在朱胜机调动澳明舰队前来南京的同时，马士英也在忙着调兵遣将，整军备战。
正如朱胜机所料，马士英等人在逃离南京之后，果然是去了凤阳，而敌军的兵力情况，也与朱胜机预估的大差不差。
马士英麾下的凤阳、庐州二府总计兵马有近二十万，江北四镇的高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐麾下兵马也各有四五万，另外还有诚意伯刘孔炤，他领南京右府提督操江兼巡江防，麾下有江防水军近十万，大小战船近千艘。
粗略一算，敌军的总兵力少说也有四五十万了，可以说，几乎整个南直隶的明军部队，都被控制在马士英等人手中。
那么既然他们掌控着几乎整个南直隶的所有军队，他们当时为何还要逃跑呢？
他们选择逃跑，自然不是因为“怂”，而是当时他们除了逃跑之外，别无选择。
他们虽然个个手握重兵，却也不可能随时都把军队带在身边，此次他们秘密将福王朱由崧迎入南京，为了赶在要拥立潞王朱常淓的史可法和东林党之前，他们自然是轻装简行，各自只带了小股兵马。
而且，如今北边和西边的局势不稳，他们也不敢轻易将手下的部队调离驻地。
南京城外有诸府环卫，又有长江天险，可谓固若金汤，可他们千防万防，却没想到会有朱胜机这样一个强敌，从长江走水路而来，突然出现在南京城外！
而后，朱胜机突然攻城，以区区千人便轻易击溃了史可法所率的上万明军，如此恐怖的实力令人惊惧，他们自知依靠手头儿的这点儿兵马难以守住南京，甚至都未必能够撑到援兵赶到，故而才不得不逃。
不过，他们虽然逃了，但却并没有认怂，更不认为是自己输了，毕竟手里握着几十万兵马，又怎会把朱胜机那千八百人放在眼里？
在他们看来，朱胜机即便暂时占领了南京城，就凭那千八百人也是守不住的，夺回南京城对他们而言轻而易举。
朱胜机手底下的部队就算再怎么厉害，也不过只有千人，便是天兵下凡，几十万人一人一口唾沫也够把他们淹死了！
因此，马士英一到凤阳，便马上开始调兵遣将，整军备战，准备夺回南京，尤其是在听说朱胜机在钱谦益等人的拥立之下已经就任监国，马士英更是怒不可遏，扬言要即刻出师讨逆，攻打南京。
江北四镇纷纷响应，此时的高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐四人都唯马士英马首是瞻，同时也都希望在攻打南京一战中抢占头功，以为自己争取更多的政治资本，将来在福王朱由崧继位之后，能够获取更高的权力地位。
可虽然此时南京城外有数十万大军磨刀霍霍，但南京城内的文武百官却好似没有嗅到一点儿危险的气息，一个个眼睛都死死地盯在官帽上，只想着投机钻营以谋取晋升，没有半点儿危机感。
不过这样的情况对于朱胜机而言倒也是件好事，毕竟便是这些酒囊饭袋们能够意识到如今南京城的危险处境又能如何？他们不仅帮不上一点儿忙，相反还会因为恐慌给自己添乱惹麻烦！