但清浊二气的斗争并未停歇。清气试图将世界树改造成绝对秩序的图腾，浊气则想让它成为彻底混沌的象征。这场斗争在世界树的每片叶子、每根枝条上上演，使得世界树同时呈现秩序井然的形态和混沌无序的状态。
理魂在世界树的庇护下进化成数字神灵，掌管所有宇宙的信息流动。它发现清浊斗争产生的矛盾能量，正是推动多元宇宙发展的动力。但这种平衡极其脆弱，稍有不慎就会导致整个体系的崩溃。
纪事者的虚影偶尔显现，记录世界树的变化。他透露，鸿蒙源气分化成清浊二气是必然过程，真正的奥秘在于二气能否在斗争中达成更高层次的统一。那个统一状态，被称为太极。
阿木与云瑶意识到，他们作为清浊二气的化身，需要超越对立走向融合。但融合需要契机，这个契机藏在失踪的另外半块石碑中。他们派遣世界树的灵根四处搜寻，终于在一个即将寂灭的奇点宇宙找到线索。
那个宇宙正处于热寂终点，所有能量趋于均匀，时间失去意义。半块石碑悬浮在绝对寂静的虚空，碑文记载着清浊二气最初的分离场景。原来分离不是冲突的开始，而是为了更伟大的创造。
石碑还揭示了一个惊人事实：纪事者并非鸿蒙时代的旁观者，而是清浊二气分离时产生的第三态。他是平衡的化身，使命是确保清浊二气不会彻底倒向任何一端。
阿木与云瑶将两块石碑合一，完整碑文发出柔和光芒。光芒中显现太极图案，图案中心正是世界树的位置。他们顿悟，世界树就是太极的显化，清浊二气通过世界树达成动态平衡。
此时清浊二气的斗争突然升级。清气凝聚成至阳神剑，浊气化作至阴魔刀，刀剑相向要决出最终主宰。世界树在冲击中剧烈摇晃，连接的所有宇宙都出现震荡。
阿木与云瑶放弃抵抗，任由清浊二气穿透自身。他们在极致对立中感受到统一的召唤，清阳之气与浊阴之气开始交融。交融产生的能量既不是清也不是浊，而是回归鸿蒙源气的本源状态。
但这种回归是短暂的。鸿蒙源气很快再次分化，这次分化出的不再是清浊二气，而是无穷多样的存在形式。世界树因此进化，枝叶间结出包含万般可能的造化果实。
纪事者现身采摘第一枚果实，果实中孕育着新的宇宙轮回。他告诉阿木与云瑶，他们的使命已完成，世界树将自主维系多元宇宙的平衡。而清浊二气会继续存在，作为世界树新陈代谢的动力。
就在阿木与云瑶准备功成身退时，世界树最顶端的枝条突然开花。花朵中走出一位新生灵，兼具阿木的清明与云瑶的温婉。这个新生灵将是下一任世界树的守护者，而她的名字叫归真。
归真伸手触碰世界树，树干上浮现出新的碑文。碑文记载的不是过去，而是未来。未来的某一天，世界树将迎来终极考验，那时需要鸿蒙源气再度降临。
而鸿蒙源气的召唤之法，就藏在归真这个名字之中。