公元61年春天的时候，明帝出宫查看城里的宅子，还想着顺路到河内去打猎。得知明帝的想法后，东平王刘苍就赶紧写了封信劝他别这么干，明帝看完信后，就立马就回宫了。
到了秋天九月，千乘哀王刘建去世了，因为他没有儿子继承王位，所以他的封国就被朝廷取消了。
冬天十月，司徒郭丹和司空冯鲂被撤职。然后，朝廷就任命河南尹、沛国人范迁做司徒，太仆伏恭做司空。这伏恭是伏湛的侄子。
陵乡侯梁松因为心里不满朝廷推行的新政策，还写匿名信说朝廷的坏话，最后被关进大牢处死了。以前汉明帝还是太子的时候，太中大夫郑兴的儿子郑众因为学问好特别有名。太子和山阳王刘荆想通过梁松，用丝绸作为礼物邀请郑众。郑众拒绝说：“太子是以后要当皇帝的人，不该私下和外面的人来往；而且汉朝一直有规矩，各地的王爷也不能随便结交外人。”梁松还劝他：“这是前辈的意思，你就别违抗了。”但郑众还是态度坚决：“宁愿坚持原则死，也不愿违反规定犯错。”所以就没去赴约。后来梁松倒台，好多和他来往的宾客都被牵连治罪，只有郑众啥事没有。
西域那边，于窴王广德带着三万多各国联军去攻打莎车，把莎车王贤骗来杀了，还吞并了莎车国。匈奴知道后，就召集各国军队包围了于窴，广德没办法只能投降。匈奴就让之前扣在他们那儿当人质的贤的儿子不居征当莎车王，结果广德又找机会把不居征给杀了，改立贤的弟弟齐黎做莎车王。
东平王刘苍作为明帝的近亲，就帮着处理国家大事，名气那是越来越大，可他心里却不踏实了，就多次给明帝上书说：“从汉朝建立到现在，皇室子弟还没有做过高官的，我请求交还骠骑将军的印绶，回自己的封国去。”他的话说得情真意切，最后明帝只同意他回封国，但没同意他上交将军印绶。
公元62年春天二月，刘苍就被罢免了官职，返回了封国。随后，明帝就任命骠骑长史为东平太傅，掾为中大夫，令史为王家郎，并赐予钱他们钱五千万，布十万匹。
冬天十月，明帝到邺城去视察情况；当月就返回了宫中。
十一月的时候，北匈奴侵犯五原地区；十二月，又侵犯云中地区，这次被南单于给打退了。
本年，朝廷把内郡那些住在边境的老百姓送回了他们原来住的地方，还给每个人给了两万钱，以帮助他们安顿生活。
这时的安丰戴侯窦融年纪大了，管不住自己的子孙，他家孩子行事放纵，经常干一些违法的事儿。窦融的大儿子窦穆娶了内黄公主，这个人胆子特别大，竟然伪造阴太后的命令，逼着六安侯刘盱休掉自己的妻子，然后把自己的女儿嫁给刘盱。刘盱前妻的家人知道后，就立马跑去向明帝告状。明帝得知此事后火冒三丈，直接就下诏撤了窦穆等人的官职，窦家在朝廷当郎吏的人也都被赶回了老家，只把窦融留在了京城。可是没过多久，窦融就去世了。几年之后，窦穆和他的儿子窦勋、窦宣又因为犯了罪，被抓进大牢处死。又过了很长时间，明帝才下旨，允许窦融的夫人和一个小孙子回到洛阳居住。
窦氏家族在富贵之后，没有保持谦逊谨慎的态度，而是肆意妄为，最终招致灾祸。这说明无论处于何种地位和财富水平，都应该保持清醒的头脑和自律的品质，不能被一时的荣华富贵冲昏了头脑。
公元63年春天二月，有人在王雒山发现了一个宝鼎，随后就把它献给了朝廷。到了夏天四月，明帝就下了一道诏书，说：“吉祥的征兆，一般都是在贤德君主在位的时候才会出现。可是现在国家治理还有不少问题，怎么就冒出这种祥瑞了呢？《易经》里讲，‘鼎代表着三公’，难道是三公大臣们工作干得特别出色才出现宝鼎？不管咋样，还是赏给三公每人五十匹布帛吧，对于九卿和俸禄两千石的官员，就对他们赏赐减半吧。先帝早就下过诏书，不让大家上书说皇帝有多圣明，可最近大臣们的奏章里，尽是些夸大其词、溜须拍马的话。从现在开始，要是再有这种过分吹捧的奏章，尚书就别呈报上来了，咱得刹住这股阿谀奉承的歪风邪气。”
到了冬天十月，明帝到鲁地去视察；十二月份，又跑到阳城去视察。
这一年，南单于适去世了，之前单于莫的儿子苏继承了单于之位，被称作丘除车林鞮单于。没想到才过了几个月，苏也死了，后来单于适的弟弟长成了新单于，叫湖邪尸逐侯鞮单于。
公元64年正月的时候，皇太后阴氏去世了。到了二月，朝廷把她和光武帝合葬在一起，追尊她为光烈皇后。
当时，北匈奴的实力很强，老是跑到汉朝边境来骚扰、抢劫。后来，他们派使者过来，说想和汉朝做买卖。明帝琢磨着，这要是能和他们搞好关系，边境就不会再受到侵犯了，于是就答应了北匈奴通商的请求。
这一年，朝廷还把东海相宋均提拔成了尚书令。以前宋均在当九江太守的时候，他的工作方法很特别，每五天集中处理一次政务，还精简了手下的办事人员，把督邮府都关了。这么一来，地方以前老虎特别多，老是伤人，官府就挖陷阱抓老虎，可还是有不少百姓被老虎伤害。宋均知道后，就给各个县下命令说：“江淮地区有猛兽，就跟北方有鸡和猪一样正常，现在老虎成了祸害，根源就在于当官的太残暴。他们劳民伤财地抓老虎，根本不是为百姓着想的好办法。现在应该把那些贪婪、奸诈的官吏撤掉，换上忠诚善良的人，陷阱也都撤了，征来抓老虎的税也别收了。”从那以后，九江的老虎就不再随便伤人了。明帝听说了宋均的本事和这些事迹，觉得他很有本事，所以才把他调到中央当尚书令。
宋均跟别人聊天时说：“现在国家就喜欢那些按规矩办事、自身廉洁的官吏，觉得这样就能解决坏事儿。但实际上，那些按规矩办事的官吏就爱糊弄人，廉洁的官吏只想着自己不贪，却对老百姓四处流亡、盗贼作乱这些大问题根本没啥帮助。我本来想找机会跟陛下好好说说这些道理，可一直没等到合适的时机，只能等以后问题更严重了，再找机会进谏了。”结果还没等他进谏呢，就又被调任为司隶校尉。不过后来明帝听说了他这番话，觉得他说的很有道理，心里也记着他的忠诚，反而更加看重他了。
公元65年春季正月，司徒范迁去世了。
三月，朝廷下诏将太尉虞延任命为司徒，又命卫尉赵熹代理太尉职务。
越骑司马郑众被派去出使北匈奴，他到了北匈奴王庭后，北匈奴单于非要郑众给他磕头行礼，但郑众说啥都不答应。单于一气之下，就派人把郑众给软禁了起来，并把他关在屋子里，还断了他的水和取暖生火的东西。郑众对此是毫不畏惧，拔出随身佩刀，立下誓言绝不屈服。单于看他这副硬骨头的样子，心里就有点害怕，就没敢再逼迫他，还另外派了使者，跟着郑众一起回到了洛阳。
在这之前，大司农耿国就向朝廷提建议说：“应该派度辽将军到五原郡驻扎军队，防止南匈奴的人逃跑叛变。”但朝廷没听他的。南匈奴的须卜骨都侯等人听说汉朝和北匈奴开始互派使者、互通往来，心里就特别不满，就谋划着造反。他们就偷偷派人去北匈奴那边，让北匈奴派兵来接应。郑众离开汉朝边境出使的时候，就觉得情况不对劲，于是就一直暗中观察留意，结果真的抓住了须卜骨都侯派去北匈奴的信使。郑众马上就给朝廷上书说：“得赶紧在边境安排得力的大将，防止南匈奴和北匈奴勾结到一块儿。”从这以后，汉朝就设立了度辽营，并让中郎将吴棠暂时代理度辽将军的职务，还让他带着黎阳虎牙营的士兵，驻扎在五原郡的曼柏县。
到了秋天，全国有十四个郡和封国都遭遇了水灾，百姓生活受到很大影响。
冬天十月，皇宫北边新修建的宫殿终于完工了，这就是北宫。
十月初四，朝廷发布命令，招募那些犯了死罪的囚犯前往度辽营当兵。同时规定，那些逃亡在外的罪犯，如果想要赎罪，就根据不同情况，按相应等级来处理。
就在这时候，楚王刘英拿着黄色细绢和白色薄绸，找到国相说：“我在封国里，犯下了不少过错，现在承蒙朝廷大恩，心里特别感激。我献上这些绢绸，希望能用来赎罪。”国相就把这事报告给了朝廷，明帝下诏书回复说：“楚王信奉黄帝、老子的学说，又崇尚佛教的仁爱慈悲，还曾斋戒三个月，向佛起誓，这有什么可猜疑的呢？朕不需要他赎罪，把那些绢绸都退还给他吧，让他用这些钱置办美食，招待佛门弟子吧。”
想当初，明帝听说西域有个神叫“佛”，就派使者去天竺（古代印度）寻找关于佛教的教义。几经周折，使者终于在西域找到了佛经，还带回了几个沙门（和尚）。佛经主要讲的是一切都是虚无的，它们倡导出家人以慈悲为怀，不提倡杀生。它说人死后，精神不会消失，会转世投胎，人活着时做的好事坏事都会有报应。所以鼓励人们修炼精神，最终成为“佛”。佛教擅长用宏大高深的说法，来劝导普通百姓。那些精通佛教教义的人，就被称为“沙门”。从这时候起，佛教就开始在中原传播，人们还画出佛像。在皇帝、诸侯王和权贵里，楚王刘英是最早喜欢上佛教的。
十月三十日，天象发生了日全食。对此，明帝又下诏书，鼓励百官好好工作，要大胆的指出朝政的问题，不用有所顾忌。于是官员们就纷纷写密奏，讨论朝廷治理的好坏。明帝看了奏章后，就非常自责，还把这些奏章公开给百官看，同时下诏书说：“大臣们指出的问题，都是我的过错。百姓有冤屈没处申诉，贪官污吏没能铲除，我还随意征调民力修建宫殿，花钱、征税又没有节制，而且喜怒无常。想想古人的教训，我心里十分惶恐，就怕自己德行不够，时间一长还懈怠了！”
此时的北匈奴虽然派使者来汉朝进贡，但还是经常在边境抢劫骚扰，闹得边疆的城镇大白天都得关着城门。明帝和大臣们商量对策，就想着派使者回访北匈奴。这时，郑众就上书劝阻说：“我听说，北匈奴单于非要我们派使者去，是想分化南匈奴的势力，让西域三十六国更死心塌地的跟着他们。他还会到处吹嘘和汉朝关系变好了，来向周围的国家炫耀。这样一来，本来想归附我们的西域国家就会犹豫，流亡在外想回来的人也会对我们失望。之前我们派使者去过北匈奴后，单于就变得特别傲慢。要是再派使者前去，他肯定会更得意，而那些反对和汉朝为敌的匈奴大臣也就不敢说话了。到时候，南匈奴可能会动摇，乌桓也会和我们有了隔阂。南匈奴单于在中原待了很久，对我们的情况和地形都很了解，一旦和我们闹掰，马上就会成为边境大患。现在幸好有度辽营的军队在北边镇守，现在就算我们不派使者回访，他们也不敢轻易闹事。”但是明帝没听郑众的建议，还是派他出使北匈奴。郑众又上书说：“我上次去北匈奴，因为不肯给单于磕头，他就很生气，还派兵围困我。这次要是再去，肯定会被他们羞辱。我实在不想拿着大汉的符节，对着匈奴人低头下拜。可要是我被逼着屈服了，又会损害汉朝的威严。”可是明帝依旧不听，郑众没办法只好出发。在路上，他多次上书坚持自己的意见。这把明帝给惹生气了，就下诏书狠狠责备他，还派人把他追回来，并把他关进了廷尉监狱。后来赶上朝廷大赦，他才回到老家。再后来，明帝接见北匈奴的人时，听说了郑众和单于在礼仪上据理力争的事，就又把郑众召回来，还任命他为军司马。