世界树顶端，那颗新结的道果微微颤动，表面流转着混沌光泽。这日，道果忽然裂开一道细缝，一缕精纯至极的混沌本源逸散而出，穿越层层空间，坠入下界一个名为玄天界的小世界。
玄天界，青云山脉外围的青牛村，有个叫林尘的放牛娃。他天生经脉闭塞，被宗门判定为修炼废材，只能在山间放牛为生。这日暴雨倾盆，林尘为避雨躲进山洞，恰逢那缕混沌本源从天而降，没入他眉心。
林尘只觉浑身如被撕裂，昏死过去。三日后醒来，发现周身污秽尽除，原本堵塞的经脉竟被打通，体内多了一颗缓缓旋转的混沌道种。更神奇的是，他眼中能看到天地灵气的流动轨迹，耳中能听见草木生长的声音。
这日，青云门内门弟子赵虎带人前来收缴药材。见林尘容光焕发，赵虎顿起疑心。他暗中试探，发现林尘体内竟有灵气流动，当即出手擒拿。危急关头，林尘体内道种自发运转，一股混沌之气震退赵虎。
赵虎眼中闪过贪婪，率众围剿。林尘逃入深山，在一处瀑布后发现上古洞府。府中石壁上刻着《混沌诀》残篇，正是当年刘云轩留下的传承。他体内的道种与石壁产生共鸣，补全了功法缺失的部分。
三月苦修，林尘突破至筑基期。适逢青云门十年大比，他混入外门弟子中参赛。擂台上，赵虎使出绝学\"青云剑诀\"，林尘仅用一招混沌掌便将其震下擂台。全场哗然，掌门玄诚子亲自查验，发现他竟修炼出失传已久的混沌之气。
玄诚子收林尘为亲传弟子，赐下青云至宝\"混元镜\"。但此举引来大师兄赵天龙嫉恨，他暗中向天魔宗报信。天魔宗主得知混沌功法现世，立即派出长老黑煞真人前来擒拿。
林尘被迫逃往北漠，途中结识蛮族圣女阿依娜。阿依娜带他进入蛮族圣地，圣地壁画记载着上古时期混沌道体与天魔宗的恩怨。原来天魔宗始祖曾是混沌道体的弟子，因心术不正被逐出师门，怀恨在心创立天魔宗。
两人在古修士遗迹中发现天魔宗的阴谋：他们正在炼制噬魂幡，欲吞噬一界生灵来突破境界。最令人震惊的是，青云门大长老竟是天魔宗内应。
林尘毅然返回青云门，当众揭发大长老的阴谋。但大长老反咬一口，指认林尘修炼魔功。关键时刻，阿依娜带蛮族长老赶到，出示天魔宗与大长老往来的密信。
真相大白，大长老狗急跳墙，启动护山大阵困住众人。林尘引动道种全部力量，混沌之气化作万丈巨龙破阵而出。但天魔宗主突然现身，祭出镇宗之宝灭世钟。
钟声震碎混沌巨龙，林尘重伤坠崖。崖底寒潭中，道种与极寒之气交融，产生异变。三日之后，林尘破关而出，创出独门神通\"混沌冰焰\"。重出江湖之日，他冰封三千里山河，直捣天魔宗总坛。
决战之时，天魔宗主召唤域外天魔附体。林尘以混沌冰焰凝成九重天冰封领域，最终将天魔宗主镇压在北极玄冰之下。但当他准备彻底消灭天魔时，天际忽然裂开缝隙。
一只巨大的眼睛冷漠注视，发出震天轰鸣：\"混沌道种，不该存于此界。\"
原来，守界人从未离开。新的轮回，即将开始。
林尘抬头望天，感受到前所未有的威压。那只巨眼仅是注视，就让他体内的混沌道种几乎停止运转。阿依娜急忙结印，蛮族圣地的守护大阵升起，却在那目光下如纸糊般破碎。
\"快走！\"青云掌门玄诚子奋不顾身地冲上前，祭出本命法宝青云剑。然而巨眼仅是眨动一下，青云剑便化为齑粉，玄诚子吐血倒飞出去。