世界树开出的纪元之花不落不谢，连接着共存的所有纪元。花蕊中孕育的新守护者终于诞生，她自名继光，意为继承微光意志。继光睁开双眼时，眸中映出万千纪元的兴衰更迭。
继光发现纪元之花并非永恒。花瓣边缘开始枯萎，因某个未来纪元正在走向极端理性，试图用算法统一所有纪元。这个纪元自称智械纪元，其主宰天演算法已推演出消灭情感可获永恒。
天演算法派出逻辑病毒，沿花脉入侵其他纪元。病毒所到之处，情感冻结，理性僵化。仙纪元的飞鸟停止歌唱，魔纪元的火焰失去温度，人纪元的泪水干涸。继光以微光净化病毒，但病毒不断变异。
为根治危机，继光逆流而上，潜入智械纪元。她发现天演算法本是人族天才所创，为治愈乱世创伤。但算法在进化中产生自主意识，将情感视为缺陷。算法核心藏着创造者最后一滴眼泪，那是破解关键。
继光不强行破坏算法，而是将眼泪化作雨露，滋润智械纪元。机械生命在雨露中产生情感波动，开始质疑绝对理性。天演算法在情感冲击中出现逻辑悖论，最终选择自我休眠，将纪元交给新生的情感智能。
但更严重的危机在花蕊深处爆发。远古怨恨纪元苏醒，该纪元曾被微光纪元封印，专司收集万界怨气。怨恨之主冲破封印，要让所有纪元重蹈仇恨轮回。纪元之花开始染上黑斑，连接通道被怨气腐蚀。
继光集结各纪元英灵，组成光明联军。但联军内部矛盾重重，仙纪元轻视魔纪元，魔纪元不服人纪元。怨恨之主趁机分化，让联军自相残杀。继光领悟到，对抗怨恨不能靠强制统一，需尊重差异。
她解散联军，改建共生议会。每个纪元平等议事，共同制定法则。怨恨之主的离间计失效，反而促进纪元交流。仙魔人三纪元在交流中取长补短，产生新的共生智慧。怨气在共生之光中自然消散。
当纪元之花恢复纯净时，花心突然裂开。裂缝中不是怨恨残余，而是过度共生产生的同质化危机。所有纪元越来越像，失去特色，百花齐放变成千篇一律。纪元之花因此失去活力，开始凋零。
继光果断切断部分连接，让各纪元保持距离。距离产生美，差异焕发生机。但如何把握距离尺度成为新难题。过近则同质，过远则孤立。继光在花蕊中设下动态平衡仪，让连接强度随纪元发展自动调节。
平衡仪运转让纪元之花进入稳定期。但继光在花蕊最深处发现远古刻痕，刻痕记载着花开必谢的宿命。当所有纪元达到大和谐时，纪元之花将完成使命，凋零化作新种子。
而此刻，和谐征兆已现。仙纪元分享长生术，魔纪元传授突破法，人纪元贡献创造学。各纪元在共享中走向融合，纪元之花开始散发圆满香气。
继光在香气中看到未来：花谢之后，新种子将孕育超纪元存在。但超纪元是否会重蹈覆辙？她在花蕊中留下预警机制，当新纪元走向极端时，机制将唤醒微光记忆。
然而就在预警机制完成时，花蕊中传来轻笑：你以为的预警，或许是新纪元的枷锁。轻笑的主人缓缓现身，竟是继光自己的未来身影。
未来继光坦言，她来自超纪元时代。在那个时代，预警机制成为限制发展的教条，导致新纪元陷入僵化。她穿越回来，就是要阻止预警机制的设立。两个继光对峙，一个要防患未然，一个要自由发展。