△四川行都司（旧无，后设。旧有建昌前卫，后革）
建昌卫（旧属四川都司）宁番卫（旧为苏州卫，属四川都司已下添设）会川卫 盐井卫 越巂卫 礼州后千户所 礼州中中千户所 建昌打冲河中前千户所 德昌千户所 迷易千户所 盐井打冲河中左千户所 冕山桥后千户所 镇西后千户所
△土官
昌州长官司威龙长官司普济长官司（俱属建昌卫）马喇长官司（属盐井卫）邛部长官司（属越巂卫）
△广西都司
桂林右卫 桂林中卫 南宁卫 柳州卫 驯象卫 南丹卫（已下添设）庆远卫 浔州卫 奉议卫 广西护卫 梧州千户所 怀集千户所 武缘千户所 古田千户所 贵县千户所 贺县千户所 全州千户所 太平千户所 象州千户所 平乐千户所 郁林千户所 宾州千户所 来宾千户所 富川千户所 容县千户所 融县千户所 灌阳千户所 河池千户所 武宣千户所 向武千户所 五屯々田千户所 迁江屯田千户所 靖江府仪卫司
△云南都司（旧有鹤庆、通海二千户所，革）
云南左卫 云南右卫 云南前卫 大理卫 楚雄卫 临安卫 景东卫 曲靖卫 洱海卫 永昌卫（旧为金齿军民指挥使司）蒙化卫 平夷卫 赵州卫 六凉卫 云南中卫 云南后卫（已下后设）广南卫 大罗卫 澜沧卫（以澜沧军民指挥使司改）腾冲卫（以腾冲军民指挥使司改）安宁千户所 宜良千户所 易门千户所 杨林堡千户所 十八寨千户所 通海前前千户所 通海右右千户所 定远千户所 马隆千户所 姚安千户所 姚安中屯千户所 武定千户所 木密关千户所 镇安千户所（旧为金齿千户所，万历十三年改，驻守猛淋）镇姚千户所 （旧为永昌千户所，万历十三年改，驻守老姚关）永平前前千户所 永平后后千户所 腾冲千户所 新安千户所 凤梧千户所
△土官
茶山长官司潞江安抚司凤溪长官司施甸长官司镇道安抚司杨塘安抚司（俱属永昌卫）蛮莫安抚司猛脸长官司猛养长官司（俱万历十三年改设）△贵州都司（旧有层台、重安二千户所，俱革。旧有平伐长官司，后隶贵阳府。旧有平浪、九名九姓独山州二长官司，后隶都匀府。）
贵州卫 永宁卫 普定卫 平越卫 乌撒卫 普安卫 赤水卫 威清卫 兴隆卫 新添卫 清平卫 平坝卫 安庄卫 龙里卫 安南卫 都匀卫 毕节卫 贵州前卫 旧无，后设）黄平千户所 普市千户所 重安千户所 安龙千户所 白撒千户所 摩泥千户所 关索岭千户所 阿落密千户所 平夷千户所 安南千户所 乐民千户所 七星关千户所
△土官
新添长官司小平伐长官司把平寨长官司丹平长官司丹行长官司（已上属新添卫）杨义长官司（属平越卫）大平伐长官司（属龙里卫）