那会儿刘秀还在鲁地，当他听说耿弇被张步的军队攻击后，就马上带兵赶去支援。刘秀还没到的时候，陈俊就跟耿弇说：“现在敌军人数众多，而且实力强悍，我们不如先关上营门，让士兵养精蓄锐，等皇上来了再做打算。”耿弇却说：“皇上都亲自来支援了，我们做臣子的，应该杀牛备酒迎接百官，怎么能把敌人留给皇上去对付呢？”说完就带兵出去和敌人拼命。这场战斗双方从早上打到晚上，结果又把张步的军队打得大败，此时的敌人死伤无数，尸体把沟沟壑壑都填满了。耿弇料到张步的军队已经疲惫不堪了，他们肯定要撤退，于是就提前在他们撤退的必经之路两边设下伏兵等着。到了深夜，张步的军队果然开始撤退，这时的伏兵就如同饿狼一般立刻出击，一路追着张步打，一直追到了臣昧水，追了大概有八九十里地，路上到处都是敌人的尸体，还缴获了两千多辆装满物资的车子。天亮时分，张步才逃回了剧城，而他的几个弟弟在慌乱中也走散了。
过了几天，刘秀就到了临菑，然后就亲自犒劳军队，他还把大臣们召集起来开大会。刘秀当着大家的面夸耿弇：“以前韩信打下历下城，为汉朝的开疆拓土立下了大功；现在将军你拿下祝阿，功劳就和韩信一样大。不过韩信打的是已经投降的敌人，而你却是独自打败强敌，这功劳可比韩信更难得了！还有，当年田横杀了郦生，后来又投降了汉朝，可高祖下令卫尉不准报仇；张步之前也杀了伏隆，如果他来投降，我也会让大司徒放下仇恨的，这两件事很像。将军你当初在南阳提出的作战计划，大家都觉得太难实现，可你却做到了，真是有志者事竟成啊！”夸完耿弇之后，刘秀又前往剧城溜达。
耿弇则是继续追击张步，张步一路狂逃，最后到了平寿，这时的苏茂带着一万多人赶来支援。苏茂一见到张步就开始埋怨：“南阳的军队特别精锐，延岑又特别会打仗，结果都被耿弇给打败了，大王你为啥还要主动进攻他的营地呢？你既然叫我来帮忙，为啥不等我到了再行动呢？”张步被说得哑口无言，只能认栽。就在这时，刘秀派使者前来给张步和苏茂传话，说谁杀了对方来投降，就封谁为列侯。张步一听，马上就杀了苏茂，然后光着膀子跑到耿弇军营前投降。耿弇就把张步押送到刘秀那里，接着又带兵占领了城池，还竖起了十二郡的旗帜，敲起了战鼓，让步兵们按照各自所属郡县归队，这次一共有十多万人，还有七千多辆装满物资的车子，最后把他们都遣散回家了。张步的三个弟弟都被抓进了监狱，不过刘秀还是下旨赦免了他们，还封张步为安丘侯，让他和妻子住在洛阳。这时的琅邪地区还没平定，刘秀就把陈俊调任琅邪太守，陈俊刚到琅邪，当地的盗贼就被吓得纷纷逃走。而耿弇又带兵到了城阳，成功的收服了五校残余势力。至此，整个齐地全部被平定，他这才整顿军队准备返回京城。耿弇当将领这些年，一共平定了四十六个郡，攻破三百座城池，从来没打过败仗。
在这期间，太学终于是建成了。刘秀回宫后，还专门去了太学视察，又按照古代经典恢复了礼乐制度，整个太学感觉焕然一新，大家看了都连连称赞。
到了十一月，大司徒伏湛被撤职，侯霸被任命为大司徒。侯霸听说太原的闵仲叔很有名，就派人把他征召过来。结果闵仲叔来了之后，侯霸既不仅不和他讨论国家大事，还给他安排了一堆杂活。这把闵仲叔气的特别生气，就说：“我刚开始接到征召的时候，心里那是又高兴又紧张，想着能为国家的建设做点事。现在见到您之后，原来的那种高兴和紧张情绪都没了。您要是觉得我没啥本事，不值得请教，当初就别征召我；现在征召来了又不聊正事，这也太不尊重人了！”说完就辞官走人了。
想当初，五原的李兴、随昱，朔方的田飒，代郡的石鲔、闵堪各自拉起队伍，都自称是将军。看到他们人多势众，匈奴单于就派使者来和他们讲和，还想让卢芳回汉朝称帝。李兴这些人就跑到单于的驻地把卢芳给接了回来。到了十二月，他们就一起进入边塞，把九原县定为都城，还占领了五原、朔方、云中、定襄、雁门五个郡，又安排了官员，还勾结胡人在北方边境肆意的烧杀抢掠。
再说冯异治理了关中地区三年，把上林苑搞得特别繁荣，就像成都一样热闹。这时，有人就给刘秀上书说：“冯异权力太大了，老百姓都听他的，还叫他咸阳王。”刘秀把这封奏章拿给冯异看，冯异被吓得不轻，赶紧上书认错。看他态度这么诚恳，刘秀又下诏书安慰他：“将军和国家的关系，论情义是君臣，论恩情像父子，所以你不用这么担心害怕！”
而隗嚣这个人觉得自己特别有本事，经常把自己比作周文王，还和手下将领商量着称王的事。郑兴就劝他：“当年周文王占据了天下三分之二的地盘，还向殷朝称臣；周武王时，八百诸侯都支持他，他还是耐心的等待时机；汉高祖打了那么多年仗，行军的时候还一直用沛公的名号。现在您虽然有德行，但还是比不上周朝的福气；您腹中有谋略，但是没有高祖的功绩，这时候若是称王，只会招来大祸，可千万使不得呀！”隗嚣这才打消了称王的念头。后来他又想给自己的手下封一堆高官，好显得自己有排场，郑兴就又劝他：“中郎将、太中大夫、使持节这些官职和器物，都是帝王才能用的，作为臣子是不应该拥有的，这么做对实际没好处，还会损害您的名声，也不符合尊重皇上的道理。”隗嚣只好又放弃了这个想法。
当时，关中的将领们多次给刘秀上书，说现在可以攻打蜀地了。刘秀就把这些奏章拿给隗嚣看，想让他出兵去攻打蜀地，以此来证明自己的忠诚。可隗嚣却上书说，现在三辅地区兵力严重不足，卢芳又在边境捣乱，所以我认为现在不适合攻打蜀地。刘秀这下就明白隗嚣就是想保持独立的姿态，并不想让天下统一，于是就慢慢的减少了对他的优待，明确了君臣之间的规矩。因为隗嚣和马援、来歙关系好，刘秀就多次派来歙和马援去劝隗嚣来洛阳，还许诺给他高官厚禄。而隗嚣就接连派使者去见刘秀，他嘴上说得特别谦虚，说自己没啥功劳和德行，等天下平定了就告老还乡。刘秀又派来歙劝说隗嚣送儿子来当人质，隗嚣听说刘永、彭宠都被消灭了，只好把大儿子隗恂让来歙带到洛阳去。刘秀就封隗恂为胡骑校尉、镌羌侯。而郑兴想借着送隗恂的机会，想回去安葬父母，但是隗嚣不答应，反而让郑兴搬家，还说要给他涨工资。郑兴去见隗嚣时说：“现在我父母还没有下葬，我就想回去把他们给安葬了，现在要是因为涨工资就搬家，把安葬父母的事停下来，这不是拿亲情当诱饵吗？这也太不地道了！您要是信得过我，就让我留下妻子，自己回去安葬父母，您又何必这么猜疑我呢？”隗嚣这才让郑兴带着妻子一起回东边老家去安葬父母。马援也带着家人跟着隗恂回到了洛阳，因为随行的门客太多，马援就申请在上林苑种地，刘秀考虑了会就同意了。
隗嚣手下有个将领叫王元，他觉得现在天下局势还不明朗，不想让隗嚣一心一意的归附朝廷。于是他就劝隗嚣说：“以前更始帝在长安定都，四方的人都响应他，大家都盼着天下太平。可他一失败，将军您差点连个安身的地方都没有。现在南边有公孙述，北边有卢芳，全国各地还有不少称王称霸的人。这时候您要是听那些读书人的话，放弃自己的势力，跑到别人手下去求安稳，这不就是重蹈覆辙吗？咱们天水这儿物资丰富，军队打仗也厉害，我请求帮大王守住险要地势，这可是千载难逢的好机会。您要是不这么干，那就先养精蓄锐，守住险要的地方，等着天下的局势发生变化。以后就算不能称王，称霸一方也没问题。总之，鱼不能离开水，神龙要是没了权势，就和蚯蚓没区别了！”隗嚣觉得王元说得有道理，虽然把儿子送到了朝廷当人质，但还是想凭借着险要地势，自己占山为王。
这时申屠刚就劝隗嚣说：“我听说，大家都拥护的，那是上天要赐福给他；大家都反对的，就是上天也会抛弃他。现在的汉朝，那是上天保佑的，不是靠人力就能改变的。如今，皇上已经下了好几次诏书，想和将军您共担风险、共享富贵。连普通老百姓交朋友，都讲究说话算数，更何况是一国之君呢！您到底在怕什么、又在图什么，现在这么犹豫不决？要是国家突然出了大事，那对上您就对不起国家和祖宗，对下您也没脸面对天下人。预言没实现的时候，大家总觉得是有人再说瞎话；可等事情真的发生了，那就后悔都来不及了。忠言逆耳，很少有人愿意听，但我还是希望您能好好想想我这番话！”可惜隗嚣根本听不进去，慢慢地，那些有见识的谋士、德高望重的人都离开了他。
在王莽统治的末年，交趾那一片的郡县都自己关起门来，不参与外面的纷争。那时的岑彭和交趾的最高长官邓让关系还不错，他就写信给邓让，给他讲述朝廷的威严和恩德；还派偏将军屈充到江南各地发布公告，传达皇上的命令。这下邓让就坐不住了，他和江夏太守侯登、武陵太守王堂等一堆地方官，纷纷派使者给朝廷进贡。刘秀一高兴，把这些人都封了侯。交趾太守锡光是汉中人，他在交趾教当地人学习汉朝的礼仪。刘秀又任命宛县的任延当九真太守，任延又教当地百姓种地、举行嫁娶仪式。从这以后，岭南地区开始有了中原的文化风俗，这都多亏了锡光和任延这两位太守。
这一年，刘秀下令把太原的隐士周党、会稽的严光这些人召到京城。周党见到皇上，只是趴在地上，并不磕头行礼，还说自己就想坚守自己的志向，不愿意做官。这时，博士范升看不下去了，他上书说：“周党这些人，都是靠着陛下的恩典，被使者请了三次才肯来。现在见到陛下还不按规矩行礼，态度又是十分傲慢，现在还想拍拍屁股走人。他们这些人，文不能讲解治国的道理，武不能为陛下卖命，就是想博个好名声罢了，说不定还惦记着三公的高位呢。我申请和他们在云台下比试，看谁更懂治国的道理。要是我说错了，就甘愿受罚；他们要是空有虚名，还欺骗陛下，那就是大不敬之罪！”刘秀看了奏章后说：“自古以来，贤明的君主手下，总会有不愿意臣服的人。就像伯夷、叔齐不吃周朝的粮食，周党不愿意接受我的俸禄，这都是人家的志向。还是赐给周党四十匹绸缎，让他走吧。”刘秀年轻的时候和严光一起读书，等他当了皇上后，就派人到处找严光，最后在齐国找到了他。而严光被请了好几次才来，刘秀就想封他当谏议大夫，结果严光死活不干，直接就走了，跑到富春山种地钓鱼，最后在家里寿终正寝。
而王良后来当过沛郡太守、大司徒司直，他当官时特别节俭，家里使用的都是布被子、陶瓦做的器皿，妻子都不住在官府里。后来他生病回家，过了一年又被朝廷征召。他走到荥阳的时候，病得实在走不动了，就想去拜访朋友。结果朋友不见他，还说：“你没给朝廷提过什么有用的建议，还占着高位，又何必这么忙忙碌碌的！”王良觉得特别羞愧，后来朝廷又多次征召他，他都没去，最后在家中去世。
汉元帝的时候，莎车王延曾经在京城当人质，他特别仰慕中原的文化。到王莽统治混乱的时候，匈奴就占领了西域，只有延不肯投降匈奴，他还经常告诫儿子们说：“咱们世世代代都要给汉朝效力，不能背叛。”等延去世后，他的儿子康就继位为了莎车王。随后，康就带着莎车周围的国家抵抗匈奴，还保护了一千多位西域都护府的官员、士兵和他们的家属。除此之外，康还给河西地区发信，打听中原的情况。窦融就以皇上的名义，封康为汉莎车建功怀德王、西域大都尉，还让莎车周边五十五个国家都归附到他手下。