三百年光阴流转，天机城早已换了人间。那口混沌泉眼化作的水井被称作\"双生井\"，井水甘甜，传说能治百病。这日，少年林尘打水时，井底突然泛起奇异光芒。
林尘是城中药铺学徒，父母早亡，与祖母相依为命。他提桶的手触到井水，两股暖流顺臂而上。脑中轰然作响，无数修炼法门如潮水涌来。左眼看见星辰运转，右眼窥见幽冥轮回。
\"这是...混沌道统？\"林尘跌坐井边，掌心浮现太极印记。井水倒映出他眼中的混沌之光，惊动了井底沉睡的存在。
当夜，林尘梦见一对仙人。男子左半身如墨，右半身似雪；女子眉心开着灰莲。仙人传他《阴阳混沌诀》，醒来时枕边放着两颗珠子，一黑一白，触手生温。
林尘不知，这正是刘云轩与苏婉所化的混沌道珠。珠子认主后融入他丹田，化作阴阳鱼游走。从此他炼药时，药材自动提纯；看病时，能见人体气机流转。
药铺对面新开了家医馆，馆主慕容枫是慕容世家后人。他见林尘医术神奇，暗中试探。银针相触的刹那，慕容枫怀中祖传玉佩发出鸣响——这是感应到混沌道体的征兆。
\"小友可愿学真本领？\"慕容枫取出家传《太素九针》，书中夹着张泛黄画像，正是当年慕容雪的模样。林尘触碰画像时，道珠突然震颤，引动天地异象。
双生井水冲天而起，在空中凝成刘云轩虚影。全城修士震惊，纷纷赶来朝拜。但虚影很快消散，只在水面留下行字：道珠重聚日，混沌再现时。
消息传到青云山，现任掌门亲自来访。他带来半卷《鸿蒙道经》残篇，经页触到道珠竟自动修复。经中显现新章：混沌道体需经历九劫，方可大成。
第一劫很快降临。城主之子重伤垂危，林尘以道珠之力救治，却引动对方体内隐藏的魔种。魔气反噬，林尘左眼瞬间漆黑如夜。危急时，白珠发出清辉护住心脉。
\"道魔相冲，需寻平衡之法。\"慕容枫想起祖训，带林尘前往剑阁遗址。阁中残剑感应道珠，万剑齐鸣，在空中组成混沌阵法。林尘在阵中修炼七日，终于初步掌控阴阳之力。
但危机接踵而至。当年被镇压的魔尊残部察觉道珠气息，暗中布局。他们蛊惑城主，称林尘是魔星转世。全城通缉下，林尘被迫逃往北冥海。
海上遭遇风暴，船只沉没。林尘坠海时，道珠自动结茧护主。在茧中，他看见三百年前的真相：刘云轩和苏婉为镇混沌劫，化身道珠镇守天地气运。
\"原来我就是应劫之人。\"林尘破茧而出时，混沌道体初成。他返回天机城，在万众瞩目下唤醒井底封印。九颗灵珠冲天而起，正是当年魔尊九身所化。
\"道珠镇魔，混沌重生！\"林尘引动九珠布阵，全城魔气尽消。但最后时刻，城主突然魔化——他早已被魔尊附体！原来这一切都是魔尊为夺道珠设的局。
正当魔尊欲夺道珠时，井底飞出两道虚影。刘云轩与苏婉再现人间，虽只存片刻，却助林尘彻底炼化道珠。混沌道体大成那刻，天地震动，第九重天门户洞开。