公元32年的春季，来歙就率领两千多人开山辟路，从番须、回中地区径直前去袭击略阳，并斩杀了隗嚣的守将金梁。隗嚣得到消息后，大惊道：“他们怎会如此神速！”刘秀听说来歙已经攻占了略阳，就非常高兴的说：“略阳可是隗嚣的屏障，现在他的心腹已坏，那么制服他的肢体就非常容易了！”吴汉等人听说来歙占据了略阳，就争相率军赶去支援。这时的刘秀却认为隗嚣既然失去了屏障，又丢掉了重要的城池，接下来必定会出动全部的精锐力量来攻打我们；如果他们长期围城而久攻不下，就会导致他们的士兵疲惫不堪，这时我们就可以乘危进攻了，于是就下令让吴汉等人回来。隗嚣果然派王元据守陇坻，行巡据守番须口，王孟据守鸡头道，牛邯据守瓦亭。而隗嚣则是亲自率领数万大军包围了略阳，公孙述又派了将领李育、田弇前来助战，他们劈山筑堤，企图蓄水灌城。来歙与将士们誓死坚守，箭用完了，就拆屋砍树作为兵器。隗嚣用尽精锐攻城，打了好几个月都没打下来。
到了夏季，刘秀准备亲自率军征讨隗嚣，光禄勋郭宪就劝谏说：“现在东方刚刚平定，陛下实在不适合远征。”于是就拦住车驾，拔出佩刀砍断了车靷（套马的皮带）。但是刘秀不听他的劝谏，率领大军继续前行，一直走到了漆县的时候。军中的大多将领就认为王师不宜深入险地，面对将领们的劝谏，刘秀对于是否继续进军就变得犹豫了；面对这种局面，刘秀就召见马援询问他的意见。马援分析说隗嚣的将帅现在有土崩瓦解的势头，进军的话必定能取胜；并在刘秀面前用米堆成山谷的模型，指指画画的，向刘秀展示进军路线，对方方的优势分析得清晰明了。刘秀就说：“现在敌军已在我掌握之中了！”第二天，刘秀就率领大军来到了高平第一城。窦融则是率领着五郡太守及羌族、小月氏等步骑兵数万人，辎重车五千余辆，前来与刘秀的大军会合。当时军队刚刚组建，众将在朝会时展现出的礼仪也不是那么严肃，窦融就先派从事请示朝会该使用的礼仪。刘秀得知后对他是非常的赞赏，并将此事通告百官，并设酒宴款待，以特殊礼遇对待窦融等人。于是双方大军就一起向前出发，大军分了好几路进攻陇山。这时刘秀就派王遵写信招降牛邯，结果牛邯投降，最终被任命为太中大夫。随后，隗嚣的十三位大将、十六个属县、十多万部众就全部投降了汉朝。隗嚣则是带着妻儿逃往了西城，前去投奔杨广，而田弇、李育则是退守上邽。随着隗嚣的逃跑，略阳的困境就解除了。随后，刘秀就下诏慰劳赏赐来歙，并让他坐在众位将领的最前边，还赐给他妻子一千匹缣。赏赐完后，刘秀就带领大军向着上邽出发，还下诏告谕隗嚣：“若你束手归降，你们父子还可以相见，朕保证不会有其他的惩罚。若你执意要做黥布（指反叛），后果你就自负吧。”可是隗嚣始终不投降，于是刘秀就下令处死了他的儿子隗恂。然后派吴汉、岑彭包围了西城，又派耿弇、盖延包围了上邽。这时，刘秀就封窦融为安丰侯，窦友为显亲侯，五郡太守也都被封为了列侯，还命令他们返回原来镇守的地方。窦融因为长期专权一方，心中感到不安心，就多次上书请求派人接替他的位置。刘秀就下诏说：“我与将军的关系就如同左右手一样，如今你多次谦让，怎么就不明白我的心意呢！朕希望你能够安抚士民，不要擅自离开部属！”颍川地区的盗贼横行，他们攻占了所属地区的县城，河东地区的守军也叛变了，这些事直接就震动了京师。刘秀听说后就叹道：“我后悔没有听从郭宪的劝告。”
秋季八月，刘秀就从上邽日夜兼程的回到了京师，他还写信给岑彭等人说：“若是攻下了两城，便可率军南下攻打蜀地的敌人。人就是苦于不知足，既平定了陇地，又觊觎蜀地。现在每次发兵，我的头发胡须都因此变白了！”
到了九月，刘秀才回到洛阳。他对执金吾寇恂说：“颍川的盗贼已经逼近京师了，应当及时平定。我思来想去，只有你能平担此重任，你从九卿之位再次出任地方官，就好好为国分忧吧！”寇恂回答说：“颍川地区的盗贼听说陛下远征陇、蜀，所以才趁机作乱。若是他们听说陛下南征，必定会惶恐归降，臣愿率军作为先锋。”刘秀就采纳了他的建议。庚申日这天，刘秀就率军南征，结果颍川地区的盗贼望风而降。寇恂最终也没有担任太守，百姓就拦路请求说：“希望陛下能把寇君在借给我们一年。”于是刘秀就把寇恂留在了长社，安抚当地的官吏和百姓，并接纳了剩下的投降者。东郡、济阴地区也有盗贼出没，刘秀就派李通、王常前去讨伐。因为东光侯耿纯曾经干过东郡太守，而且在卫地的威信也非常的显着，刘秀就派使者任命他为太中大夫，并让他与大部队在东郡会合。东郡的盗贼听说耿纯进入了境内，结果九千多人就都向他投降了，最终大军不战而还；刘秀就下诏再次任命耿纯为东郡太守。
这时的安丘侯张步带着妻儿逃往了临淮，与弟弟张弘、张蓝企图召集旧部，乘船入海。琅邪太守陈俊率军追击讨伐，并将其斩杀。
本年十一月，杨广去世了，隗嚣顿时就陷入了困境，他的大将王捷驻守在戎丘，登上城墙就向汉军呼喊：“为隗王守城的人，都抱有必死之心，绝无二心。请你们退兵，我愿以死明志。”于是就自刎死了。
想当初，刘秀曾告诫吴汉说：“各郡的士兵只会消耗粮食，若是有逃亡的事情发生，就会动摇军心，应当把他们全部遣散。”吴汉等人想要集中兵力攻打隗嚣，就没有及时遣散士兵，导致粮食日渐减少，士兵们也变得疲惫不堪，开始逃亡的人就越来越多了。岑彭则是堵住谷水灌淹西城，城墙只剩下一丈多未被淹没。这时恰逢王元、行巡、周宗率领蜀地五千多援军从高处突然赶到，他们就鼓噪大呼：“百万大军到了！”汉军大吃一惊，还没有列阵，王元等人就已经冲破了包围圈，他们拼死奋战，终于进入了城中，将隗嚣接回了冀县。此时，吴汉的军队因为粮草耗尽，就焚烧辎重，然后率军撤下了陇山，盖延、耿弇也相继撤退。隗嚣看到汉军撤退了，就派兵尾随追击各营，这次又是岑彭负责断后，众将才得以全军东归；只有祭遵驻守在汧县，没有撤退。随后，吴汉等人就再次驻守在长安，岑彭则是返回了津乡。汉军撤退之后，安定、北地、天水、陇西等地又反叛归附了隗嚣。校尉太原人温序被隗嚣的将领苟宇俘获，苟宇多次劝降。温序大怒，就呵斥苟宇等人说：“你们这些贼子怎敢胁迫汉将！”随即就用符节击杀了数人。苟宇的部下争相要杀了温序，苟宇制止道：“这是义士，愿为气节而死，可以赐他剑。”温序接过剑后，就把胡须衔在口中，对左右说：“如今既然被贼寇所杀，就不要让胡须沾污泥土了！”于是就自刎而死。从事王忠将他的遗体送回了洛阳，刘秀就下诏赐予他墓地，又任命他的三个儿子为郎官。
十二月，高句丽王派使者前来朝贡，刘秀就恢复了他的王号。
这一年，发生了大水灾，死了好多人。
公元33年的春季，正月，颍阳成侯祭遵在军中去世。随后，刘秀就下诏命令冯异兼领他的部队。祭遵为人廉洁节俭，谨慎小心，克己奉公，他会把朝廷给他的赏赐全部分给士兵；他管理的军队军纪严明，所到之处百姓都不知道有军队驻扎过。他选拔人才就用儒家的那套标准考核。平时喝酒娱乐，也都是唱唱正经的雅诗，玩玩投壶游戏而已。他临死前，还交代家人办丧事要从简。别人问他家事，他也始终不说话。祭遵死后，刘秀特别伤心。祭遵的灵柩运到河南时，刘秀就穿着白色丧服亲自去悼念，远远看见灵车就痛哭流涕。回宫的路上，经过城门，看到灵车又忍不住哭。他的丧礼办完后，刘秀还亲自用最高规格的太牢之礼去祭祀。还下诏书安排大长秋、谒者、河南尹操办丧事，大司农则是负责出钱。到下葬的时候，刘秀又跑去现场悼念，等下葬完还到祭遵坟前，慰问他的老婆孩子。后来上朝时，刘秀就经常感慨：“我要上哪再找像祭征虏（祭遵）这么一心为国、大公无私的人啊！”卫尉铫期就说：“陛下对祭遵已经仁至义尽了，现在这么一直念叨，大臣们都觉得又惭愧又害怕。”听他这么一说，刘秀才不再提了。
另一边，隗嚣混得很惨，又是生病又是挨饿的，只能啃干粮充饥，最后就这么憋屈的死了。隗嚣死后，王元、周宗就拥立隗嚣的小儿子隗纯当王，然后带着军队守在冀县。就在这时，公孙述派赵匡、田弇去支援隗纯，刘秀也派冯异去攻打他们。
公孙述还派了翼江王田戎、大司徒任满、南郡太守程泛，带着几万人顺着长江往下游打，最后打败了冯骏的军队，占领了巫县、夷道、夷陵，接着又拿下了荆门、虎牙地区。他们在长江上搭浮桥、建关楼，打木桩拦住江面，又在山上扎营，把陆路也封死了，这一系列操作就是为了拦住汉军，不让他们过来。
夏季六月，刘秀巡幸缑氏，最后登上了轘辕山。
吴汉带着王常等四位将军，领着五万多士兵，在高柳这个地方攻打卢芳的手下贾览和闵堪。结果匈奴派兵来帮忙，最终汉军打了败仗。从这以后，匈奴就越来越嚣张了，三天两头的跑过来抢劫。刘秀没办法，只能安排朱祜驻守常山，王常驻守涿郡，破奸将军侯进驻守渔阳，还让讨虏将军王霸担任上谷太守，专门防备匈奴。
到了后来，刘秀就派来歙掌管各路将领的军事，驻守在长安，还让太中大夫马援给他当助手。来歙跟刘秀说：“如今的公孙述靠着陇西、天水这两块地方硬撑着，现在这俩地方被咱们打下来了，公孙述也没啥招儿了。咱们得赶紧增兵，多储备粮草。现在西州刚平定，老百姓和士兵肯定又累又饿，要是给点粮食和钱财，就能把那些人都招揽过来。我知道现在国家花钱的地方多，手头紧，但这事儿不办不行啊！”刘秀觉得有道理，就同意了，还下令在汧县存了六万斛粮食。到了秋天八月，来歙就带着冯异等五位将军，又跑到天水去打隗纯。这边骠骑将军杜茂在繁畤和贾览打了一仗，结果杜茂被打得很惨。
从王莽那会儿天下大乱开始，羌人的各个部落就跑到汉朝边境以内来了，还把金城郡好几个县都占了。那时的隗嚣有点自顾不暇，就干脆哄着羌人，又利用他们的力量对抗汉朝。司徒掾班彪就对刘秀说：“现在凉州到处都有投降的羌人，他们的生活习惯、语言跟汉人不一样，还总被底下的小官吏和坏人欺负，心里又憋屈又生气，也没处说理，所以才造反。按照以前的老规矩，益州设蛮夷骑都尉，幽州设领乌桓校尉，凉州设护羌校尉，他们就专门负责管理这些事儿，朝廷每年还会派人去巡视，了解他们的情况，还派翻译传话，让羌人帮朝廷盯着外头的动静，这样要是有啥风吹草动，州郡就能提前做准备了。现在也应该恢复这个制度，好镇住他们。”刘秀听了觉得靠谱，就任命牛邯当护羌校尉。
就在这时，有一伙盗贼把阴贵人的妈妈邓氏和弟弟阴欣给杀了，刘秀知道后特别难过。为了安慰阴贵人，他就封阴贵人的弟弟阴欣做宣恩侯。之后，刘秀又把阴就的哥哥、担任侍中的阴兴叫来，想封他当侯，还把印绶摆在他面前。可阴兴一个劲儿地推辞，还说：“我没在战场上立过啥大功，我们家都好几个人被封爵了，要是我再接受，天下人肯定不满意，这真不是我想要的！”刘秀觉得他特别识大体，也就不再勉强他。阴贵人觉得好奇，就问他为啥不要这个爵位，阴兴就解释说：“外戚家族就怕不懂得谦虚退让，嫁女儿就想攀附王侯，娶媳妇就盯着公主，我心里真不踏实。做人所享受的富贵得有个限度，要懂得知足才行，要是太张扬奢侈，肯定会被人说闲话的。”阴贵人听了这番话，就特别感动，从此一直保持低调的作风，从来没为家里亲戚向刘秀要过官做。
此时的刘秀把寇恂召回了京城，并让原来当渔阳太守的郭汲去颍川当太守。郭汲到了颍川后，就把山贼赵宏、召吴等几百号人都给劝降了，还让他们回家种地。完事之后，郭汲觉得自己没跟皇上请示就这么做了，所以就主动上书弹劾自己，可是刘秀并没有怪他。到了后来，赵宏、召吴的手下听说郭汲特别有威望，不管是江南的，还是幽州、冀州的，都纷纷跑来投降，人多得都踩坏了他家的门槛。
莎车国的国王康死了以后，他的弟弟贤就继承了王位。贤一上位，就把拘弥国和西夜国的国王给杀了，然后安排康的两个儿子分别去当这两个国家的国王。
公元34年的春季正月，吴汉再次率领捕虏将军王霸等四位将军，统率六万大军从高柳出发，前去攻打贾览。匈奴也是派出数千骑兵准备救援贾览。双方在平城下多次交战，最终汉军击退了匈奴骑兵。
这时的夏阳节侯冯异等人与赵匡、田弇交战了近一年时间，最终斩杀了赵匡和田弇。此时的隗纯还没有拿下，众将领就打算暂时撤军休整，可是冯异却坚持不动，并派兵继续围攻落门，但是没能攻破。到了夏季，冯异在军中去世。
秋季八月，刘秀又去巡幸长安。
以前，隗嚣手下有个叫高峻的将领，是安定人，他带着兵守在高平第一城。建威大将军耿弇等人围攻了一年，愣是没打下来。后来，刘秀打算亲自带兵去征讨，寇恂就赶紧劝他说：“，陛下，长安这地儿位置好，交通四通八达，您要是在那儿坐镇，安定、陇西的敌人肯定会害怕，您在那儿就能掌控天下的大局。现在士兵们都累坏了，还要翻山越岭去打仗，对您这么尊贵的身躯来说，就显得太不安全了。就说前年颍川发生的叛乱吧，那就是个血淋淋的教训啊！”但是刘秀没听进去，戊戌那天，他还是带兵到了汧县。可高峻还是不投降，于是刘秀就派寇恂前去劝降。
寇恂拿着刘秀的诏书到了高平第一城，高峻派军师皇甫文出城见他。这皇甫文说话、行礼的态度都特别强硬，一点不把寇恂放在眼里。寇恂一下子就火了，下令就要杀了皇甫文。其他将领见状就赶紧劝他：“高峻手下有上万精兵，好多人还特别会用强弩，如今他们守着陇道，咱们打了这么久都没打下来。现在好不容易有了劝他投降的机会，要是因为使者的态度不好就杀了他，这样能行吗？”可是寇恂根本不听，就直接把皇甫文给杀了，然后让他的副使回去给高峻带话：“你家军师太无礼，已经被我杀了！你要想投降就赶紧的，要是不想降你就接着死守吧！”高峻一听这话，被吓了个够呛，当天就打开城门投降了。