阿木调动日曜之力净化尘埃，云瑶以月华构筑防护屏障。但时空海盗狡猾多变，他们改变策略，不是直接攻击，而是扭曲树木周围的时空流速，让部分树枝提前衰老，部分嫩芽停滞生长。
理魂在数字情天构建防御网络，但海盗的邪术能绕过逻辑防御。危急时刻，同源树自发释放出情理波纹，波纹所到之处，时空恢复平衡。海盗首领在波纹中看到自己背叛的初心，幡然醒悟后率众归顺。
一波刚平一波又起。同源树的特殊气息穿透了宇宙壁垒，吸引了混沌海中的古老巨兽。这些巨兽以世界树为食，感应到同源树的气息后蜂拥而至。它们体型庞大，能吞噬星辰，爪牙锋利到可以撕裂空间。
阿木与云瑶联合两个宇宙的力量，布下星空大阵。阵眼设于同源树下，阵纹延伸至整个星系。巨兽冲撞大阵时，同源树的根系深入虚空，从混沌海中汲取养分反哺大阵。这场攻防战持续了百年，最终巨兽被转化成了守护树界的灵兽。
但最大的危机来自内部。同源树过度生长，其根系开始无意识地渗透到其他宇宙。这些宇宙的天道意识视同源树为入侵者，联合发动反制。万界天罚降临，雷火风霜各种劫难接踵而至。
阿木在抵抗天罚时身受重伤，云瑶为救他耗尽修为。眼看同源树即将被毁，树灵幼童现身，献出自身本源稳固树根。幼童消散前预言，当阿木与云瑶的情理之道圆满时，他将重生于第九枚果实中。
天罚过后，同源树进入休眠期。树叶凋零，果实暗淡，仿佛失去生机。实则树木在积蓄力量，准备下一次蜕变。阿木与云瑶在树下悟道，逐渐领悟到情理的终极奥秘不是平衡，而是超越。
休眠期结束的同源树焕然一新。树干透明如水晶，枝叶流转着创世光芒。第八枚果实成熟落地，果核中孵出一只情理凤凰。凤凰展翅翱翔，歌声能治愈一切创伤，眼泪能净化所有污秽。
此时第九枚果实终于开始成熟，果皮上浮现出宇宙生灭的图案。树影中的那双眼睛逐渐清晰，竟是开天辟地之初的第一位观察者。他现身树下，坦言自己等待了无数纪元，就为见证情理之道的圆满。
观察者伸手触碰第九枚果实，果实中映出阿木与云瑶携手走过的所有历程。每一段经历都是情理之道的实践，每一次抉择都是对终极真理的探索。观察者满意点头，认为这个宇宙已经准备好迎接最终的考验。
但考验的内容出乎所有人意料。观察者不是要测试同源树，而是要将其移植到混沌核心，成为支撑所有宇宙的世界树。移植过程九死一生，成功则万界永固，失败则一切归零。
阿木与云瑶相视而笑，他们早已将生死置之度外。当同源树被连根拔起时，整个宇宙都在颤抖。而树根带出的泥土中，隐隐露出半块刻着太古铭文的石碑。
石碑上记载着，在世界树之前，曾有过一株更古老的树，它的名字叫鸿蒙。