渐加以攻取。
这时，李矩派郭默、郭诵救援赵固，驻扎在洛水入黄河处。郭诵暗中派遣部将耿稚等人连夜渡过黄河袭击汉军军营，汉国的贝丘王翼光侦察到了这件事，把它告诉了太子刘粲，请求做好防备。刘粲说：“他们听说赵固战败，自保都来不及，怎么敢到这里来呢！不要惊动将士！”不久，耿稚等人突然到达，分十路进攻，刘粲的部众惊慌溃散，死伤过半，刘粲逃到阳乡据守。耿稚等人占据了汉军的军营，缴获的器械、军资数不胜数。到了天亮，刘粲见耿稚等人兵力少，又与刘雅生收集残余部众攻打他们，汉主刘聪派太尉范隆率领骑兵援助，与耿稚等人相持，苦战二十多天，终不能攻克。李矩进军救援，汉军在黄河边据守，李矩的军队无法渡过黄河。耿稚等人杀掉缴获的牛马，焚毁军资，突围投奔虎牢。随后，朝廷下诏任命李矩都督河南三郡诸军事。
汉国的螽斯则百堂发生火灾，烧死了汉主刘聪的儿子会稽王刘康等二十一人。
接着，刘聪任命他的儿子济南王刘骥为大将军、都督中外诸军事、录尚书事，齐王刘劢为大司徒。
这时，焦嵩、陈安起兵进逼上邽，相国司马保派使者向张寔告急，张寔派遣金城太守窦涛率领二万步兵骑兵前去救援。军队到达新阳时，听说晋愍帝已死，司马保就谋划称帝。破羌都尉张诰对张寔说：“南阳王司马保是皇室的远亲，忘记国家大耻却急于称帝，必定不能成功。晋王是近亲，且有贤名德行，应当率领天下人拥戴他。”张寔听从了他的建议，于是派遣牙门蔡忠奉表前往建康；等到达时，元帝已经即位。张寔不使用江东的年号，仍然沿用建兴。
夏季，四月丁丑朔日，发生日食。
元帝加授王敦为江州牧，王导为骠骑大将军、开府仪同三司。王导派遣八部从事巡视扬州各郡国，回来后，同时召见他们。各位从事分别陈述郡守县令的得失，唯独顾和没有说话。王导问他，顾和说：“明公担任辅佐大臣，宁可让网漏吞舟之鱼，为何要收集传闻，以苛察为政呢！”王导赞叹称好。顾和是顾荣的族子。
本年，成汉丞相范长生去世，成汉主李雄任命范长生的儿子侍中范贲为丞相。范长生学识渊博，多才多艺，年近百岁，蜀地人奉他如神。
汉国中常侍王沈的养女容貌美丽，汉主刘聪立她为左皇后。尚书令王鉴、中书监崔懿之、中书令曹恂劝谏说：“臣听说帝王立皇后，要与乾坤之德相配，生前承奉宗庙，死后配祭后土。必须选择世代有德的名门望族，娴静贤淑的女子，才能符合天下人的期望，满足神灵的心意。汉成帝立赵飞燕为皇后，导致子嗣断绝，国家成为废墟，这是前车之鉴。自麟嘉年间以来，中宫的位置，不按德行选任。假使王沈的亲侄女，出身于受过刑罚的卑微之家，尚且不能玷污后宫，何况是他家的婢女呢！六宫妃嫔，都是公侯的子女，怎能突然让婢女做她们的主人！臣担心这不是国家的福气。”刘聪听后大怒，派中常侍宣怀对太子刘粲说：“王鉴等小子，狂言侮辱，毫无君臣上下之礼，赶快审查治罪！”于是逮捕王鉴等人押到街市，全部斩首。金紫光禄大夫王延骑马赶来劝谏，守门人不让他进去。王鉴等人临刑时，王沈用杖敲击他们说：“庸奴，还能作恶吗！老子与你们有什么关系！”王鉴瞪着眼睛呵斥他说：“小子，灭亡大汉的，正是因为你们这些鼠辈和靳准！我定会在先帝面前控告你们，到地下再整治你们。”靳准对王鉴说：“我受诏逮捕你，有什么不对，你说汉国灭亡是因为我！”王鉴说：“你杀死皇太弟，让主上落下不友爱兄弟的名声。国家豢养你们这类人，怎能不灭亡！”崔懿之对靳准说：“你的心像枭獍一样狠毒，必定成为国家的祸患，你既然吃人，别人也终将吃掉你。”接着，刘聪又立宣怀的养女为中皇后。
此时，司徒荀组在许昌，受石勒逼迫，率领部属数百人渡江。元帝下诏让荀组与太保西阳王司马羕一同录尚书事。
段匹磾前去奔段疾陆眷之丧时，刘琨派他的世子刘群护送。段匹磾战败，刘群被段末柸俘获。段末柸以厚礼相待，许诺让刘琨担任幽州刺史，想与他一起袭击段匹磾，秘密派使者携带刘群的书信，请求刘琨作内应，结果被段匹磾的巡逻骑兵截获。当时刘琨另外屯驻在征北小城，所以不知情，前来拜见段匹磾。段匹磾把刘群的书信拿给刘琨看，说：“我心里并不怀疑您，所以告诉您。”刘琨说：“我与您结盟，希望能洗刷国家的耻辱，倘若小儿的书信真的送到，我也终究不会因一个儿子的缘故辜负您而背弃道义。”段匹磾一向敬重刘琨，起初没有害他的意思，打算让他返回屯驻地。他的弟弟段叔军对段匹磾说：“我们是胡人；之所以能让晋人服从，是因为他们畏惧我们人多。如今我们骨肉离散，这正是他们图谋我们的时机；如果有人拥戴刘琨起兵，我们种族就会灭绝。”段匹磾于是扣留了刘琨。代郡太守辟闾嵩、后将军韩据又暗中谋划袭击段匹磾，结果事情泄露，段匹磾拘捕辟闾嵩、韩据及其党羽，将他们全部诛杀。五月癸丑日，段匹磾声称奉诏逮捕刘琨，将他缢杀，同时杀死他的子侄四人。刘琨的从事中郎卢谌、崔悦等人率领刘琨的残余部众投奔辽西，依附段末柸，尊奉刘群为主；将佐大多投奔石勒。崔悦是崔林的曾孙。朝廷因段匹磾还强大，希望他能平定河朔，于是不为刘琨举哀。温峤上表说：“刘琨尽忠皇室，现在家破人亡，应当加以褒奖抚恤。”卢谌、崔悦通过段末柸的使者，也上表为刘琨诉冤。几年后，才追赠刘琨为太尉、侍中，谥号愍。此后夷人、晋人因刘琨之死，都不归附段匹磾。段末柸派他的弟弟攻打段匹磾，段匹磾率领数千部众准备投奔邵续，石勒的部将石越在盐山截击，大败段匹磾，段匹磾又返回据守蓟城。段末柸自称幽州刺史。
起初，温峤为刘琨送表文去建康，他的母亲崔氏坚决阻止，温峤扯断衣襟（表示决绝）后离去。到了建康，他多次请求回去复命，可朝廷不允许。恰逢刘琨去世，朝廷任命他为散骑侍郎。温峤得知母亲去世，因战乱阻隔无法奔丧、送葬，坚决辞让不接受官职，苦苦请求北归。皇帝下诏说：“凡是行礼，应当让道理能说得通。如今桀骜的逆贼还没被消灭，各路军队奉迎先帝棺木还没能前进，温峤仅凭一人之力，怎能兼顾自家私事而不听从王命呢！”温峤不得已接受了任命。
起初，曹嶷占据青州后，就背叛汉国前来投降东晋。又因为建康遥远，势力援助接不上，又与石勒勾结，石勒任命曹嶷为东州大将军、青州牧，封琅邪公。
六月甲申日，朝廷任命刁协为尚书令，荀崧为左仆射。刁协性格刚猛，与他人多有冲突，和侍中刘隗一起被皇帝宠信；他们想矫正时弊，常常抬高皇权、抑制臣下，排斥豪强，因此被王氏家族忌恨，各种苛刻琐碎的政令，都说是刘隗、刁协制定的。刁协还借着酒劲放肆无礼，凌辱公卿，见到他的人都侧目而视，心怀畏惧。
戊戌日，封皇子司马曦为武陵王。
这时，刘虎从朔方侵犯拓跋郁律的西部。秋季七月，拓跋郁律进攻刘虎，大败敌军。刘虎逃到塞外，堂弟刘路孤率领部落投降拓跋郁律。于是拓跋郁律向西夺取乌孙旧地，向东兼并勿吉以西地区，兵马精锐强盛，在北方称雄。
此时，汉主刘聪病重，征召大司马刘曜为丞相，石勒为大将军，都隶属于尚书省，接受遗诏辅佐朝政。刘曜、石勒坚决推辞。于是任命刘曜为丞相、领雍州牧，石勒为大将军、领幽、冀二州牧，石勒推辞不接受。又任命上洛王刘景为太宰，济南王刘骥为大司马，昌国公刘顗为太师，朱纪为太傅，呼延晏为太保，都录尚书事；范隆代理尚书令、仪同三司，靳准为大司空、领司隶校尉，都轮流决断尚书省的奏事。癸亥日，刘聪去世。甲子日，太子刘粲即位。尊皇后靳氏为皇太后，樊氏称弘道皇后，武氏称弘德皇后，王氏称弘孝皇后；立他的妻子靳氏为皇后，儿子刘元公为太子。随后大赦天下，改年号为汉昌。将刘聪葬在宣光陵，谥号昭武皇帝，庙号烈宗。靳太后等人都不满二十岁，刘粲对她们多有非礼之举，毫无悲伤之情。
靳准暗中有篡逆之心，私下对刘粲说：“听说各位大臣想做伊尹、霍光那样的事，先诛杀太保和我，让大司马总揽朝政，陛下应当早做打算！”可刘粲不听。靳准害怕灾祸上身，又让两位靳氏皇后劝说，刘粲才听从。于是逮捕了太宰刘景、大司马刘骥、刘骥同母弟车骑大将军吴王刘逞、太师刘顗、大司徒齐王刘劢，全部处死。朱纪、范隆逃奔长安。八月，刘粲在上林苑练兵，谋划讨伐石勒。任命丞相刘曜为相国、都督中外诸军事，仍镇守长安；靳准为大将军、录尚书事。刘粲常常在后宫游玩宴饮，军政大事全由靳准决断。靳准假传诏令任命堂弟靳明为车骑将军，靳康为卫将军。
靳准将要作乱，就去与王延商议。可王延不同意，骑马想去告发，半路遇到靳康，被劫持回去。靳准于是率兵登上光极殿，让武士逮捕刘粲，历数罪状后将其杀死，谥号隐帝。刘氏家族的男女，无论老少都在东市斩首。又掘开永光陵、宣光陵，斩碎刘聪的尸体，焚烧汉国宗庙。靳准自称大将军、汉天王，行使皇帝权力，设置百官，又对安定人胡嵩说：“自古以来没有胡人做天子的，现在把传国玉玺交给你，还归晋朝。”胡嵩不敢接受，靳准发怒，于是杀了他。随后派遣使者告诉司州刺史李矩说：“刘渊是屠各小丑，趁晋朝战乱，假称天命，使两位皇帝被囚禁而死。我就率领部众扶侍先帝棺木，请求上报朝廷。”李矩迅速向皇帝上表，皇帝派遣太常韩胤等人奉迎棺木。汉国尚书北宫纯等人召集晋人，在东宫筑堡垒坚守，结果被靳康攻破消灭。靳准想任命王延为左光禄大夫，王延骂道：“屠各逆奴，为什么不快点杀我！把我的左眼放在西阳门，看相国进城；右眼放在建春门，看大将军进城！”靳准于是杀了他。
相国刘曜听说平阳发生叛乱，就从长安率军前往。石勒率领五万精锐士兵讨伐靳准，占据襄陵以北的高地。靳准多次挑战，石勒坚守营垒以挫其锐气。冬季十月，刘曜到达赤壁。太保呼延晏等人从平阳前来归附，与太傅朱纪等人共同奉上皇帝尊号。刘曜即位称帝，大赦天下，只有靳准一族不在赦免之列。改年号为光初。任命朱纪兼任司徒，呼延晏兼任司空，太尉范隆以下官员全部恢复原职。任命石勒为大司马、大将军，加授九锡，增加封邑十郡，进爵为赵公。
石勒向平阳的靳准发起进攻，巴人及羌人、羯人投降的有十多万部落，石勒把他们都迁徙到自己管辖的郡县。汉主刘曜派征北将军刘雅、镇北将军刘策屯驻汾阴，与石勒共同讨伐靳准。
十一月乙卯日，夜里出现太阳，高三丈。
随后，朝廷下诏任命王敦为荆州牧，加授陶侃为都督交州诸军事。王敦坚决辞让州牧之职，朝廷于是同意他担任刺史。
庚申日，诏令公卿百官各自陈述政务得失。御史中丞熊远上疏认为：“胡贼扰乱华夏，先帝棺木尚未运回，却不能派遣军队进军讨伐，这是第一失；众官员不把未报仇敌之仇当作耻辱，只追求嬉戏宴饮，这是第二失；选拔任用官员，不考察实际德行，只看重虚名，不寻求才干，只讲人情请托，当官的把治理政事看作俗吏所为，把遵守法令看作苛刻，把尽礼看作谄媚，把从容看作高妙，把放荡看作达士，把傲慢看作简雅，这是第三失；世间所厌恶的人，沉沦底层；时人所称赞的人，翱翔云霄。因此国家政务未能整顿，风俗虚伪浅薄。朝廷各部门，把顺从看作美德，把不同意见视为过失，怎能指望朝廷有敢于争辩的大臣，士人有当官任职的志向呢！古代选取士人，要通过陈奏言论来考察；如今光禄勋不举行考试，严重违背古义。另外推举贤才不出自世家大族，施行法令不涉及权贵，因此有才能的人不能成事，奸邪之人得不到惩罚。如果这种做法不改变，想挽救危乱，太难了！”
此前，元帝因处于战乱流离之际，想安慰人心，各州郡的秀才、孝廉到来后，不举行考试，普遍都任命为官吏。尚书陈頵也上书说：“应当逐渐遵循旧制，用经策考试。”元帝听从了他的建议，还下诏：“考试不合格的，刺史、太守免官。”于是秀才、孝廉都不敢前来，即使有到来的，也都托病推辞，连续三年没有参加考试的人。元帝想特别任命已到的孝廉为官，尚书郎孔坦上奏议认为：“近处的郡因害怕连累长官，都不敢前来；远处的郡希望不考试，冒昧前来。如今如果偏祖任命他们，这是让谨身守法的人失去机会，让侥幸钻营的人得到官职，败坏国家风气、损害朝廷教化，恐怕从此开始。不如全部让他们回去，为他们延期，让他们求学，这样法令就公平而有信用了。”元帝听从了他的建议，允许孝廉推迟到第七年再参加考试。孔坦是孔愉的侄子。
靳准派侍中卜泰送上传国车驾、服饰器物，向石勒请求讲和，石勒囚禁卜泰，送到汉主刘曜那里。刘曜对卜泰说：“先帝晚年，确实扰乱人伦。司空行使伊尹、霍光那样的权力，使我能有今天，功劳很大。如果早日迎接我，我会把政事全部委托给他，何况免除死罪呢！你为我进城，详细说明这个意思。”卜泰回到平阳，靳准因自己杀了刘曜的母亲和兄弟，犹豫不决没有听从。十二月，左、右车骑将军乔泰、王腾、卫将军靳康等人一起杀死靳准，推举尚书令靳明为主，派卜泰奉持传国六玺向汉国投降。石勒大怒，进军攻打靳明；靳明出战，大败，于是环城固守。
丁丑日，封皇子司马焕为琅邪王。司马焕是郑夫人的儿子，已两岁，元帝非常喜爱他，因他病重，所以封他为王。己卯日，司马焕去世。元帝用成人的礼仪安葬他，准备了吉凶仪服，营建园陵，耗费的人力财力很多。琅邪国右常侍会稽人孙霄上疏劝谏说：“古代饥荒之年还要简化礼仪，何况如今天下丧乱，遵循旧制，更应节省。而礼仪典籍中没有的礼仪，反而如此隆重修饰！竭尽疲惫的百姓，去做无益的事情，耗尽困乏的财力，去花在无用的费用上，这是我所不安的。”但元帝不听。
这时，彭城内史周抚杀死沛国内史周默，率领部众投降石勒。朝廷下诏让下邳内史刘遐兼任彭城内史，与徐州刺史蔡豹、泰山太守徐龛共同讨伐他。蔡豹是蔡质的玄孙。
此时，石虎率领幽、冀二州的军队会合石勒攻打平阳，靳明多次战败，派使者向汉国求救。汉主刘曜派刘雅、刘策迎接他，靳明率领平阳的男女一万五千人投奔汉国。刘曜向西屯驻粟邑，收捕靳氏家族男女，无论老少全部斩首。刘曜从平阳迎回母亲胡氏的灵柩，安葬在粟邑，号称阳陵，谥号宣明皇太后。石勒焚烧平阳的宫室，派裴宪、石会修复永光、宣光二陵，收殓汉主刘粲以下一百多人的尸骨安葬，设置戍守后返回。
这时，成汉梁州刺史李凤多次立功，成汉主李雄兄长的儿子李稚在晋寿，非常忌恨他。李凤占据巴西叛乱，李雄亲自到涪城，派太傅李骧讨伐李凤，并将他斩杀；随后任命李寿为前将军，都督巴西军事。