阳光明媚的周末，野原家的院子里，小新穿着他那身标志性的红上衣黄短裤，正在和小白玩耍。小白吐着舌头，追着小新手里的小树枝跑来跑去。小新一边跑一边喊：“小白，来抓我呀，来抓我呀！”
美伢在屋里喊道：“小新，别在院子里闹啦，小心把东西弄坏了！”小新装作没听见，继续和小白疯闹。突然，小新被一块石头绊倒，手里的树枝飞了出去，掉进了院子角落的一个小洞里。
“哎呀，我的树枝。”小新跑过去，趴在地上，把手伸进洞里去够树枝，嘴里还嘟囔着，“奇怪，怎么这么深啊。”就在他努力够树枝的时候，感觉手好像碰到了什么东西，不是树枝，而是一个硬硬的、有点粗糙的东西。
小新用力一拉，竟然从洞里拉出了一根奇怪的树枝，这树枝上有很多奇怪的纹路，看起来好像是某种古老的符号。“哇，这是什么呀？看起来好有趣。”小新好奇地看着树枝。
这时，广志下班回来了，看到小新拿着一根奇怪的树枝，问：“小新，你从哪里弄来的这根树枝？看起来好脏啊。”小新兴奋地说：“爸爸，这是我从院子里的洞里找到的，它看起来很特别吧。”
广志接过树枝看了看，说：“哎呀，这不就是一根普通的树枝嘛，可能是以前有人埋在院子里的。”说完，就把树枝放在了一边。
可是小新可不这么认为，他觉得这根树枝一定有什么特别的用处。等广志和美伢不注意的时候，他又偷偷把树枝拿进了自己的房间，放在了床头。
晚上，小新躺在床上，看着旁边的树枝，渐渐进入了梦乡。在梦里，他看到那根树枝发出了一道奇异的光，然后他就被这道光吸了进去。
小新发现自己来到了一个陌生的地方，周围都是高大的树木，这些树木的样子很奇怪，树干上都有和那根树枝上一样的纹路。“哎呀，我这是在哪里呀？”小新有点害怕，但又觉得很新奇。
他走着走着，看到了一只小兔子，小兔子的身上也有那种奇怪的纹路。小新跑过去问小兔子：“小兔子，你知道这是哪里吗？”小兔子看了看小新，说：“这里是树枝森林呀，你怎么会来到这里的？”
小新把自己找到树枝，然后被光吸进来的事情告诉了小兔子。小兔子惊讶地说：“原来你就是那个拿着神奇树枝的人呀。这根树枝是打开树枝森林秘密的钥匙呢。”
小新好奇地问：“什么秘密呀？”小兔子说：“传说中，树枝森林里有一颗神奇的树，叫做愿望树，只要拿着这根神奇树枝的人，在愿望树下许一个愿望，愿望就会实现。”
小新一听，高兴地跳了起来：“哈哈，那我要许一个让我有吃不完的巧克力饼干的愿望。”小兔子笑着说：“那你就跟着我吧，我带你去找愿望树。”
于是，小新跟着小兔子在树枝森林里走了很久。一路上，他们遇到了很多奇怪的动物和植物，有的植物会说话，有的动物会飞。小新兴奋地和它们打招呼，还时不时做一些搞笑的动作，把那些动物和植物都逗得哈哈大笑。
终于，他们来到了一棵巨大的树下，这棵树的树干非常粗，树枝上挂满了闪闪发光的叶子。小兔子说：“看，这就是愿望树啦。”
小新拿着树枝，走到愿望树前，闭上眼睛，认真地许了一个愿：“我希望有吃不完的巧克力饼干，还有好多好多动感超人的玩具，还要妈妈给我买新的小裤裤。”许完愿，他睁开眼睛，发现愿望树的叶子发出了更亮的光，然后从树上掉下来了一个小盒子。
小新打开盒子，发现里面有一块巧克力饼干，还有一个小小的动感超人玩具。他高兴地说：“哇，愿望真的实现了耶！”可是他发现盒子里没有新的小裤裤，就有点不高兴地说：“哎呀，怎么没有小裤裤呀？”
小兔子笑着说：“愿望不能一下子都实现呀，你已经很幸运了。”小新只好点点头，开始吃起巧克力饼干，还把动感超人玩具拿在手里玩。
就在这时，突然出现了一只大怪物，这只怪物长得很可怕，身上长满了刺，它冲着小新和小兔子吼道：“你们竟敢打扰我的美梦，我要把你们都吃掉！”
小新吓得躲在小兔子身后，小兔子也很害怕，但它还是勇敢地说：“你不能伤害我们，我们是来找愿望树的。”怪物说：“愿望树是我的，谁也不许靠近。”
小新突然想到了自己手里的神奇树枝，他举起树枝，对着怪物说：“你这个大坏蛋，看我的神奇树枝怎么收拾你。”说完，他拿着树枝对着怪物挥舞起来。
奇怪的事情发生了，树枝发出了一道强大的光，这道光射向怪物，怪物被光一照，身上的刺都掉了下来，它痛得嗷嗷叫，转身就跑掉了。
小新和小兔子高兴地跳了起来：“耶，我们打败怪物啦！”
过了一会儿，小新又觉得有点无聊了，他对小兔子说：“我想回家了，这里虽然很好玩，但是我想妈妈和爸爸了。”小兔子说：“好吧，你只要拿着树枝，心里想着回家，树枝就会带你回去的。”
小新按照小兔子说的，拿着树枝，心里想着自己的家。果然，树枝又发出了光，小新被光包围，然后就消失在了树枝森林里。
当小新再次睁开眼睛的时候，发现自己已经回到了自己的房间，手里还拿着那根树枝。他看了看四周，高兴地说：“哈哈，我回来啦。”