伴随着人心的封禁，那压制多年的求知欲化作一场汹涌的海啸，瞬间冲毁了人类尸体覆盖在魂体场的温情，毫不犹豫直接捏碎了那颗人心。
吉拉之所以奉行旁观主义是因为她拥有人心，不想让圣龙的力量干涉文明的发展，是人心束缚了她本能的求知欲，但体验过人心又失去人心的吉拉，在解开束缚后，想做的自然是毁掉束缚自己多年求知欲的人心。
吉拉发动权能【智慧】运用月文明的科技手段，开发了让夏敏学长生的药物，满足她的愿望，协作提供观测数据，并向契约者梁翊隐瞒了自己的永恒文明计划。
为了让龙魂群岛能在未来成为永恒的文明，吉拉决定以龙魂群岛为参照物，展开微缩模型的对照组实验，探究一个文明的发展如何在圣龙的干涉下确保永恒的存续，还能确保文明被毁灭后最大限度恢复原状的数据模型。
吉拉差遣普通龙魂借助涅迦的力量，在异空间打造了一处名为世界树的场所，它不是魂体场聚敛的自然产物，而是继构想殿、六炎塔与魔都列车后，第四个出自于圣龙之手的奇迹造物。
龙魂群岛的人类死后或者是消亡的龙魂，会被吉拉的权能【智慧】采集信息输送到这里永生，以某种数字生命的形式存在着，这里不是天堂或者地狱，而是一个由吉拉操纵与观测的虚拟世界。
吉拉是虚拟世界真正意义上的神，山河日月都是她可以随意调整的参数，甚至，只要她愿意，在虚拟世界中她可以再造出安德斯与琢烨，又或者是新概念的龙魂。
夏敏学与涅迦成为了虚拟世界不被干涉的管理员，被吉拉观测着她们是如何体验新的生活，可是，群岛一天，树内一年，永生的漫长磨损逐渐让凡人心智的夏敏学，意识到自己当初做了多么轻率的决定。
琢烨从野生龙魂听闻了吉拉近期行为举止怪异，主动找到了吉拉，对于吉拉介绍的永恒提案，其在世界树让龙魂群岛历史反复试错的行为，充满了不人道的折磨，希冀于龙魂推动人类进步而非主导的琢烨根本无法认同。
双方因彼此对文明发展的理念路线发生了冲突，无情沉迷的求知者与雷厉风行的领导者，双方都是毫不留手。
琢烨与吉拉的大战成功吸引了安德斯的注意，优先保护主人夏敏学的涅迦迅速带她脱离战场，琢烨则是误解为是安德斯当初将吉拉的人心封禁，想要支持吉拉复活凛安让全人类获得永生，战局变成了愈演愈烈的三方混战。
最后，在惊天破地的爆炸中，龙魂群岛的面积与人口十不存一，诸神黄昏以吉拉与琢烨互相湮灭为结局，涅迦与安德斯瓜分了权能【智慧】与【压迫】的一部分。
因圣龙的大战，混乱的魂体场污染导致大量龙魂被污染扭曲，人类与龙魂的关系宣告彻底破裂。
讽刺的是，世界树因位于异空间幸免于难，那记录虚拟文明的世界树反而留存下来，并且，因吉拉想确保演算进程不受外力干扰，其留下的信息自动采集与保险机制，让消亡的琢烨与吉拉的数据也成为了数据库的一部分。
一无所知的契约者梁翊被愤怒的民众公开处死，琢烨的契约者林静与林幽不得不背井离乡，曾被世人奉为终结乱世的救世主凛安，更是无颜面对民众的指责，绝望地与安德斯高居于构想殿闭门不出。
而夏敏学也受够了永生，难以承受自己蝴蝶效应导致的罪孽，选择瞒着涅迦一人返回世界树服药过量死亡，服下的过量药物正是不久前她梦寐以求的长生药。
涅迦回避了夏敏学步入深渊，但难以制止其他圣龙的伟力，夏敏学的无心之举果真成为了琢烨担忧的心腹大患，安德斯没想到自己创造的人心，竟有被吉拉亲手摧毁的一天。
后来，世界树的自动运行机制为了保证虚拟文明存续与演化，分别以安德斯与吉拉的魂体场性质与信息塑造了【新生】的权能，以琢烨和涅迦的魂体场性质与信息塑造了【死亡】的权能。
在智慧的清风与创造的光芒生长中，生生不息的枝桠诞生了铂伽索斯，渴望不惜一切代价地让魂体场现象掌控人类文明扩张，让整体与个体向永恒进化。
在压迫的燃烧与逆创造的晦暗中，死气沉沉的树根诞生了尼德霍格，渴望不惜一切代价地让掌控人类文明的魂体场现象消失，让整体与个体向原本恢复。
而世界树同是聚敛的魂体场，以实体存在进入虚拟文明的管理员夏敏学，意识的记忆消亡一空，但其渴望终结罪孽与世界树的执念仍然无视了自动运行机制，转生成为了没有记忆的尼德霍格。
意图烧毁世界树的尼德霍格成立了终焉圣教，带领知晓真相的巫哲等少数虚拟龙魂与虚拟人类，与意图培育世界树进入现实的铂伽索斯，开始了在缸中之树之中无休无止的对抗，为虚拟文明带来一场新的腥风血雨的史诗…