秋季七月，京师发生了严重的旱灾，很多老百姓日子过得苦不堪言。
西域都护班超把龟兹、鄯善等八个国家的军队召集起来，凑了七万多人，然后带着他们浩浩荡荡的去攻打焉耆。大军开到焉耆城下后，班超就用计把焉耆王广、尉犁王泛等人骗到陈睦故城，然后把他们杀了，还把他们的脑袋送到京城去。之后，班超的军队就在城里大肆抢掠，杀了五千多当地人，俘虏了一万五千人，又重新立焉耆左侯元孟当焉耆王。班超在焉耆待了半年，还安抚当地的老百姓。从这以后，西域五十多个国家都给汉朝送质子表示臣服，哪怕是离得特别远、在四万里之外、中间得靠翻译才能沟通的国家，也都来给汉朝进贡。
南匈奴的单于师子刚当上老大，就有五六百个投降过来的胡人趁着晚上偷袭他。安集掾王恬就带着卫士跟这些胡人打了一仗，最后把他们打败了。但是他们这一打，可让那些投降的胡人心里慌了，结果十五个部落、二十多万人一股脑儿全造反了。他们逼着前单于屯屠何的儿子薁鞮日逐王逢侯当新单于，一路上杀人放火，还把官吏百姓杀了，邮亭、帐篷也烧了，带着财物往朔方跑，想穿过大沙漠逃到北边去。
九月癸丑那天，汉和帝刘让光禄勋邓鸿代理车骑将军的职位，让他带着越骑校尉冯柱、代理度辽将军朱徽，领着左右羽林军、北军五校的士兵，还有各郡国擅长射箭的人、边疆的守兵，同时让乌桓校尉任尚带着乌桓、鲜卑的军队，总共四万人去攻打逢侯。那时候，南单于和中郎将杜崇在牧师城驻守，结果被逢侯带着一万多骑兵给包围了。到了冬天十一月，邓鸿他们的军队就赶到了美稷这个地方，逢侯一看形势不妙，就撤了围，并往满夷谷跑去。南单于就派自己的儿子带着一万骑兵，再加上杜崇的四千骑兵，跟邓鸿他们一起追击逢侯，一直追到大城塞，最终杀了四千多叛军。任尚则是带着鲜卑、乌桓的军队在满夷谷拦住了逢侯，又把逢侯打得大败。这几仗打下来，一共杀了一万七千多叛军。最后逢侯带着剩下的残兵败将逃到塞外去了，汉军眼看追不上了，就收兵回去了。
大司农陈宠被朝廷任命为廷尉，负责司法审判工作。陈宠这人天性善良宽厚，在审理那些复杂难断的案子时，经常引用古代经典里的道理，尽量从轻发落。在他的努力下，之前司法审判中那种严厉苛刻、动不动就重罚的风气好了很多。
此时的皇帝想让江夏人、当时担任尚书令的黄香去当东郡太守，管理地方事务。但黄香拒绝了，他跟皇帝说：“我真不擅长管理一郡之地、处理地方政务，还是希望您能让我留在朝廷，给我个不太忙的闲职，或者安排个能监督、责罚小事情的职位就行，让我留在宫里处理些琐碎的工作。”皇帝看黄香这么诚恳，就答应了他的请求，让他继续当尚书令，还给他涨了工资，提到了二千石的级别，对他是越发亲近、看重了。黄香也没辜负皇帝的信任，工作特别努力，对待公事就像操持自家家务一样上心。
公元95年春天正月，邓鸿等人带着讨伐叛军的军队回朝了，冯柱则是率领虎牙营留在五原驻守。邓鸿因为行军时磨磨蹭蹭、耽误了战机，回来就被关进了监狱，最后被处死。后来皇帝发现，朱徽和杜崇不仅没能跟胡人搞好关系，还拦着胡人不让他们向朝廷上书沟通，这才导致胡人反叛，于是就把朱徽和杜崇召回，也关进监狱处死了。
夏天四月，天空出现日食现象。
秋天七月，易阳这个地方的地面裂开了。
九月，京城发生了地震。
乐成王刘党因为杀了人，所以被削去东光、鄡这两个县的封地。
公元96年春天二月，皇帝把贵人阴氏立为皇后，阴皇后是阴识的曾孙女。
夏天四月，乐成靖王刘党去世。他的儿子哀王刘崇继承王位，但没过多久也死了，而且没留下子嗣，于是乐成国的封国就被废除了。
五月，河内和陈留这两个地方闹起了蝗灾，蝗虫把庄稼都祸害了，老百姓又没了收成，要饿肚子了。
此时的南匈奴右温禺犊王乌居战反叛了，带人逃出了边塞。 秋天七月 ，度辽将军庞奋和越骑校尉冯柱就带兵前去追击，最终打败了乌居战，还把乌居战剩下的人马以及投降的两万多胡人，都迁移到安定和北地这两个地方。
随后，东师后部王涿鞮发动叛乱，带兵去攻打东师前王尉毕大，还抓走了尉毕大的老婆孩子。
九月，京城又闹起了蝗灾。
冬天十月，北海王刘威被查出不是敬王的亲生儿子，还犯了诽谤罪，最后自杀了。
十二月，陈敬王刘羡去世。过了几天，南宫的宣室殿突然着火了。
就在这时，护羌校尉贯友去世了，朝廷就派汉阳太守史充接替他的职位。史充一到任，就马上调动湟中的羌人和胡人，让他们出塞去攻打迷唐。迷唐就带兵迎战，结果把史充的军队打得大败，还杀了几百人。史充因此被朝廷召回，朝廷又派代郡太守吴祉接替他管理羌族事务。
公元97年也发生了不少事。
春天三月的时候，陇西地区发生地震。
到了癸巳日这天，济南安王刘康去世。
西域长史王林攻击车师后王，并斩杀了他。
夏天四月，朝廷就封乐成王刘党之子刘巡为乐成王。
五月，皇帝下诏封皇后的父亲屯骑校尉阴纲为吴防侯，让他以特进的身份退休。
六月，又发生了旱灾和蝗灾。
到了秋天八月，鲜卑侵犯肥如地区，辽东太守祭参因为战败被下狱处死。
闰月辛巳日这天，皇太后窦氏去世了。当初，梁贵人去世后，宫里把相关事情都保密起来，所以没人知道皇帝其实是梁贵人所生的。舞阴公主的儿子梁扈，就派堂兄梁襢给太尉、司徒、司空三府上奏，说：“按照汉朝以往的规矩，皇帝都会尊崇生母一族。梁贵人生下了当今皇帝，却一直没得到应有的尊号，希望朝廷能追封她。”太尉张酺就把这事报告给了皇帝，皇帝知道后特别难过，就问张酺：“你觉得该怎么办？”张酺建议追尊梁贵人为皇太后，并且记录梁氏亲属，给予他们相应的待遇，皇帝同意了。
正好这时候，梁贵人的姐姐、南阳樊调的妻子梁嫕也上书诉说：“我父亲梁竦含冤死在狱中，到现在尸骨都还没下葬；母亲已经七十多岁了，弟弟梁棠他们又被流放到遥远的边疆，现在是死是活都不知道。希望能让我把父亲尸骨安葬了，也让母亲和弟弟能回到老家。”皇帝召见梁嫕后，才彻底了解了梁贵人受冤而死的详细情况。
这时，三公大臣们上奏说：“应该按照光武帝废黜吕太后的旧例，降低窦太后的尊号，而且不能让她和先帝合葬。”很多大臣也都纷纷上书支持这个提议。但皇帝下诏书说：“窦氏家族虽然做过不少违法乱纪的事，但窦太后在世时常常自我约束。我侍奉太后十年，也仔细想过，从礼制上来讲，做臣子的不应该贬低长辈；从感情上讲，我不忍心和太后分离；从道义上讲，也不忍心损害她的名誉。看看前代，上官太后也没有被降低尊号，窦太后这事就别再讨论了。”丙申日这天，窦太后（章德皇后）被安葬。
就在这时，烧当羌的首领迷唐带着八千多人侵犯陇西地区，还胁迫塞内的各个羌族部落，凑齐了三万步兵和骑兵，把陇西的汉军打得大败，还杀了大夏县的长官。皇帝接到消息后，就赶紧下令让征西将军刘尚为主将、越骑校尉赵世为副将，带着三万汉军、羌兵和胡兵去讨伐迷唐。刘尚把军队驻扎在狄道，赵世把军队驻扎在枹罕，刘尚又派司马寇盱指挥各郡的士兵，从四面把迷唐包围起来。迷唐一看形势不妙，就吓得扔下老弱病残，逃到了临洮南边。刘尚他们一路追到高山上，狠狠打了迷唐一顿，总共击杀和俘虏了一千多人，但汉军自己死伤也不少，实在没办法再追了，只好撤军。
到了九月庚申日这天，司徒刘方就被罢免了官职，之后就自杀了。甲子日这天，皇帝就下诏追尊自己的生母梁贵人当皇太后，还给她上谥号为恭怀，并补上丧服和丧礼。到了冬天十月，朝廷就下令把梁太后和她姐姐大贵人的尸骨迁到西陵重新安葬。还提拔梁太后姐姐的丈夫樊调当羽林左监。又追封梁太后的父亲梁竦为褒亲愍侯，还派使者把梁竦的灵柩迎回来，葬在恭怀皇后陵墓旁边，又把梁竦的妻子接回京城。随后封梁竦的儿子梁棠为乐平侯，梁雍为乘氏侯，梁翟为单父侯，他们都被授予了特进的高位，还得到了巨额赏赐，一时风光无限，梁氏家族从此开始兴旺发达。窦氏刚灭，梁氏又兴起，但最终也免不了覆灭的下场。
此时的清河王刘庆一直想祭拜自己的生母宋贵人，这回终于鼓起勇气向皇帝提出请求，皇帝不仅答应了，还下令让太官每个季节都提供祭祀用品。刘庆感动得直掉眼泪，还说：“我虽然活着的时候没能好好孝顺母亲，但现在能给她祭祀，也算满足心愿了！”他本来还想给母亲建个祠堂，但又怕别人说他和皇帝生母梁太后攀比，所以就一直没敢提，只能偷偷跟身边人哭诉，觉得这是一辈子的遗憾。后来他给皇帝上书说：“我外祖母王氏年纪大了，想请求让她到洛阳看病。”皇帝于是下诏让宋氏全家都回到京城，还封刘庆的舅舅宋衍、宋俊、宋盖、宋暹等人当郎官。
十一月，皇帝又任命河南人、光禄勋吕盖当司徒。
十二月，司空张奋被罢免官职。壬申日，朝廷又任命太仆韩棱当司空。
西域都护、定远侯班超派手下甘英出使大秦（罗马帝国）和条支（今伊拉克一带）。甘英一路远行，走到了西海（今波斯湾或地中海），这些地方以前都没有汉朝人到过。甘英便详细地记录了当地的风俗习惯，还带回了很多关于奇珍异宝的消息。当他走到安息（帕提亚帝国）西部边界，准备渡海继续往前走的时候，船夫跟他说：“这大海无边无际，要是顺风，得三个月才能渡过去；要是逆风，可能得两年。所以出海的人都得准备三年的粮食。而且在海上很容易想家，好多人都死在半道上了。”甘英一听，只好放弃渡海，打道回府了。