当李睿在江南大刀阔斧地进行着他的经济改革，准备将这个帝国最富庶的钱袋子彻底收入囊中之时，一个他始料未及却又在历史上必然会发生的巨大危机正在遥远的中原大地以一种比蝗灾还要可怕百倍的速度疯狂蔓延——大瘟疫。
崇祯六年，山西。一场史无前例的大旱之后紧接着便是一场同样史无前例的大瘟疫。最初只是零星的村庄出现了一些“热死”的病人，但很快这种发病急、死亡率极高的“疙瘩病”（即鼠疫）便如同燎原的野火一般迅速地席卷了整个山西，并开始向着周边的河南、北直隶疯狂扩散。
“……其病大率类伤寒，一二日辄死，甚者朝染夕亡。阖门相枕藉，死无遗类者。一巷百余家无一家仅存，一门百余口无一仅存者……”
当这份由锦衣卫用最惨烈的文字描绘出的人间地狱般的惨状通过秘密渠道送到李睿的案头时，即便是他这个见惯了尸山血海的“铁血总兵”在看完之后也不由得感到一阵阵的手脚冰凉。他知道那个在历史上真正为大明王朝敲响了丧钟的最终极的“死神”终于降临了。
鼠疫！这种在后世都需要动用国家级的力量才能勉强控制的甲级传染病，对于这个卫生条件极其落后、医疗知识几乎为零的时代而言无异于一场无法抵抗的末日天灾。他知道一旦让这场瘟疫蔓延开来，别说他那刚刚才起步的工业革命，就是整个华夏民族都可能在这场浩劫之中十室九空，元气大伤。
“大人，”孙元化看着那份密报，苍老的脸上也写满了深深的恐惧，“此乃天谴啊，非人力所能抗拒……”
然而李睿在经历了最初的震惊之后，他的眼中却再次燃起了那股与天斗、与地斗的不屈的火焰。天谴？不！在他这个来自后世的灵魂看来，这世上从来就没有什么救世主，也没有什么所谓的天谴。
他缓缓地站起身。
“传我将令！”他的声音冰冷却又充满了-种属于科学的理性的力量，“立刻封锁所有从山西、河南方向进入我辽西和山东地界的所有关隘！”
“成立‘大明皇家卫生防疫总署’！由我亲自督办！”
“我要在半个月之内研制出足以杀死这种‘病魔’的神药！”
他知道自己即将要面对的是一个比皇太极、比李自成都更加可怕也更加看不见的敌人。一场属于一个穿越者与一场足以毁灭一个文明的超级瘟疫之间的生死之战就在这压抑得令人窒息的空气中正式地拉开了序幕。
……
辽西综合研究院，化学研究所，最高等级的P3生物实验室内。这是李睿在得知瘟疫爆发之后立刻下令改造的一间全封闭实验室，所有进入的人都必须穿上由橡胶和多层棉布制成的、看起来如同鬼怪一般的“生化防护服”。