永恒共生联盟在幽冥星域彻底解决幽冥领主危机后，开始着手完善全宇宙的危机防御体系：在各星域的关键节点部署“多元能量探测仪”，能同时监测幽冥能量、逆共生能量、混沌能量等多种负面能量；组建“全维度快速反应部队”，由联盟各文明的精英战士组成，能在接到警报后一小时内抵达危机现场；强化永恒共生网络的能量传输能力，确保在任何星域遭遇危机时，都能快速传输永恒共生核心能量提供支援。
但宇宙的广袤远超想象，新的危机很快再次出现。蓝晓的多元能量探测仪突然发出刺耳的警报，屏幕上显示宇宙深处的“混沌星域”出现异常的能量波动：“亚瑟队长，乔吉娜阁下，混沌星域的‘混沌能量浓度’已突破‘能量紊乱阈值’，达到98%！星域内的星体轨道发生严重偏移，部分星体甚至发生碰撞，产生巨大的能量爆炸；混沌能量正在快速扩散，已波及周边三个星域，导致这些星域的能量体系出现紊乱，永恒共生网络的能量传输也受到严重干扰。”
混沌星域是宇宙中最特殊的星域之一，这里的能量本就杂乱无章，包含了宇宙诞生初期的各种本源能量，是研究宇宙起源的重要场所。但此刻，星域内的景象已变得面目全非：原本分散的星体相互碰撞，产生巨大的火球和冲击波；黑色的混沌能量在空中形成无数巨大的漩涡，漩涡不断吞噬周围的能量，壮大自身；星域内的空间出现严重扭曲，形成一道道深不见底的空间裂缝；原本驻守在混沌星域的联盟科研站已被混沌能量摧毁，科研人员的通讯信号全部中断，生死不明。
“混沌能量的本质是‘无序能量’，它能干扰任何已有的能量体系，导致能量失控、空间扭曲。”古衍查阅创世共生法典后说道，“法典中记载，混沌星域的核心是‘混沌本源’，它维持着混沌能量的平衡。现在混沌能量失控，说明混沌本源被某种未知力量污染，导致能量平衡被打破。若不及时稳定混沌本源，混沌能量会在72小时内扩散至周边五十个星域，引发全宇宙的能量大紊乱，甚至可能导致永恒共生网络崩溃。”
就在这时，一道微弱的通讯信号接入舰队频道，信号来自混沌星域的联盟科研站：“联……盟……救……援……混……沌……本……源……被……‘无……序……之……影’污……染……它……们……来……自……宇……宙……边……缘……的……无……序……空……间……能……强……化……混……沌……能……量……的……无……序……性……科……研……站……即……将……崩……溃……”信号戛然而止，显然科研站已被混沌能量彻底摧毁。
乔吉娜的黎明水晶剑泛起柔和的金光，她能清晰地感知到混沌能量的本质：这是一种无序的本源能量，本身并无善恶，但被无序之影污染后，变得极具破坏性，能瓦解任何有序的能量体系，导致空间扭曲、星体碰撞。“我的黎明之光能梳理无序能量，恢复能量体系的秩序。”乔吉娜说道，“光明制裁可精准打击无序之影的核心，削弱其强化混沌能量的能力；荣耀裁决能大范围净化被污染的混沌能量，恢复局部能量秩序；黎明之光还能强化小队的能量稳定性，防止被混沌能量干扰，同时借助永恒共生网络，构建‘有序能量场’，阻挡混沌能量扩散。”
亚瑟立刻下达作战指令：“组建‘定序先锋小队’，前往混沌星域稳定混沌本源；联盟联军在混沌星域外围布防，构建‘多层能量屏障’，阻挡混沌能量扩散；蓝晓负责远程监测混沌能量的扩散速度，分析无序之影的弱点；古衍带领创世文明的技术团队，尝试用创世共生能量构建‘有序引导阵’，辅助稳定混沌本源。”
定序先锋小队成员确定：亚瑟（队长，负责战术统筹，原生能量能与黎明能量结合，强化有序能量场）、乔吉娜（主力输出与能量定序，黎明能量为核心定序力量）、古衍（负责提供混沌本源的稳定方法，激活有序引导阵）、星陨（负责用星核能量构建能量支撑，加固能量屏障）、雾岚（负责用雾能构建‘缓冲能量带’，减缓混沌能量的扩散速度）、风衍（风维族族长，擅长操控风系能量，能引导混沌能量的流动方向）、雷衍（雷维族族长，擅长操控雷系能量，能利用雷电的有序性梳理混沌能量）。
小队乘坐“定序防护登陆艇”出发，登陆艇外层覆盖着星核晶碎片、创世符文与有序符文，能有效抵御混沌能量的干扰。穿过混沌能量漩涡时，登陆艇的控制系统受到严重干扰，航向出现偏移，乔吉娜立刻激活三技能“黎明之光”，纯白的金光覆盖整个登陆艇，形成一道有序能量场，登陆艇的控制系统恢复正常，顺利穿过漩涡。
“前方发现大量无序之影！”蓝晓的远程探测传来画面，混沌星域深处，无数黑色的影子在混沌能量中穿梭，它们的体型细长，如同黑色的丝线，表面覆盖着无序符文，能不断吸收混沌能量，强化自身的无序性。无序之影聚集在混沌本源周围，不断释放无序能量，污染混沌本源，导致混沌本源的光芒越来越黯淡。
混沌本源是一颗直径十米的七彩晶体，悬浮在混沌星域的中心，晶体表面原本流淌着有序的能量纹路，此刻已被黑色的无序符文覆盖，纹路变得杂乱无章，七彩光芒逐渐被黑色取代，混沌能量从本源中喷涌而出，形成一道道巨大的能量洪流。
“先清理无序之影，为稳定混沌本源创造条件！”亚瑟下令，登陆艇的舱门打开，小队成员跃出，乔吉娜率先激活二技能“荣耀裁决”：金色能量波席卷全场，对所有无序之影造成155%的魔法伤害，同时驱散了它们身上的“无序增益”（吸收混沌能量速度提升、无序能量释放范围扩大）。每驱散一个增益，额外造成5%的生命值伤害，大量弱小的无序之影在金光中化为黑色的粉末，混沌能量的无序性明显减弱。
“风系能量引导！”风衍激活风系能量，形成一道巨大的龙卷风，将周围的混沌能量引导至指定方向，避免其干扰小队的行动。雷衍则释放雷系能量，紫色的雷电在空中形成一道有序的电网，电网触及无序之影时，会释放出有序电流，梳理其体内的无序能量，使其失去活性。
“无序之影的首领在那里！”魂衍的灵魂探测发现，混沌本源周围有三只体型更大的无序之影首领，它们的身体粗壮，表面的无序符文更加密集，正不断向混沌本源注入无序能量。乔吉娜立刻锁定其中一只首领，激活一技能“光明制裁”：纯白的剑气带着有序能量，精准劈向首领的核心，造成270%的高额伤害，同时附加“无力”效果，首领的无序能量释放速度降低30%。
首领发出一声刺耳的尖叫，身体剧烈扭曲，释放出大量无序能量，试图干扰乔吉娜的攻击。亚瑟的原生能量化作金色光刃，劈向无序能量，将其逐一斩断，同时古衍的创世能量化作金色的锁链，缠住首领的身体，使其无法移动。乔吉娜趁机再次激活光明制裁，剑气击中首领的核心，将其彻底净化。
另外两只首领见同伴被击杀，疯狂地向小队发起攻击，释放出大量无序能量，导致周围的空间出现严重扭曲，小队成员的行动受到干扰。“黎明之光强化！”乔吉娜再次激活三技能，金光强化小队的同时，形成一道巨大的有序能量场，空间扭曲被快速修复，小队成员的行动恢复正常。“荣耀裁决！”金色能量波再次席卷，两只首领被能量波重创，雷衍的雷电能量趁机注入，梳理其体内的无序能量，风衍的风系能量将其困住，亚瑟的原生能量最终将它们彻底净化。
清理完无序之影，小队向混沌本源靠近。混沌本源周围的混沌能量浓度达到顶峰，能量洪流不断冲击，空间裂缝随处可见。乔吉娜激活黎明之光，形成一道巨大的有序能量盾，阻挡能量洪流的冲击，小队缓慢地向本源靠近。