公元28年正月，刘秀下诏大赦天下。
二月，延岑再次入侵顺阳，朝廷就派邓禹率军去迎击，结果延岑被打的溃不成军。最后孤身一人逃往汉中，他逃到汉中后，公孙述就任命延岑为大司马，还把他封为汝宁王。
田戎听说秦丰被打败了，心里感到很害怕，就打算投降朝廷。这时他的大舅哥辛臣画了彭宠、张步、董宪、公孙述等人占领地盘的地图，并拿给田戎看，还说：“洛阳那边控制的地盘也就巴掌大，我们不如先按兵不动，看看形势再说。”但是田戎说：“秦丰那么厉害，都被征南将军给围住了，我还是投降吧！”于是田戎就留下辛臣镇守夷陵，自己带兵逆江而上，到黎丘驻扎。令人没想到的是，辛臣偷了田戎的财宝，从小路出发，抢先一步投降了岑彭，还写信劝田戎说：“你赶紧来投降，别按原来的计划来了！”田戎怀疑辛臣出卖自己，就用烧鱼占卜该不该投降，结果显示不吉利，于是他又反叛了，跑去和秦丰联手。结果岑彭把他们打败了，田戎只能灰溜溜的逃回夷陵。
夏天四月，刘秀到了邺城；己巳日，又到了临平，并派吴汉、陈俊、王梁在临平打败了五校军。这时的鬲县有五大家族，他们一起赶走了县长，占领县城造反。将领们都争着要去攻打，吴汉却说：“鬲县造反，是县长的过错。谁要是敢贸然出兵，就砍了谁！”随后，他就发了文书，还让郡守把县长抓起来，又派人到城里道歉。结果城里那五个家族都很高兴，马上就投降了。将领们这下都佩服吴汉的智慧，说：“不用打仗就能拿下城池，一般人可做不到！”
五月，刘秀到了元氏，辛巳日又到了卢奴，这次他打算亲自去征讨彭宠。看到刘秀打算亲征，伏湛就劝他说：“现在兖州、豫州、青州、冀州这些中原的核心地区，都还没平定呢，贼寇也时不时的就出来捣乱。渔阳这破地方又偏远又穷，哪值得优先去打！陛下放着近处的事不管，却去折腾远处，挑难的不挑容易的，我实在想不明白！”刘秀听了他的建议后，就率军回去了。
刘秀回去之后，就派建义大将军朱祜、建威大将军耿弇、征虏将军祭遵、骁骑将军刘喜去涿郡攻打张丰。祭遵是最先赶到的，对着张丰就发动了猛攻，最后把他抓住了。原来张丰喜欢搞方术，有个道士就骗他说：“你能当皇帝。”还拿五彩袋子包了块石头，绑在张丰的胳膊上，说：“石头里有玉玺。”张丰信以为真就造反了。等到被砍头的时候，他还嘴硬说：“胳膊上的石头里有玉玺！”听了他的话，祭遵就让人拿锤子砸开石头，结果里面啥都没有，张丰这才知道自己被骗了，于是就仰天长叹：“我死了也没什么好遗憾的！”接着，刘秀就下令让耿弇去攻打彭宠。而耿弇因为父亲耿况和彭宠以前都立过功，而且自家兄弟都不在京城，所以不敢单独出兵，就请求回洛阳。面对耿弇的请求，刘秀回复说：“你们全家都为国家效力，而且功劳那么大，这有什么好怀疑的，还要求调回，不准！”耿况听说后，就派耿弇的弟弟耿国去京城侍奉刘秀。当时祭遵驻扎在良乡，刘喜驻扎在阳乡，彭宠带着匈奴兵想去攻打他们。最终耿况派儿子耿舒前去偷袭匈奴兵，杀了两个匈奴王，彭宠看到这种情况，就很无奈的撤兵了。
秋天七月，刘秀到了谯县后，就派捕虏将军马武、骑都尉王霸在垂惠包围刘纡和周建。董宪的手下贲休献出兰陵投降了朝廷；董宪知道后，亲自从郯城赶来包围了兰陵。盖延和平狄将军庞萌当时在楚地，就请求去救援。可刘秀却下令说：“你们直接去打郯城，兰陵的困境自然就解了。”但是盖延他们觉得贲休那边情况紧急，就先去救兰陵。看到盖延等人来救援兰陵，董宪就假装战败撤退，等盖延他们进城后，第二天突然发起总攻。盖延他们害怕了，就赶紧突围逃跑，转头去打郯城。刘秀得知他们违背了自己的命令后，就责备他们说：“一开始让你们打郯城，要的就是出其不意。现在你们先去救援又撤退，等敌人的计谋得逞了，包困境怎么可能解除！”等盖延他们到了郯城后，果然没有打下来；而董宪则是顺利的拿下了兰陵，还杀了贲休。
到了八月，刘秀前往寿春视察的同时，又派扬武将军马成率领诛虏将军刘隆等三位将军，调集会稽、丹杨、九江、六安四郡的兵力进攻李宪。到了九月，李宪就被围困在了舒城。
王莽统治的末期，天下一片混乱，可是临淮大尹、河南人侯霸却守住了自己管辖的郡。后来刘秀把侯霸召到寿春，任命他做尚书令。那时候朝廷既没有以前的规章制度可以遵循，又缺少经验丰富的老臣，而侯霸却对以前的典章制度很熟悉，就收集整理了前朝的文献资料，还把前朝那些好的政策、法律制度都上奏给刘秀，然后推行实施。
这年冬天十月，刘秀回到皇宫。
隗嚣派马援去查看公孙述那边的情况。马援和公孙述是老乡，关系一直不错，马援想着到了那儿，公孙述肯定会像以前一样和他亲切叙旧。没想到公孙述大张旗鼓，带着仪仗队把马援迎进宫，行完礼后就让他去馆舍休息。公孙述还给马援做了都布单衣、交让冠，又在宗庙里召集百官，还专门给马援设了旧交的座位，又向他展示了鸾旗、又带着骑兵，更是安排警卫清道，然后自己弯着腰进来，举行了特别隆重的仪式，他还想封马援为侯，授予他大将军的职位。看到公孙述如此对待自己，跟着马援去的宾客都想留下来，可马援却对他们说：“现在天下局势还不明朗，公孙述不赶紧招揽人才一起谋划大事，反而十分注重这些表面功夫，像他这么做作的人，怎么能留住天下的贤才呢！”于是马援就告辞回去了，回去就对隗嚣说：“公孙述就是个井底之蛙，太自大了，咱们不如一心投靠东边的刘秀。”隗嚣听了，就派马援带着书信去洛阳见刘秀。马援到洛阳后，等了好久，中黄门才带他进宫。而刘秀就在宣德殿南庑，戴着便帽，随意地坐着迎接他，还笑着说：“你在我和公孙述之间周旋，今天才见到你，我都觉得有点不好意思了。”马援也是赶紧磕头请罪，说：“现在这世道，不只是君主挑臣子，臣子也在挑选值得追随的君主。我和公孙述是老乡，从小关系就好，我之前去蜀地，他还大摆仪仗迎接我。如今我大老远来见陛下，陛下怎么就知道我不是刺客或者坏人，这么随便就见我呢？”刘秀笑着说：“你不是刺客，顶多就是个说客罢了。”马援又说：“如今天下大乱，好多人都冒用帝王名号，今天见了陛下，才发现您胸怀宽广，和汉高祖有得一拼，我这才知道真正的帝王该是什么样子。”
在这期间，太傅卓茂去世了。
本年十一月，岑彭又去攻打秦丰，总共打了三年，杀了秦丰九万多士兵，打到最后秦丰就剩下一千多的残兵败将，粮食也快吃完了。到了十二月，刘秀就派使者去劝秦丰投降，可是秦丰死活不答应。看他这么固执，刘秀就让朱祜等人接替岑彭继续围攻黎丘，又派岑彭、傅俊南下攻打田戎。
公孙述则在蜀地聚集了几十万军队，还在汉中囤积了大量的粮草，他造了十层高的楼船，还刻了好多象征着天下各州郡长官的印章。随后就派将军李育、程乌带着几万军队，到陈仓驻扎，让他和吕鲔的部队会合，打算攻打三辅地区。看到他们来势汹汹，冯异只好带兵迎战，结果把他们打得大败而逃，李育、程乌只好狼狈的逃回汉中。冯异回军的时候，又打败了吕鲔，蜀军很多营寨的人都投降了汉军。
当时，隗嚣派兵支援冯异并帮助他立下赫赫战功，随后就派使者向刘秀进献奏章。刘秀收到奏章后，马上就回了信，他的言辞间满是诚意：“我一直十分钦佩你的品德与仗义之举，早就盼着能与你交好合作。古时候有周文王，即便已经掌控天下三分之二的版图，却依然对殷商恪守臣子的礼节。可人与人的合作，就像驾驭难以驯服的劣马、使用迟钝的刀具，如若不是志同道合，勉强维系的关系也难以长久。幸好这一路走来，多次得到你的鼎力相助，这份情谊我始终记在心里。
这些年，你坐镇一方，在南边挡住公孙述的大军进犯，在北边抵御羌、胡等势力的侵扰，这就为冯异西征创造了稳定的局面，才让他能在三辅地区大展拳脚、连战连捷。说句实在话，要是没有你的支援，咸阳恐怕早就落入敌手了！要是哪天公孙述胆敢打到汉中，三辅地区的安危可就全仰仗你了，到时候咱们并肩作战！你要是愿意与我同心协力，眼下正是建功立业、获取封地的绝佳时机！就像管仲说的，‘生我养我的是父母，真正懂我、成就我的是鲍叔牙’。以后咱们就多通信联系，可别被旁人的闲言碎语影响了彼此之间的信任。”此后，每当公孙述派遣将领出兵，隗嚣总会第一时间与冯异联合抗敌。这两人配合默契，多次将公孙述的军队打得节节败退。公孙述见武力无法取胜，便试图用高官厚禄招降隗嚣，于是就派使者带着大司空、扶安王的印绶前来劝降。没想到隗嚣不仅不为所动，还当场斩杀了使者，还主动发兵攻打公孙述。经此一役，公孙述的蜀地军队元气大伤，从此再也不敢轻易向北进犯了。
而泰山那边的豪杰大多和张步联合起来捣乱。吴汉就推荐强弩大将军陈俊做泰山太守，陈俊到任后打败了张步的军队，把泰山地区平定了。